More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0238 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0238  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 		 224 aa  456  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0800  response regulator receiver  76.68 
 
 		 224 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.271408  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0354  putative two-component response regulator  65.61 
 
 		 228 aa  290  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2714  DNA-binding response regulator  55.61 
 
 		 228 aa  249  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.462686  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00385  transcriptional regulator  56.25 
 
 		 214 aa  237  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 220 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 226 aa  158  5e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 226 aa  158  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.45 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 224 aa  155  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 224 aa  155  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  39.27 
 
 		 221 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 224 aa  154  7e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  40 
 
 		 223 aa  154  8e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  39.82 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  37.33 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 223 aa  152  5e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 225 aa  151  5.9999999999999996e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 220 aa  151  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0224  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 226 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 224 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0776  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.01 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0107208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  40 
 
 		 228 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 225 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3752  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000783534  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  40.72 
 
 		 218 aa  149  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  39.56 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  36.99 
 
 		 227 aa  149  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 223 aa  149  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 635 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 224 aa  149  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1792  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 224 aa  149  5e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0238902  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.5 
 
 		 219 aa  149  5e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  36.49 
 
 		 272 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  34.22 
 
 		 230 aa  148  5e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  37.22 
 
 		 219 aa  148  6e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  34.22 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  34.96 
 
 		 237 aa  148  7e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  39.27 
 
 		 223 aa  148  7e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  34.22 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.19 
 
 		 226 aa  148  7e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  34.22 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 225 aa  148  9e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  37.67 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  36.53 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  38.84 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.53 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 231 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.09 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3352  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 238 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  39.29 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2765  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.497538  normal  0.0218205 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  36.32 
 
 		 224 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 635 aa  145  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5097  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 221 aa  146  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.361428  normal  0.112132 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 220 aa  145  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5325  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 221 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3932  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 224 aa  145  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1231  DNA-binding response regulator  41.63 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0366189  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.11 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3495  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972301  normal  0.0200045 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1490  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1614  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.722606 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  38.81 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.81 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.81 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5679  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 248 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.636814 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3743  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 248 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.81 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4625  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 248 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.09 
 
 		 227 aa  145  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>