More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5963 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5963  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 
249 aa  511  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1438  GntR family transcriptional regulator  55.17 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2988  histidine utilization repressor  50.42 
 
 
241 aa  252  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0927  histidine utilization repressor  56.12 
 
 
247 aa  252  4.0000000000000004e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.721567  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0869  histidine utilization repressor  56.12 
 
 
247 aa  252  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.287597  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6920  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  53.19 
 
 
239 aa  251  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5924  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  53.36 
 
 
240 aa  248  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354183  normal  0.182633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6454  GntR family transcriptional regulator  45.3 
 
 
245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.718426  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2358  histidine utilization repressor  45.02 
 
 
244 aa  211  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1300  histidine utilization repressor  44.16 
 
 
237 aa  207  9e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.267444 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2547  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  43.51 
 
 
242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139406  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00724  histidine utilization repressor  43.16 
 
 
234 aa  196  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579746  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1656  histidine utilization repressor  45.73 
 
 
235 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00445076  normal  0.818618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1040  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  47.01 
 
 
686 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4635  GntR family transcriptional regulator  43.91 
 
 
233 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195845  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4638  transcriptional regulator, GntR family  39.06 
 
 
247 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6444  transcriptional regulator, GntR family  39.39 
 
 
234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4087  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  44.27 
 
 
195 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.489248 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  37.99 
 
 
244 aa  167  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4219  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
231 aa  160  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1686  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 
226 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2976  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0845294  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3001  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
217 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.471781 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  32.07 
 
 
236 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1261  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  32.6 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  31.3 
 
 
251 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
251 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  33.48 
 
 
250 aa  131  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  33.04 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2078  histidine utilization repressor  29.82 
 
 
251 aa  129  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2221  histidine utilization repressor  28.94 
 
 
255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2511  histidine utilization repressor  28.94 
 
 
255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0551986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2112  histidine utilization repressor  28.94 
 
 
255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4559  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  35.09 
 
 
253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2647  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.28 
 
 
251 aa  129  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.33 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  31.76 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  30.7 
 
 
273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  31.42 
 
 
231 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  31.42 
 
 
231 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
255 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  31.42 
 
 
231 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  31.42 
 
 
231 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  31.42 
 
 
231 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  30.7 
 
 
249 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  31.42 
 
 
231 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  31.42 
 
 
231 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0358  histidine utilization repressor  29.96 
 
 
249 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.824022  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  31.22 
 
 
245 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  31.22 
 
 
245 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5445  histidine utilization repressor  30.8 
 
 
245 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0118538  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4895  histidine utilization repressor  30.8 
 
 
245 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  30.8 
 
 
245 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  30.8 
 
 
245 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  31.58 
 
 
260 aa  122  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0708  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.61 
 
 
233 aa  121  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  32.34 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4702  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
248 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0392151  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  30.53 
 
 
231 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  28.51 
 
 
248 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3905  GntR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
255 aa  118  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0853  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
282 aa  118  7.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.122159  hitchhiker  0.00270002 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  28.07 
 
 
262 aa  118  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  30.87 
 
 
231 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  30.43 
 
 
245 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3642  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
233 aa  117  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536333  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  27.63 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  29.91 
 
 
234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  30.43 
 
 
231 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  30.73 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  27.63 
 
 
248 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  31.82 
 
 
245 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2581  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  30 
 
 
231 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  30 
 
 
231 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  30 
 
 
231 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1262  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4840  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.33 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.180839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1823  histidine utilization repressor  31.33 
 
 
267 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325999  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02076  hypothetical protein  29.26 
 
 
235 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  29.2 
 
 
231 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2932  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
228 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  29.52 
 
 
256 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0505  histidine utilization repressor  30.32 
 
 
301 aa  112  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  28.76 
 
 
231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  29.57 
 
 
231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  29.57 
 
 
231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1576  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.4 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0273735  normal  0.277013 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003719  histidine utilization repressor  28.51 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.746481  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4170  histidine utilization repressor  30.51 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  29.2 
 
 
234 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1750  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
254 aa  109  5e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0970545  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4839  histidine utilization repressor  30.7 
 
 
233 aa  109  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3758  histidine utilization repressor  30.7 
 
 
235 aa  107  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3954  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  30.67 
 
 
247 aa  107  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  27.56 
 
 
234 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0082  histidine utilization repressor  31.02 
 
 
235 aa  106  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
269 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3583  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
256 aa  105  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>