151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3226 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3226  GTP-binding protein HSR1-related  100 
 
 		 473 aa  934    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4735  GTP-binding protein, HSR1-related  48.51 
 
 		 462 aa  338  9e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.192614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0331  GTP-binding protein HSR1-related  47.37 
 
 		 454 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5363  GTP-binding protein, HSR1-like  47.75 
 
 		 461 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5186  GTP-binding protein HSR1-related  46.91 
 
 		 454 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.437864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4212  GTP-binding protein, HSR1-related  47.72 
 
 		 455 aa  317  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5007  GTP-binding protein, HSR1-related  46.22 
 
 		 454 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5134  hypothetical protein  46 
 
 		 456 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0439  hypothetical protein  47.02 
 
 		 462 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48140  HSR1-related GTP-binding protein  46.4 
 
 		 447 aa  303  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0149  hypothetical protein  47.32 
 
 		 462 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0511  GTP-binding protein HSR1-related  46.72 
 
 		 462 aa  298  1e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.886281  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04510  hypothetical protein  48.85 
 
 		 459 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0437  hypothetical protein  47.7 
 
 		 458 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.967071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3494  GTP-binding protein, HSR1-related  35.23 
 
 		 464 aa  265  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000393129 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4059  GTP-binding protein HSR1-related  30.93 
 
 		 454 aa  223  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1298  GTP-binding protein, HSR1-related  34.35 
 
 		 538 aa  187  4e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1205  GTP-binding protein, HSR1-related  34.74 
 
 		 520 aa  182  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1120  hypothetical protein  33.48 
 
 		 524 aa  178  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0950  GTP-binding protein, HSR1-related  28.45 
 
 		 467 aa  104  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.892175  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0660  GTP-binding protein HSR1-related  28.69 
 
 		 468 aa  71.2  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2941  GTP-binding protein HSR1-related  29.27 
 
 		 508 aa  70.5  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.781995 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0080  hypothetical protein  24.56 
 
 		 476 aa  62.4  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1450  GTP-binding protein HSR1-related  25.57 
 
 		 474 aa  57.8  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1159  GTP-binding protein EngA  28.98 
 
 		 436 aa  54.3  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.427593  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3676  translation initiation factor IF-2  28.4 
 
 		 971 aa  53.5  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156109  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2690  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.94 
 
 		 228 aa  53.5  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.633717  normal  0.0200089 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3092  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.94 
 
 		 228 aa  53.5  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  31.78 
 
 		 437 aa  51.2  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  43.55 
 
 		 437 aa  51.2  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1202  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  30.71 
 
 		 226 aa  50.8  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0025495 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  26.35 
 
 		 921 aa  50.4  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  26.35 
 
 		 884 aa  50.4  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  44.44 
 
 		 440 aa  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  25.75 
 
 		 883 aa  49.7  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1669  translation initiation factor IF-2  25.15 
 
 		 949 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1302  translation initiation factor IF-2  25.75 
 
 		 986 aa  49.7  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.454709  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2981  translation initiation factor IF-2  25.75 
 
 		 980 aa  49.7  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.22631e-28 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02091  tRNA modification GTPase TrmE  41.27 
 
 		 460 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.146144  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0191  tRNA modification GTPase TrmE  41.27 
 
 		 460 aa  49.3  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.377202  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  37.18 
 
 		 426 aa  48.9  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf755  tRNA modification GTPase TrmE  32.18 
 
 		 442 aa  48.9  0.0002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1520  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.38 
 
 		 194 aa  48.5  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02071  tRNA modification GTPase TrmE  41.27 
 
 		 460 aa  49.3  0.0002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.214831  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02181  tRNA modification GTPase TrmE  35.62 
 
 		 461 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01335  putative translation initiation factor  26.86 
 
 		 943 aa  48.9  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0473  small GTP-binding protein  27.06 
 
 		 403 aa  48.5  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0038153  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2867  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.27 
 
 		 216 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2681  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.27 
 
 		 216 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.768728  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1940  translation initiation factor IF-2  26.9 
 
 		 679 aa  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.995818  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1658  translation initiation factor IF-2  26.9 
 
