206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4087 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4087  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  100 
 
 		 195 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.489248 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5924  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  59.07 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354183  normal  0.182633 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6920  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  57.51 
 
 		 239 aa  236  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2988  histidine utilization repressor  55.44 
 
 		 241 aa  232  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1438  GntR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 248 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0927  histidine utilization repressor  53.65 
 
 		 247 aa  209  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.721567  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0869  histidine utilization repressor  53.65 
 
 		 247 aa  209  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.287597  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6454  GntR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.718426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2358  histidine utilization repressor  47.94 
 
 		 244 aa  183  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2547  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  45.64 
 
 		 242 aa  169  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6444  transcriptional regulator, GntR family  41.75 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4635  GntR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1300  histidine utilization repressor  44.97 
 
 		 237 aa  159  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.267444 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5963  transcriptional regulator GntR family  44.27 
 
 		 249 aa  159  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4219  GntR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 231 aa  159  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1656  histidine utilization repressor  47.12 
 
 		 235 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00445076  normal  0.818618 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4638  transcriptional regulator, GntR family  41.8 
 
 		 247 aa  155  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00724  histidine utilization repressor  41.97 
 
 		 234 aa  151  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579746  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1040  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  45.55 
 
 		 686 aa  147  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  41.21 
 
 		 244 aa  140  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1686  GntR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 226 aa  137  8.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2976  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 242 aa  125  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0845294  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3001  GntR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 217 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.471781 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  32.65 
 
 		 252 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  31.41 
 
 		 249 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 255 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  30.89 
 
 		 273 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  32.98 
 
 		 255 aa  108  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2112  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 255 aa  105  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2511  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 255 aa  105  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0551986 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  30.53 
 
 		 248 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  31.22 
 
 		 231 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0358  histidine utilization repressor  30.69 
 
 		 249 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.824022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4895  histidine utilization repressor  30.26 
 
 		 245 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 248 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  31.22 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5445  histidine utilization repressor  30.26 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0118538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  31.22 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  31.22 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  31.22 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  30.53 
 
 		 248 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  30.53 
 
 		 248 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  30.69 
 
 		 231 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  30.69 
 
 		 231 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  29.74 
 
 		 245 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  30.26 
 
 		 245 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  29.74 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  31.63 
 
 		 250 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  29.74 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  34.22 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  31.79 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4559  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.51 
 
 		 253 aa  103  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2221  histidine utilization repressor  29.38 
 
 		 255 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  30.32 
 
 		 234 aa  102  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2647  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.96 
 
 		 251 aa  102  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  29.74 
 
 		 245 aa  101  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4702  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 248 aa  101  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0392151  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  30.26 
 
 		 251 aa  101  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4840  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  34.02 
 
 		 267 aa  100  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.180839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1261  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  30.73 
 
 		 247 aa  100  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  29.1 
 
 		 231 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  32.63 
 
 		 236 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1823  histidine utilization repressor  32.31 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325999  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0708  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.67 
 
 		 233 aa  99.8  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  28.88 
 
 		 245 aa  98.2  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  32.11 
 
 		 245 aa  97.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  27.03 
 
 		 234 aa  96.3  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  28.65 
 
 		 254 aa  96.3  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  32.98 
 
 		 256 aa  96.3  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3905  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 255 aa  95.9  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  31.41 
 
 		 231 aa  95.5  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 251 aa  95.1  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  30.37 
 
 		 231 aa  94.4  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2078  histidine utilization repressor  26.98 
 
 		 251 aa  94.4  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 269 aa  93.2  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1020  histidine utilization repressor  28.65 
 
 		 244 aa  93.2  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1262  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 244 aa  93.6  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4698  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 253 aa  92.4  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  29.84 
 
 		 262 aa  92.8  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2408  histidine utilization repressor  31.05 
 
 		 266 aa  92.4  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.067403  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4839  histidine utilization repressor  31.35 
 
 		 233 aa  92.4  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003719  histidine utilization repressor  27.27 
 
 		 235 aa  92.4  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.746481  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  30.57 
 
 		 231 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  30.57 
 
 		 231 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  30.57 
 
 		 231 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0853  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 282 aa  91.7  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.122159  hitchhiker  0.00270002 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 261 aa  91.3  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  30.37 
 
 		 231 aa  90.5  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  30.21 
 
 		 231 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  30.21 
 
 		 231 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3583  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 256 aa  90.9  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02076  hypothetical protein  26.2 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  31.44 
 
 		 231 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  30.93 
 
 		 231 aa  89.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  30.37 
 
 		 231 aa  89.4  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  29.1 
 
 		 231 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3642  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 233 aa  89  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  29.1 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  29.1 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2932  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 228 aa  88.6  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>