More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3001 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_3001  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 217 aa  448  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.471781 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1576  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  41.86 
 
 		 228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0273735  normal  0.277013 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2932  GntR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 228 aa  177  9e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0708  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  40.57 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3642  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 233 aa  156  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4635  GntR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  39.62 
 
 		 244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2988  histidine utilization repressor  37.26 
 
 		 241 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1300  histidine utilization repressor  37.5 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.267444 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00724  histidine utilization repressor  36.53 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579746  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2547  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  38.16 
 
 		 242 aa  138  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4638  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 		 247 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1438  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2358  histidine utilization repressor  36.06 
 
 		 244 aa  135  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6920  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  37.09 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  36.32 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4895  histidine utilization repressor  36.32 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6454  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.718426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  36.32 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2105  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  36.92 
 
 		 249 aa  130  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.871595  normal  0.158429 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  35.43 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  35.43 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0927  histidine utilization repressor  37.44 
 
 		 247 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.721567  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0869  histidine utilization repressor  37.44 
 
 		 247 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.287597  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5445  histidine utilization repressor  35.43 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0118538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5924  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  36.15 
 
 		 240 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354183  normal  0.182633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  34.98 
 
 		 245 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1656  histidine utilization repressor  38.28 
 
 		 235 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00445076  normal  0.818618 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6444  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 234 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5963  transcriptional regulator GntR family  36.63 
 
 		 249 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  34.4 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  34.4 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  33.49 
 
 		 255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1686  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 226 aa  117  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4219  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 255 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  34.76 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4087  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  36.81 
 
 		 195 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.489248 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  31.31 
 
 		 231 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0081  histidine utilization repressor  30.99 
 
 		 234 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  28.7 
 
 		 234 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  34.6 
 
 		 252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  30.84 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  30.66 
 
 		 231 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1040  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  37.38 
 
 		 686 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  31.31 
 
 		 231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2976  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0845294  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  30.66 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  30.84 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  30.66 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  30.66 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  30.84 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6592  histidine utilization repressor  32.69 
 
 		 251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174698  normal  0.101362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5746  histidine utilization repressor  32.69 
 
 		 251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  30.84 
 
 		 231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6110  histidine utilization repressor  32.69 
 
 		 251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  30.37 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  30.41 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0096  histidine utilization repressor  30.33 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0098  histidine utilization repressor  30.33 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003719  histidine utilization repressor  28.05 
 
 		 235 aa  108  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.746481  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  29.91 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  30.37 
 
 		 234 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  30.37 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.19 
 
 		 245 aa  108  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  26.42 
 
 		 234 aa  108  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0099  histidine utilization repressor  30.33 
 
 		 235 aa  108  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1823  histidine utilization repressor  35.62 
 
 		 267 aa  108  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325999  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0093  histidine utilization repressor  30.33 
 
 		 235 aa  108  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  30.66 
 
 		 231 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  30.66 
 
 		 231 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  30.19 
 
 		 231 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4170  histidine utilization repressor  29.91 
 
 		 234 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5618  histidine utilization repressor  31.4 
 
 		 251 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.214724 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5835  histidine utilization repressor  31.25 
 
 		 251 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.926396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  33.48 
 
 		 254 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4840  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  35.62 
 
 		 267 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.180839 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5105  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 251 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0431147  hitchhiker  0.00830494 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  30.99 
 
 		 251 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1824  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 227 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126933  normal  0.484103 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 250 aa  105  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4448  histidine utilization repressor  28.5 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  30.59 
 
 		 262 aa  105  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3758  histidine utilization repressor  28.97 
 
 		 235 aa  105  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4839  histidine utilization repressor  28.5 
 
 		 233 aa  105  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0101  histidine utilization repressor  29.86 
 
 		 235 aa  104  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4839  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.73 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.187571 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3954  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  28.97 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4253  histidine utilization repressor  29.86 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  27.78 
 
 		 245 aa  102  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0078  histidine utilization repressor  28.97 
 
 		 235 aa  102  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3583  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 256 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0096  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 235 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5923  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  30.37 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.113874 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1929  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 260 aa  99.8  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0082  histidine utilization repressor  27.96 
 
 		 235 aa  98.2  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6916  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  30.41 
 
 		 251 aa  98.2  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2882  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  28.77 
 
 		 237 aa  97.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 261 aa  97.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>