More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3642 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3642  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  482  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2932  GntR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1576  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  42.15 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0273735  normal  0.277013 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0708  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  36.09 
 
 		 233 aa  167  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3001  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 217 aa  156  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.471781 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2547  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  35.58 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1300  histidine utilization repressor  35.44 
 
 		 237 aa  138  8.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.267444 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00724  histidine utilization repressor  33.65 
 
 		 234 aa  123  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579746  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2988  histidine utilization repressor  30.7 
 
 		 241 aa  122  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2358  histidine utilization repressor  31.84 
 
 		 244 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2105  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.18 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.871595  normal  0.158429 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  32.87 
 
 		 244 aa  115  6.9999999999999995e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6454  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 245 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.718426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1438  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  31.65 
 
 		 260 aa  111  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1686  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4635  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4895  histidine utilization repressor  29.82 
 
 		 245 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0927  histidine utilization repressor  32.21 
 
 		 247 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.721567  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5963  transcriptional regulator GntR family  33.17 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6920  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  28.85 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0869  histidine utilization repressor  32.21 
 
 		 247 aa  106  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.287597  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2976  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 242 aa  105  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0845294  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5924  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  27.88 
 
 		 240 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354183  normal  0.182633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1040  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.17 
 
 		 686 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1656  histidine utilization repressor  34.15 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00445076  normal  0.818618 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5445  histidine utilization repressor  28.95 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0118538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  28.31 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6444  transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4219  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  28.51 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  28.51 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  28.51 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  28.31 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  28.44 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  28.44 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  28.07 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4638  transcriptional regulator, GntR family  26.05 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  28.51 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 231 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  27.06 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5618  histidine utilization repressor  28.95 
 
 		 251 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.214724 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5835  histidine utilization repressor  28.95 
 
 		 251 aa  96.3  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.926396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  25.69 
 
 		 262 aa  95.9  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  27.4 
 
 		 231 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 269 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  27.4 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  27.4 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  27.4 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  27.4 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  27.4 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  27.4 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  27.4 
 
 		 231 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  26.94 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6592  histidine utilization repressor  27.88 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174698  normal  0.101362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5746  histidine utilization repressor  27.88 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6110  histidine utilization repressor  27.88 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  27.52 
 
 		 231 aa  92.4  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  27.52 
 
 		 231 aa  92  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  29.19 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5105  histidine utilization repressor  25.22 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0431147  hitchhiker  0.00830494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  27.52 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  27.52 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  25.23 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 255 aa  89  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4087  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.89 
 
 		 195 aa  89  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.489248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  26.32 
 
 		 245 aa  89  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  26.82 
 
 		 236 aa  87  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 251 aa  86.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1750  GntR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0970545  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  26.94 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2408  histidine utilization repressor  24.43 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.067403  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2647  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  24.11 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1824  GntR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126933  normal  0.484103 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  23.39 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1261  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  23.21 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  25.45 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2476  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  25 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00699876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  23.39 
 
 		 250 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  23.39 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4839  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  26.11 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.187571 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2648  histidine utilization repressor transcription regulator protein  24.55 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186467  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  22.94 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  22.94 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 248 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1020  histidine utilization repressor  26.61 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1262  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2511  histidine utilization repressor  21.88 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0551986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2112  histidine utilization repressor  21.88 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1294  histidine utilization repressor  26.51 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  24.88 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6308  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.818564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  23.39 
 
 		 251 aa  77  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>