More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2105 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2105  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  100 
 
 		 249 aa  511  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.871595  normal  0.158429 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2932  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1576  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  39.3 
 
 		 228 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0273735  normal  0.277013 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3001  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 217 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.471781 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6454  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.718426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  34.1 
 
 		 260 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00724  histidine utilization repressor  35.02 
 
 		 234 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579746  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3642  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 233 aa  122  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0708  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  37.57 
 
 		 233 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 255 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2988  histidine utilization repressor  32.89 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  33.94 
 
 		 244 aa  115  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  32.26 
 
 		 255 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1300  histidine utilization repressor  33.64 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.267444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  31.8 
 
 		 256 aa  108  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2547  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.18 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6920  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.8 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4219  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0853  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.122159  hitchhiker  0.00270002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  29.49 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  30.22 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4635  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1656  histidine utilization repressor  36.15 
 
 		 235 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00445076  normal  0.818618 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0927  histidine utilization repressor  33.49 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.721567  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5924  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.8 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354183  normal  0.182633 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0869  histidine utilization repressor  33.49 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.287597  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  29.91 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  29.91 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  29.91 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5963  transcriptional regulator GntR family  31.94 
 
 		 249 aa  99.8  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  98.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  98.6  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 269 aa  98.6  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  98.6  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  98.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  30.8 
 
 		 231 aa  98.6  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  29.78 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  29.78 
 
 		 231 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3599  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 256 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  29.78 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  28.57 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  27.91 
 
 		 248 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  28.57 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1438  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 248 aa  95.9  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  30.36 
 
 		 231 aa  95.5  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  30.36 
 
 		 231 aa  95.5  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4638  transcriptional regulator, GntR family  33.97 
 
 		 247 aa  95.5  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  30.88 
 
 		 236 aa  95.1  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  29.02 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2358  histidine utilization repressor  31.34 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  29.46 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  29.36 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  30.36 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  29.65 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  26.61 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 284 aa  93.6  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  28.96 
 
 		 273 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4355  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.03 
 
 		 256 aa  92.4  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  29.55 
 
 		 245 aa  92  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  28.57 
 
 		 252 aa  92  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2581  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 247 aa  92  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  29.55 
 
 		 245 aa  92  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  28.37 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  29.55 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  29.05 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1802  GntR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 264 aa  90.5  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0871111  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  29.46 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1929  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1686  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6444  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 234 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3954  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  28.45 
 
 		 247 aa  90.9  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1040  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.8 
 
 		 686 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0358  histidine utilization repressor  27.23 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.824022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  29.78 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 250 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  27.68 
 
 		 250 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  29.68 
 
 		 245 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  29.02 
 
 		 234 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  27.23 
 
 		 250 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1262  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 244 aa  88.6  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 376 aa  88.2  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0081  histidine utilization repressor  28.37 
 
 		 234 aa  88.2  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4895  histidine utilization repressor  29.68 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2205  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 278 aa  87  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  27.98 
 
 		 254 aa  86.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1750  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 332 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0794  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 376 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2476  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  30.35 
 
 		 237 aa  85.9  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00699876  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>