More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3772 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  100 
 
 
232 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  100 
 
 
232 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  59.91 
 
 
249 aa  282  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  51.5 
 
 
236 aa  239  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  51.28 
 
 
237 aa  238  5.999999999999999e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  49.35 
 
 
234 aa  227  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 
235 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  50.66 
 
 
232 aa  224  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 
242 aa  218  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 
242 aa  217  8.999999999999998e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  48.7 
 
 
238 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  48.26 
 
 
238 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 
238 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3367  DNA-binding transcriptional regulator TorR  48.73 
 
 
236 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  49.15 
 
 
236 aa  211  9e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  48.93 
 
 
244 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1228  DNA-binding transcriptional regulator TorR  48.1 
 
 
236 aa  210  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 
246 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1047  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.68 
 
 
236 aa  209  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.499715  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1112  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.68 
 
 
236 aa  209  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1051  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.68 
 
 
236 aa  209  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.44318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3356  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.68 
 
 
236 aa  208  6e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1150  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.48 
 
 
236 aa  208  6e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.202106 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.68 
 
 
236 aa  208  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.68 
 
 
236 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  48.5 
 
 
245 aa  208  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 
242 aa  207  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1990  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.84 
 
 
241 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697946  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.44 
 
 
241 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.51 
 
 
242 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 
250 aa  206  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.48 
 
 
237 aa  205  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0983  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.46 
 
 
236 aa  205  5e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.291581 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  44.87 
 
 
243 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  45.13 
 
 
235 aa  202  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3534  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.27 
 
 
243 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.176306 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3606  two-component response regulator  41.67 
 
 
238 aa  201  9e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0811  two-component response regulator  41.67 
 
 
238 aa  201  9e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 
236 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  47.01 
 
 
239 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0681  two-component response regulator  41.67 
 
 
238 aa  199  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000276194  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0562  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  199  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 
253 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 
241 aa  198  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 
240 aa  198  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 
251 aa  197  9e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04277  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ArcB or CpxA  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.896117  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4637  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0297029  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04242  hypothetical protein  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.889846  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00933  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5916  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.284367  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.96 
 
 
245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3655  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115907  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4952  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.198521  normal  0.89803 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5000  two-component response regulator  41.23 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 
239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.64 
 
 
240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 
240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  41.13 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.14 
 
 
240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  41.56 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  41.13 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004461  aerobic respiration control protein ArcA  41.67 
 
 
238 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000105121  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.32 
 
 
248 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  41.56 
 
 
238 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4949  two-component response regulator  40.79 
 
 
238 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 
241 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  45.78 
 
 
241 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 
243 aa  195  6e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0533  two-component response regulator  41.99 
 
 
238 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3865  two-component response regulator  41.38 
 
 
238 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000288449  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3671  two-component response regulator  41.38 
 
 
238 aa  193  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 
251 aa  193  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  193  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.41 
 
 
236 aa  192  4e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  47.16 
 
 
249 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  191  6e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  191  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2984  two-component response regulator  41.56 
 
 
238 aa  191  6e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  191  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  191  6e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  40.69 
 
 
238 aa  191  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 
243 aa  191  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0531  two-component response regulator  40.95 
 
 
238 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  40.52 
 
 
238 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0082  two-component response regulator  42.48 
 
 
235 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  40.51 
 
 
245 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  40.51 
 
 
245 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  41.63 
 
 
238 aa  188  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>