More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0708 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0708  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  100 
 
 		 233 aa  476  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2932  GntR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 228 aa  174  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1576  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  44.29 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0273735  normal  0.277013 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3001  GntR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 217 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.471781 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3642  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 233 aa  167  9e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  38.6 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  38.6 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  38.6 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  39.17 
 
 		 260 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  37.72 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  38.16 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4895  histidine utilization repressor  37.72 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5445  histidine utilization repressor  37.72 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0118538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2988  histidine utilization repressor  32.31 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5924  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.91 
 
 		 240 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354183  normal  0.182633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1300  histidine utilization repressor  37.95 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.267444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  37.62 
 
 		 256 aa  132  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  33.79 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  37.33 
 
 		 244 aa  129  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6454  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.718426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2547  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.33 
 
 		 242 aa  128  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6920  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  32.14 
 
 		 239 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  35.48 
 
 		 262 aa  125  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4638  transcriptional regulator, GntR family  34.1 
 
 		 247 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1438  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  34.07 
 
 		 234 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  33.62 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2358  histidine utilization repressor  36.24 
 
 		 244 aa  121  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6444  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0927  histidine utilization repressor  35.09 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.721567  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5618  histidine utilization repressor  39.81 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.214724 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0869  histidine utilization repressor  35.09 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.287597  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1656  histidine utilization repressor  38.21 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00445076  normal  0.818618 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  33.78 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  34.1 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  34.56 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  34.1 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00724  histidine utilization repressor  32.89 
 
 		 234 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579746  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2976  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 242 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0845294  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5835  histidine utilization repressor  39.17 
 
 		 251 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.926396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  34.1 
 
 		 231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  34.1 
 
 		 231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  33.18 
 
 		 231 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  33.64 
 
 		 231 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  33.48 
 
 		 252 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  33.64 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5746  histidine utilization repressor  39.17 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6592  histidine utilization repressor  39.17 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174698  normal  0.101362 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6110  histidine utilization repressor  39.17 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1040  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  41.78 
 
 		 686 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2105  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  37.43 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.871595  normal  0.158429 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  34.6 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  32.23 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4219  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 231 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4840  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.33 
 
 		 267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.180839 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  31.16 
 
 		 245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2476  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.64 
 
 		 237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00699876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1686  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2882  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.64 
 
 		 237 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0505  histidine utilization repressor  32.23 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003719  histidine utilization repressor  32.42 
 
 		 235 aa  113  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.746481  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03128  histidine utilization repressor  31.22 
 
 		 246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  32.72 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1823  histidine utilization repressor  32.88 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325999  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  32.72 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1020  histidine utilization repressor  33.49 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  32.72 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 251 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  32.72 
 
 		 231 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  32.7 
 
 		 251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 236 aa  108  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4635  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 233 aa  108  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2511  histidine utilization repressor  30.41 
 
 		 255 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0551986 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02076  hypothetical protein  31.96 
 
 		 235 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2647  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.18 
 
 		 251 aa  108  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2112  histidine utilization repressor  30.41 
 
 		 255 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2221  histidine utilization repressor  30.41 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1261  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  32.72 
 
 		 247 aa  107  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  32.26 
 
 		 231 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  32.26 
 
 		 231 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5963  transcriptional regulator GntR family  32.61 
 
 		 249 aa  107  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  33.18 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2078  histidine utilization repressor  30.88 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  33.18 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  33.18 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  32.72 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  33.18 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  33.18 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  33.18 
 
 		 231 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  33.18 
 
 		 231 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  31.1 
 
 		 248 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 250 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1262  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 244 aa  105  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2581  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  30.62 
 
 		 248 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>