 		 679 aa  48.5  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2131  GTP-binding protein EngA  32.76 
 
 		 441 aa  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000643599  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  25.75 
 
 		 882 aa  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2672  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  38.16 
 
 		 216 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.922288  normal  0.0302457 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2774  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.27 
 
 		 216 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.199126  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0014  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  27.92 
 
 		 206 aa  47.8  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.877601  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  40.58 
 
 		 442 aa  48.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  41.18 
 
 		 448 aa  48.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0369  translation initiation factor IF-2  26.13 
 
 		 991 aa  47.8  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0109319  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0654  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.25 
 
 		 196 aa  47.4  0.0006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000108804  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3190  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  38.6 
 
 		 207 aa  47  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.643787  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1462  translation initiation factor IF-2  25.88 
 
 		 1022 aa  47  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.887341  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  28.21 
 
 		 885 aa  47  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01210  conserved hypothetical protein  36.25 
 
 		 669 aa  46.6  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1208  translation initiation factor IF-2  27.27 
 
 		 658 aa  46.6  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000392009  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2452  translation initiation factor IF-2  25 
 
 		 904 aa  46.2  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 428 aa  46.2  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0762  GTP-binding protein EngA  31.01 
 
 		 467 aa  46.2  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0334743 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14570  translation initiation factor 2  26.19 
 
 		 938 aa  46.6  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00182457  normal  0.54145 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0113  GTP-binding protein  35.71 
 
 		 202 aa  46.6  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0314  tRNA modification GTPase TrmE  28.92 
 
 		 450 aa  46.2  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00576337  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 428 aa  46.2  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  27.7 
 
 		 964 aa  45.8  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00015  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.68 
 
 		 212 aa  46.2  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1132  translation initiation factor IF-2  25.24 
 
 		 738 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00703147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1531  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.5 
 
 		 219 aa  46.2  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.348645  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0680  tRNA modification GTPase TrmE  44.62 
 
 		 438 aa  45.4  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000180906  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1051  translation initiation factor IF-2  26.54 
 
 		 845 aa  45.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2134  translation initiation factor IF-2  23.96 
 
 		 978 aa  45.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149988  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4525  GTP-binding protein EngA  32.64 
 
 		 446 aa  45.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.68951 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3751  translation initiation factor IF-2  24.87 
 
 		 729 aa  45.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00372327  unclonable  0.0000243777 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  41.89 
 
 		 431 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2774  translation initiation factor IF-2  39.24 
 
 		 1131 aa  45.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0650084  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4413  GTP-binding protein EngA  32.64 
 
 		 446 aa  45.8  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4387  translation initiation factor IF-2  28.38 
 
 		 917 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.582492 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4043  GTP-binding protein EngA  32.64 
 
 		 446 aa  45.8  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0947633  normal  0.421854 
 
 
-
 
NC_002936  DET0983  translation initiation factor IF-2  37.66 
 
 		 593 aa  45.1  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_855  translation initiation factor 2 (IF-2)  37.66 
 
 		 593 aa  45.1  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00962289  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0773  GTPases  40.32 
 
 		 280 aa  45.1  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.79834e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0563  translation initiation factor IF-2  35.38 
 
 		 830 aa  45.1  0.003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.114537  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  26.71 
 
 		 848 aa  44.7  0.003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1630  translation initiation factor IF-2  26.32 
 
 		 956 aa  45.1  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0402  translation initiation factor IF-2  22.62 
 
 		 911 aa  45.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000176778  normal  0.341297 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1117  GTP-binding protein HSR1-related  40.35 
 
 		 197 aa  45.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1105  GTP-binding protein HSR1-related  35.09 
 
 		 193 aa  44.7  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.322379 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  25 
 
 		 441 aa  44.7  0.004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  25.45 
 
 		 903 aa  44.7  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0709  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  36.84 
 
 		 262 aa  44.7  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194963 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4226  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  24.17 
 
 		 211 aa  44.7  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10318  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12854  translation initiation factor IF-2  25.6 
 
 		 900 aa  44.3  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000971271  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>