More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3232 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3232  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  484  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3280  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 		 241 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 244 aa  191  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  42.55 
 
 		 244 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 248 aa  177  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  42.55 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2802  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.85 
 
 		 246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6059  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.53 
 
 		 246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 239 aa  169  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  41.13 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  41.38 
 
 		 238 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  40.6 
 
 		 245 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 238 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 246 aa  168  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  41.56 
 
 		 246 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 240 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 238 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 246 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  42.37 
 
 		 257 aa  167  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 246 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 246 aa  166  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 246 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1763  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.809645  normal  0.127578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.69 
 
 		 246 aa  166  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 235 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.03 
 
 		 247 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  39.48 
 
 		 240 aa  164  8e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  39.48 
 
 		 240 aa  164  8e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2393  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.95 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  39 
 
 		 246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2116  response regulator receiver  41.95 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124282 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4376  winged helix family two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3373  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.584151  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2069  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.82 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.501994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4667  two component transcriptional regulator  39.67 
 
 		 247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  42.13 
 
 		 244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.65 
 
 		 236 aa  163  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3286  two component transcriptional regulator  43.59 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  40.6 
 
 		 246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  40.09 
 
 		 243 aa  162  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 262 aa  161  7e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 246 aa  161  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 246 aa  161  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0094  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 		 246 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 246 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 244 aa  161  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 246 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  43.23 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  43.42 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  43.23 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  40.66 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  43.23 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  40.97 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  40.6 
 
 		 245 aa  159  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  40.97 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  40.97 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 239 aa  159  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 248 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.42 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  42.11 
 
 		 240 aa  159  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  40.52 
 
 		 238 aa  158  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  41.23 
 
 		 245 aa  158  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  41.67 
 
 		 241 aa  158  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  39 
 
 		 247 aa  158  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  42.79 
 
 		 243 aa  158  8e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5596  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 		 235 aa  158  8e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  40.61 
 
 		 238 aa  158  9e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  40.53 
 
 		 239 aa  158  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  40.97 
 
 		 239 aa  158  9e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  38.86 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  40.97 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  40.97 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 238 aa  156  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  39.21 
 
 		 240 aa  156  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  40.53 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  41.67 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  40.09 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 251 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.36 
 
 		 239 aa  156  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  41.23 
 
 		 241 aa  155  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  40.53 
 
 		 241 aa  155  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  41.67 
 
 		 243 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.41 
 
 		 275 aa  155  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.79 
 
 		 236 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>