More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4606 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4606  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 237 aa  469  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2394  two component transcriptional regulator  43.93 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0518821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03063  probable two-component response regulator  41.98 
 
 		 218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0943  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 257 aa  136  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0399291  normal  0.264545 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1099  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 241 aa  134  9e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000014675  normal  0.683329 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5378  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 233 aa  131  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1025  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 239 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.417875  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1563  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.530345  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1540  two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 260 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1255  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 227 aa  108  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1600  two component transcriptional regulator  30.22 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000237714  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 239 aa  108  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2619  two component transcriptional regulator  34.3 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  32.46 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  32.46 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2563  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.88 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  31.44 
 
 		 236 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3232  two component transcriptional regulator  29.92 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  32.49 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.1 
 
 		 248 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  32.39 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3012  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 258 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.642179 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  31.74 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  33.63 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.33 
 
 		 256 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  32.74 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0479  two component transcriptional regulator  29.39 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  37.13 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  32.19 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1693  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 229 aa  100  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234642 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0376  two component transcriptional regulator  28.81 
 
 		 240 aa  99.8  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.93 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.7 
 
 		 236 aa  99.8  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 239 aa  99.8  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 225 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3388  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 227 aa  99.8  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 241 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1961  phosphate regulon response regulator PhoB  29.57 
 
 		 225 aa  99  6e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0354  putative two-component response regulator  28.12 
 
 		 228 aa  98.6  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 225 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2538  two component transcriptional regulator  29.91 
 
 		 226 aa  98.6  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2671  two component transcriptional regulator  32.17 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.404243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  32.76 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 241 aa  97.1  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  31.88 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2755  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.795661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.05 
 
 		 275 aa  96.7  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2050  response regulator receiver  33.33 
 
 		 250 aa  96.7  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  32.88 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1198  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 225 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.82 
 
 		 263 aa  95.9  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  32.88 
 
 		 225 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  32.88 
 
 		 224 aa  95.9  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.63 
 
 		 225 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  30.67 
 
 		 249 aa  95.5  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.09 
 
 		 227 aa  95.5  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  30.36 
 
 		 223 aa  95.1  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  30.18 
 
 		 227 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  32.19 
 
 		 238 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  34.22 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1751  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.22 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  32.43 
 
 		 225 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  31.33 
 
 		 241 aa  93.6  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1791  two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.506547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3280  two component transcriptional regulator  29.46 
 
 		 241 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0092  two component transcriptional regulator  34.76 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.586554 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0108  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 234 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  32.74 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0107  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 236 aa  93.6  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  33.04 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1542  response regulator receiver protein  31.39 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2013  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  31.84 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.067134 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1138  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 232 aa  93.2  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564511  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  30.13 
 
 		 252 aa  93.2  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2799  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 232 aa  93.2  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2788  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 232 aa  93.2  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  33.64 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  28.12 
 
 		 230 aa  92.8  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  31.08 
 
 		 225 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  32.78 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.97 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2270  two component transcriptional regulator  30.29 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  32.5 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  32.91 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  32.35 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  32.35 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2746  two component transcriptional regulator  33.76 
 
 		 233 aa  92.4  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396444  normal  0.898138 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  32.35 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  32.35 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>