More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0461 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0461  Shikimate kinase  100 
 
 		 182 aa  368  1e-101  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.196484  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 189 aa  114  6e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  39.74 
 
 		 190 aa  102  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  30.23 
 
 		 185 aa  102  4e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  32.3 
 
 		 198 aa  96.3  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  32.91 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  32.3 
 
 		 198 aa  95.9  3e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  34.81 
 
 		 185 aa  95.1  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  34.16 
 
 		 176 aa  94.7  6e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  32.28 
 
 		 176 aa  94.7  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 172 aa  94.4  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  34.18 
 
 		 185 aa  93.2  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  34.59 
 
 		 171 aa  93.2  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  32.48 
 
 		 185 aa  92.8  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  32.48 
 
 		 185 aa  92  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.55 
 
 		 166 aa  91.3  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 174 aa  91.3  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  36.08 
 
 		 199 aa  90.9  8e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  31.65 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07850  shikimate kinase  30.36 
 
 		 177 aa  89.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0207717 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  32.05 
 
 		 190 aa  89.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  29.94 
 
 		 195 aa  90.1  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  34.59 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.81 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  33.95 
 
 		 184 aa  89.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  37.34 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  28.49 
 
 		 170 aa  89.4  3e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  32.28 
 
 		 171 aa  89.4  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  89  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  29.76 
 
 		 188 aa  88.6  4e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  35.06 
 
 		 190 aa  88.6  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  89  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 173 aa  88.6  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  88.2  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  36.84 
 
 		 169 aa  88.2  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  31.65 
 
 		 171 aa  87.8  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  31.65 
 
 		 171 aa  87.4  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  35.22 
 
 		 171 aa  87.4  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  32.28 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  32.28 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  30.97 
 
 		 454 aa  87  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  29.11 
 
 		 172 aa  87.4  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  32.7 
 
 		 171 aa  87  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  33.55 
 
 		 163 aa  87.4  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  32.7 
 
 		 171 aa  87.4  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  32.28 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  32.28 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  32.48 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  41.41 
 
 		 168 aa  86.7  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  32.7 
 
 		 174 aa  86.7  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  28.85 
 
 		 165 aa  86.3  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  27.16 
 
 		 173 aa  85.5  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  35.76 
 
 		 170 aa  85.9  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  40 
 
 		 196 aa  85.9  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  34.84 
 
 		 207 aa  85.5  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  32.54 
 
 		 193 aa  85.5  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  32.34 
 
 		 188 aa  85.1  5e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  33.76 
 
 		 181 aa  84.7  7e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  33.54 
 
 		 180 aa  84.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  35.71 
 
 		 199 aa  84.7  7e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  32.08 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  31.01 
 
 		 172 aa  84  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  32.08 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  33.54 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  33.97 
 
 		 173 aa  83.6  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  33.77 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  34 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1162  shikimate kinase / chorismate mutase  34.18 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  31.45 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  29.17 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  33.94 
 
 		 169 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  31.45 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  29.3 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  31.45 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  31.45 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  31.45 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  31.48 
 
 		 264 aa  82.4  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  29.48 
 
 		 174 aa  82.4  0.000000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1103  shikimate kinase  31.9 
 
 		 165 aa  82  0.000000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.396409  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  30.25 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  30.77 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0495  shikimate kinase  33.72 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  34.55 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  31.06 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  29.94 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  35.06 
 
 		 190 aa  80.9  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>