More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5378 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5378  response regulator receiver protein  100 
 
 		 233 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0943  two component transcriptional regulator  38.2 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0399291  normal  0.264545 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4606  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.1 
 
 		 237 aa  131  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2394  two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 255 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0518821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1540  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 260 aa  126  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 261 aa  122  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1025  two component transcriptional regulator  32.02 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.417875  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 240 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 245 aa  115  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 239 aa  115  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  34.19 
 
 		 248 aa  111  8.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.28 
 
 		 240 aa  111  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  32.38 
 
 		 252 aa  111  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0224  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  33.18 
 
 		 243 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  32.52 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  31.47 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.38 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  31.17 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.6 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  36.24 
 
 		 241 aa  109  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  33.64 
 
 		 224 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  36.24 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  36.24 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  36.24 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  36.24 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 261 aa  109  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  34.06 
 
 		 243 aa  108  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  35.81 
 
 		 241 aa  108  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  35.37 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  35.37 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3376  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.22 
 
 		 242 aa  108  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  35.47 
 
 		 257 aa  108  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2517  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0413154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  32.6 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  37.09 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  32.73 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1287  two component transcriptional regulator  34.53 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1839  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.1183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  35.44 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  34.5 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  35.37 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  35.37 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  32.9 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  32.73 
 
 		 259 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  35.37 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2804  two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000183823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0634  two component transcriptional regulator  31.8 
 
 		 255 aa  105  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.823943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3274  transcriptional regulator OmpR, putative  34.65 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0331967  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  34.93 
 
 		 240 aa  105  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 224 aa  105  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2872  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000541059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0376  two component transcriptional regulator  30.84 
 
 		 240 aa  105  6e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  30.26 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  34.63 
 
 		 241 aa  105  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 247 aa  105  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  29.74 
 
 		 237 aa  105  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.04 
 
 		 239 aa  105  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  34.15 
 
 		 240 aa  105  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  34.15 
 
 		 240 aa  105  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3164  two component response regulator  36.41 
 
 		 232 aa  105  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0516901  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  35.27 
 
 		 219 aa  105  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0577  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 240 aa  105  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48747  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1099  two component transcriptional regulator  29.31 
 
 		 241 aa  105  9e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000014675  normal  0.683329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  36.15 
 
 		 220 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0107  DNA-binding response regulator  34.21 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  33.19 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>