More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1178 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1178  ABC transporter related  100 
 
 		 220 aa  438  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00268171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4396  ABC transporter related  56.22 
 
 		 255 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.758539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0346  ABC transporter related  56.02 
 
 		 227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.11442  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5296  ABC transporter related  55.56 
 
 		 217 aa  229  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0080  ABC transporter related  55.56 
 
 		 217 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6284  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  55.07 
 
 		 218 aa  225  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0686  ABC transporter ATP-binding protein  57.6 
 
 		 229 aa  224  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4686  ABC transporter related  56.68 
 
 		 230 aa  221  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6019  ABC transporter related  51.61 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3743  ABC transporter  53.66 
 
 		 222 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.153359  normal  0.0240293 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2670  ABC transporter, ATPase subunit  53.7 
 
 		 236 aa  215  5e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.983501  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1638  ABC transporter, ATP-binding protein  53.73 
 
 		 222 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3354  predicted ATPase involved in cell division FtsE  52.07 
 
 		 218 aa  210  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.506202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2028  ABC transporter related  53.43 
 
 		 221 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3735  ABC transporter ATP-binding protein  53.43 
 
 		 221 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2171  ABC transporter related  53.43 
 
 		 221 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.675184 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3022  ABC transporter related  52.78 
 
 		 229 aa  208  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000385784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0257  ABC transporter related  55.09 
 
 		 222 aa  206  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2553  ABC transporter related  54.46 
 
 		 218 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0193  ABC transporter related  53.7 
 
 		 226 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334053  normal  0.472012 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1542  ABC transporter, ATPase subunit  53.24 
 
 		 226 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2026  ABC transporter-like  51.72 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1578  ABC transporter ATP-binding protein  43.78 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0711118  normal  0.124176 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1251  ABC transporter related  46.38 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.799033  normal  0.890973 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4213  ABC transporter related  44.65 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0685  ABC transporter, ATPase protein  46.58 
 
 		 235 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.360664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3686  ABC transporter related  45.23 
 
 		 202 aa  177  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2955  ABC transporter, ATP-binding protein  48.28 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21930  ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component  48.58 
 
 		 280 aa  176  2e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.17909  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4405  ABC transporter related  46.3 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00499909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1689  ABC transporter related protein  46.4 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0942959 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2958  ABC transporter ATP-binding protein  42.44 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0717892 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3201  ABC transporter-related protein  48.74 
 
 		 221 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2425  ABC transporter related  44.66 
 
 		 228 aa  176  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2115  ABC transporter related  48.77 
 
 		 236 aa  175  6e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.398737  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0833  ABC transporter related  46.7 
 
 		 236 aa  174  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4457  ABC transporter related  46.5 
 
 		 253 aa  175  6e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3507  ABC transporter related  46.7 
 
 		 236 aa  174  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0856  ABC transporter related  46.7 
 
 		 236 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0868  ABC transporter related  46.7 
 
 		 236 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1468  ABC transporter related  44.86 
 
 		 233 aa  174  9e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.377952  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1349  ABC transporter related  51.06 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4106  ABC transporter related  41.35 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3961  ABC transporter related  46.54 
 
 		 255 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.538851  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0541  ABC transporter related protein  45.95 
 
 		 233 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0309  ABC transporter related  45.87 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1816  ABC transporter, ATP-binding protein  46.04 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.932395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0627  ABC transporter related  44.22 
 
 		 222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0939  ABC transporter related  44.06 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.2553  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0286  ABC transporter ATP-binding protein  39.91 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.441396  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1654  ABC transporter related  48.39 
 
 		 265 aa  171  5e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.185318 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0270  ABC transporter related protein  48.24 
 
 		 243 aa  171  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1393  ABC transporter related  44.98 
 
 		 230 aa  171  5.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2023  ABC transporter, ATP-binding protein  46.34 
 
 		 223 aa  171  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.366076  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1920  ABC transporter related  45.96 
 
 		 235 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1889  ABC transporter related  44.06 
 
 		 238 aa  171  6.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.236618  normal  0.569597 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2035  ABC transporter, ATP-binding protein  48.8 
 
 		 219 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.522762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1847  peptide ABC transporter ATPase  45.37 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.838866  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1972  ABC transporter related  43.93 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0090  ABC transporter related protein  47.24 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197502  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1400  ABC transporter, ATP-binding protein  45 
 
 		 219 aa  169  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2972  ABC transporter-like protein  43.2 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0713  ABC transporter related  47.15 
 
 		 223 aa  169  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1902  ABC transporter-related protein  43.44 
 
 		 233 aa  169  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0919196 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1293  ABC transporter-related protein  47.91 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0186144  normal  0.521274 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0799  ABC transporter related  47.5 
 
 		 266 aa  169  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0857  ABC transporter, ATP-binding protein  45.83 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3309  ABC transporter related  47.15 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27150  ABC transporter ATP-binding protein  44.61 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.358472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1995  ABC transporter related protein  45.41 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.691117  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2234  ABC transporter related  46.19 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.184169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0523  ABC transporter related  42.99 
 
 		 254 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2309  ABC transporter ATP-binding protein  41.74 
 
 		 237 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0709631  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6488  ABC transporter related protein  50.25 
 
 		 246 aa  169  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3953  ABC transporter-related protein  43.72 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.245664 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1486  ABC transporter, ATP-binding protein  45.1 
 
 		 249 aa  169  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2759  ABC transporter related  46.5 
 
 		 256 aa  168  5e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000159269  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1179  ABC transporter related  46.53 
 
 		 253 aa  168  5e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.515909  normal  0.937486 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3019  ABC transporter-related protein  43.56 
 
 		 237 aa  168  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1758  ABC transporter related  45 
 
 		 241 aa  168  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0908  ABC transporter related  47.32 
 
 		 235 aa  168  7e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0556  ABC transporter related  42.79 
 
 		 234 aa  168  7e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4473  ABC transporter related protein  45.23 
 
 		 291 aa  167  8e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.204662  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3716  ABC transporter related protein  44.22 
 
 		 244 aa  167  9e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3332  ABC transporter related  41.63 
 
 		 259 aa  167  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2351  ABC transporter related  45.69 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.234031  normal  0.139824 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0836  peptide ABC transporter ATPase  43 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.506405  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2540  ABC transporter related  44.22 
 
 		 241 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.656818  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5234  ABC transporter ATP-binding protein  43.3 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000167  predicted ABC-type transport system ATPase component  42.57 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.780039  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1598  ABC transporter related  39.71 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3459  ABC transporter related protein  46.8 
 
 		 258 aa  166  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0870635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0191  ABC transporter related  43.63 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00111007  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2297  ABC transporter ATP-binding protein  44.06 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101815  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3421  ABC transporter related  45.31 
 
 		 223 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4480  ABC transporter related protein  44.5 
 
 		 256 aa  166  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.77881 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05802  ABC transporter ATP-binding protein  40.1 
 
 		 233 aa  166  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2841  ABC transporter related  43.6 
 
 		 244 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.321502  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2747  ABC transporter-related protein  43.6 
 
 		 244 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00686798  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1479  ABC transporter related  41.95 
 
 		 249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>