More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2581 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2581  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  507  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5923  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  61.6 
 
 
251 aa  310  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.113874 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6916  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  60.76 
 
 
251 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  61.4 
 
 
250 aa  295  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  61.4 
 
 
250 aa  294  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  58.55 
 
 
248 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  58.55 
 
 
248 aa  287  9e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  58.55 
 
 
248 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  57.69 
 
 
248 aa  285  4e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0358  histidine utilization repressor  57.69 
 
 
249 aa  285  7e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.824022  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  57.26 
 
 
273 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  57.26 
 
 
249 aa  281  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  58.01 
 
 
251 aa  278  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2221  histidine utilization repressor  56.41 
 
 
255 aa  270  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2511  histidine utilization repressor  56.41 
 
 
255 aa  269  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0551986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2112  histidine utilization repressor  56.41 
 
 
255 aa  269  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
251 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0505  histidine utilization repressor  56.25 
 
 
301 aa  265  4e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1261  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  55.56 
 
 
247 aa  264  8e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1262  GntR family transcriptional regulator  55.46 
 
 
244 aa  263  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2078  histidine utilization repressor  55.98 
 
 
251 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2647  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  55.56 
 
 
251 aa  258  8e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  53.78 
 
 
252 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4559  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  51.07 
 
 
253 aa  246  4e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0939  histidine utilization repressor  52.84 
 
 
241 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.997369  normal  0.595643 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0884  histidine utilization repressor  52.84 
 
 
241 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0825  histidine utilization repressor  52.84 
 
 
241 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0916  histidine utilization repressor  52.84 
 
 
241 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397561  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0853  histidine utilization repressor  52.84 
 
 
241 aa  242  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3905  GntR family transcriptional regulator  49.58 
 
 
255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4840  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  54.26 
 
 
267 aa  235  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.180839 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3758  histidine utilization repressor  46.9 
 
 
235 aa  234  7e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  50.22 
 
 
236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1823  histidine utilization repressor  53.36 
 
 
267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325999  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4170  histidine utilization repressor  47.35 
 
 
234 aa  232  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4448  histidine utilization repressor  48.67 
 
 
233 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0081  histidine utilization repressor  48.44 
 
 
234 aa  231  6e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3954  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  45.49 
 
 
247 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0078  histidine utilization repressor  47.79 
 
 
235 aa  226  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4253  histidine utilization repressor  47.14 
 
 
235 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  45.96 
 
 
245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0101  histidine utilization repressor  47.14 
 
 
235 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  46.49 
 
 
255 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5618  histidine utilization repressor  49.15 
 
 
251 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.214724 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0096  histidine utilization repressor  46.9 
 
 
235 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0096  GntR family transcriptional regulator  46.7 
 
 
235 aa  221  6e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4839  histidine utilization repressor  46.46 
 
 
233 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1294  histidine utilization repressor  48.28 
 
 
244 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0099  histidine utilization repressor  46.46 
 
 
235 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  49.1 
 
 
256 aa  219  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0093  histidine utilization repressor  46.46 
 
 
235 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5835  histidine utilization repressor  48.72 
 
 
251 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.926396  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0098  histidine utilization repressor  46.02 
 
 
235 aa  219  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  45.95 
 
 
245 aa  218  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6592  histidine utilization repressor  48.02 
 
 
251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174698  normal  0.101362 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  46.4 
 
 
260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5746  histidine utilization repressor  48.02 
 
 
251 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6110  histidine utilization repressor  48.02 
 
 
251 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  43.81 
 
 
231 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  46.9 
 
 
262 aa  215  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  45.13 
 
 
234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  43.36 
 
 
231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  43.36 
 
 
231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  43.36 
 
 
231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  43.36 
 
 
231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  45.13 
 
 
231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  43.36 
 
 
231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  43.36 
 
 
231 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
269 aa  212  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  44.69 
 
 
231 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  43.36 
 
 
231 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  44.16 
 
 
250 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  42.67 
 
 
234 aa  209  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0721  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  45.92 
 
 
237 aa  210  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274282  normal  0.4322 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4839  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  46.7 
 
 
253 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.187571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  44.49 
 
 
255 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  42.92 
 
 
231 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1824  GntR family transcriptional regulator  46.7 
 
 
227 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126933  normal  0.484103 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  43.61 
 
 
231 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2882  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  45.58 
 
 
237 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  43.61 
 
 
231 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  43.61 
 
 
231 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  44.05 
 
 
231 aa  208  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  42.04 
 
 
231 aa  207  9e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  42.04 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3583  GntR family transcriptional regulator  45.09 
 
 
256 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2476  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  45.13 
 
 
237 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00699876  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  43.17 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0082  histidine utilization repressor  44.25 
 
 
235 aa  207  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  43.61 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  42.04 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  43.61 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  42.04 
 
 
231 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  42.04 
 
 
231 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  42.04 
 
 
231 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2648  histidine utilization repressor transcription regulator protein  43.72 
 
 
237 aa  202  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186467  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5105  histidine utilization repressor  45.37 
 
 
251 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0431147  hitchhiker  0.00830494 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1750  GntR family transcriptional regulator  47.14 
 
 
254 aa  202  6e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0970545  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  44.64 
 
 
245 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  44.64 
 
 
245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.259882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>