More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4448 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4448  histidine utilization repressor  100 
 
 		 233 aa  483  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3758  histidine utilization repressor  83.26 
 
 		 235 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4839  histidine utilization repressor  87.12 
 
 		 233 aa  413  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4170  histidine utilization repressor  80.69 
 
 		 234 aa  391  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0078  histidine utilization repressor  78.11 
 
 		 235 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0096  GntR family transcriptional regulator  77.25 
 
 		 235 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0101  histidine utilization repressor  77.25 
 
 		 235 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4253  histidine utilization repressor  77.25 
 
 		 235 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0099  histidine utilization repressor  78.11 
 
 		 235 aa  387  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0098  histidine utilization repressor  78.11 
 
 		 235 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0096  histidine utilization repressor  77.25 
 
 		 235 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0093  histidine utilization repressor  78.11 
 
 		 235 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3954  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  74.68 
 
 		 247 aa  378  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0081  histidine utilization repressor  74.68 
 
 		 234 aa  365  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0082  histidine utilization repressor  72.53 
 
 		 235 aa  359  2e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  58.08 
 
 		 245 aa  280  9e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  52.84 
 
 		 273 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  51.3 
 
 		 248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  52.4 
 
 		 249 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0358  histidine utilization repressor  52.65 
 
 		 249 aa  240  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.824022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  50.87 
 
 		 248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1020  histidine utilization repressor  50 
 
 		 244 aa  238  9e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  50.43 
 
 		 250 aa  237  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  50.43 
 
 		 248 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  48.05 
 
 		 231 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  48.05 
 
 		 231 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  50 
 
 		 250 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  48.05 
 
 		 231 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  50.44 
 
 		 251 aa  235  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1262  GntR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 244 aa  234  6e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  48.05 
 
 		 231 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  48.05 
 
 		 231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2581  GntR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 247 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  47.19 
 
 		 231 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  47.62 
 
 		 231 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03128  histidine utilization repressor  47.13 
 
 		 246 aa  228  5e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1261  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  50 
 
 		 247 aa  227  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6916  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  49.56 
 
 		 251 aa  225  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5923  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  50.44 
 
 		 251 aa  224  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.113874 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2221  histidine utilization repressor  47.41 
 
 		 255 aa  224  7e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2078  histidine utilization repressor  48.47 
 
 		 251 aa  224  9e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3905  GntR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 255 aa  223  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2511  histidine utilization repressor  46.98 
 
 		 255 aa  221  7e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0551986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2112  histidine utilization repressor  46.98 
 
 		 255 aa  221  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 251 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  47.19 
 
 		 234 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  46.75 
 
 		 231 aa  218  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  46.75 
 
 		 231 aa  218  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  45.45 
 
 		 231 aa  218  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  45.89 
 
 		 231 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  45.89 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2647  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  47.79 
 
 		 251 aa  217  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  45.89 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  45.89 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  45.89 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  47.21 
 
 		 236 aa  217  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  45.89 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4559  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  47.19 
 
 		 253 aa  217  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  43.75 
 
 		 234 aa  217  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  45.89 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  45.02 
 
 		 231 aa  216  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  45.54 
 
 		 252 aa  214  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  45.02 
 
 		 231 aa  214  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  45.02 
 
 		 231 aa  214  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  45.02 
 
 		 231 aa  214  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  44 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0505  histidine utilization repressor  45.58 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 255 aa  211  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  44.59 
 
 		 231 aa  209  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  42.48 
 
 		 255 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003719  histidine utilization repressor  44.64 
 
 		 235 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.746481  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  44.16 
 
 		 231 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  44.16 
 
 		 231 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  42.48 
 
 		 234 aa  207  8e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  43.36 
 
 		 260 aa  207  9e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0884  histidine utilization repressor  46.05 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0916  histidine utilization repressor  46.05 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0825  histidine utilization repressor  46.05 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02076  hypothetical protein  44.21 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0939  histidine utilization repressor  46.05 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.997369  normal  0.595643 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1823  histidine utilization repressor  42.86 
 
 		 267 aa  205  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325999  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0853  histidine utilization repressor  46.05 
 
 		 241 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  44.4 
 
 		 236 aa  204  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4839  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  43.72 
 
 		 253 aa  204  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.187571 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4840  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  42.86 
 
 		 267 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.180839 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  42.92 
 
 		 256 aa  202  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1824  GntR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 227 aa  201  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126933  normal  0.484103 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 269 aa  201  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  41.59 
 
 		 245 aa  201  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5835  histidine utilization repressor  44.59 
 
 		 251 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.926396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5618  histidine utilization repressor  44.59 
 
 		 251 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.214724 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2648  histidine utilization repressor transcription regulator protein  42.79 
 
 		 237 aa  198  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  43.23 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  42.67 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  42.67 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2476  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  42.98 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00699876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  43.23 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5445  histidine utilization repressor  41.81 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0118538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2882  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  42.98 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>