More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0354 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0354  putative two-component response regulator  100 
 
 		 228 aa  455  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0800  response regulator receiver  68.33 
 
 		 224 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.271408  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0238  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  65.61 
 
 		 224 aa  290  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2714  DNA-binding response regulator  60.53 
 
 		 228 aa  286  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.462686  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00385  transcriptional regulator  51.96 
 
 		 214 aa  228  5e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 223 aa  158  6e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.46 
 
 		 226 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.35 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.01 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  38.05 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.01 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.35 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  38.57 
 
 		 228 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  38.01 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  36.16 
 
 		 220 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.27 
 
 		 226 aa  149  5e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 225 aa  148  7e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  39.46 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  37.27 
 
 		 223 aa  146  3e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 227 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 227 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3374  heavy metal response regulator  37.89 
 
 		 229 aa  145  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 220 aa  145  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.6 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  38.91 
 
 		 221 aa  145  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3603  DNA-binding heavy metal response regulator  37.89 
 
 		 229 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203952  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 228 aa  144  9e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 226 aa  144  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 228 aa  144  9e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  39.81 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6108  two component response regulator  35.27 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655098  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  35.16 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.44 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.84 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  37.56 
 
 		 224 aa  144  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  35.16 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  37.22 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.91 
 
 		 238 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0310  two component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 223 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3341  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.87 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.17 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 635 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3752  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000783534  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 229 aa  142  5e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 228 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.09 
 
 		 225 aa  141  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  37.16 
 
 		 219 aa  141  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 225 aa  141  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 		 227 aa  141  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  37.16 
 
 		 219 aa  141  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.77 
 
 		 230 aa  141  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.12 
 
 		 223 aa  141  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  39.09 
 
 		 219 aa  141  9e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  36.32 
 
 		 218 aa  141  9e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.65 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 236 aa  140  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  36.73 
 
 		 237 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  36.73 
 
 		 228 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.28 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.28 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  36.04 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.28 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3643  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.87 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.28 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  36.04 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3934  DNA-binding response regulator  38.67 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  36.04 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4259  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648982  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  39.21 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2350  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.84 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.275786  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2490  heavy metal response regulator  39.04 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.289616  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.99 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6111  regulator protein CopR  39.39 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110686  normal  0.158568 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  34.22 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1180  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 635 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5672  DNA-binding response regulator  38.5 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  36.56 
 
 		 227 aa  139  4.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 227 aa  139  4.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.37 
 
 		 218 aa  138  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 226 aa  138  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 220 aa  138  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2725  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.94 
 
 		 227 aa  138  7e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1675  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.16 
 
 		 226 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 227 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 262 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  36.04 
 
 		 220 aa  137  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.27 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  32.58 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  34.68 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>