More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3953 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3953  ABC transporter-related protein  100 
 
 
222 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.245664 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4106  ABC transporter related  66.95 
 
 
243 aa  320  8e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3201  ABC transporter-related protein  70.64 
 
 
221 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0627  ABC transporter related  64.86 
 
 
222 aa  305  3e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3421  ABC transporter related  69.34 
 
 
223 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0713  ABC transporter related  68.87 
 
 
223 aa  298  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3309  ABC transporter related  68.87 
 
 
223 aa  298  4e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0833  ABC transporter related  65.74 
 
 
236 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3507  ABC transporter related  65.74 
 
 
236 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0868  ABC transporter related  65.28 
 
 
236 aa  295  3e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0856  ABC transporter related  65.28 
 
 
236 aa  295  4e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04772  putative transport protein of outer membrane lipoproteins  64.41 
 
 
244 aa  291  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0857  ABC transporter, ATP-binding protein  66.51 
 
 
223 aa  291  7e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3144  ABC transporter related  64.55 
 
 
223 aa  289  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2955  ABC transporter, ATP-binding protein  61.93 
 
 
250 aa  272  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001050  ABC transporter ATP-binding protein  65.33 
 
 
221 aa  267  8e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0556  ABC transporter related  61.11 
 
 
234 aa  267  8.999999999999999e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3354  predicted ATPase involved in cell division FtsE  48.39 
 
 
218 aa  193  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.506202 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5296  ABC transporter related  47.2 
 
 
217 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4396  ABC transporter related  47 
 
 
255 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.758539  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1578  ABC transporter ATP-binding protein  46.01 
 
 
224 aa  190  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0711118  normal  0.124176 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0686  ABC transporter ATP-binding protein  46.3 
 
 
229 aa  187  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3022  ABC transporter related  44.29 
 
 
229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000385784  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1995  ABC transporter related protein  42.6 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.691117  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1243  ABC transporter related  42.86 
 
 
229 aa  182  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4731  ABC transporter ATP-binding protein  40.99 
 
 
250 aa  181  7e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4571  ABC transporter, ATP-binding protein  40.99 
 
 
250 aa  181  7e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00946862  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02649  hypothetical protein  45.66 
 
 
223 aa  181  7e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4591  ABC transporter, ATP-binding protein  40.99 
 
 
250 aa  181  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5091  ABC transporter ATP-binding protein  40.99 
 
 
250 aa  181  7e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4952  ABC transporter, ATP-binding protein  40.99 
 
 
250 aa  181  7e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2553  ABC transporter related  47.25 
 
 
218 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0268  ABC transporter, ATP-binding protein  40.54 
 
 
250 aa  180  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4965  ABC transporter, ATP-binding protein  40.54 
 
 
250 aa  180  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4993  ABC transporter, ATP-binding protein  40.09 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1638  ABC transporter, ATP-binding protein  44.44 
 
 
222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4980  ABC transporter, ATP-binding protein  40.09 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4686  ABC transporter related  45.62 
 
 
230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0646  ABC transporter related protein  42.15 
 
 
279 aa  179  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.904243  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4681  ABC transporter related  40.54 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1468  ABC transporter related  43.56 
 
 
233 aa  179  4e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.377952  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0346  ABC transporter related  46.3 
 
 
227 aa  179  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.11442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3743  ABC transporter  43.58 
 
 
222 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.153359  normal  0.0240293 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0080  ABC transporter related  47.69 
 
 
217 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2148  ABC transporter related  41.47 
 
 
225 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.357033  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3486  ABC transporter-related protein  40.09 
 
 
250 aa  177  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6284  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  43.52 
 
 
218 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003770  ABC-type antimicrobial peptide transport system ATPase component  44.29 
 
 
223 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2575  ABC transporter, ATP-binding protein  39.37 
 
 
256 aa  176  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2659  ABC transporter, ATP-binding protein  39.82 
 
 
256 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00013766  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2324  ABC transporter related  40.27 
 
 
256 aa  176  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.232947  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2383  ABC transporter, ATP-binding protein  39.37 
 
 
256 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0355575  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2349  ABC transporter, ATP-binding protein  39.37 
 
 
256 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0800376  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0743  ABC transporter related  38.07 
 
 
226 aa  175  5e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2621  ABC transporter, ATP-binding protein  39.37 
 
 
256 aa  174  7e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.012082  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2028  ABC transporter related  46.46 
 
 
221 aa  174  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0257  ABC transporter related  45.91 
 
 
222 aa  174  9e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0267  ABC transporter related  41.33 
 
 
277 aa  174  9e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.481305  normal  0.0672685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3735  ABC transporter ATP-binding protein  46.46 
 
 
221 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2427  ABC transporter ATP-binding protein  38.91 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2620  ABC transporter, ATP-binding protein  38.91 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000014367 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2603  ABC transporter ATP-binding protein  38.91 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.190517  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2531  ABC transporter related  39.37 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00457441  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0493  ABC transporter related  40.48 
 
 
259 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1755  ABC transporter related  38.29 
 
 
224 aa  172  5e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0195851  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2306  ABC transporter related  40.58 
 
 
256 aa  170  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000206589  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2171  ABC transporter related  47 
 
 
221 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.675184 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2023  ABC transporter, ATP-binding protein  43.58 
 
 
223 aa  170  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.366076  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2748  ABC transporter, ATP-binding protein  38.46 
 
 
256 aa  170  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.403092  hitchhiker  0.000000938072 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2054  ABC transporter related protein  38.81 
 
 
225 aa  169  3e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.198062  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1236  ABC transporter, ATP-binding protein  43.05 
 
 
227 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0708266  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2931  ABC transporter related  42.67 
 
 
228 aa  169  4e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000152083  normal  0.599943 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0021  ABC transporter, ATP-binding protein  37.27 
 
 
345 aa  168  5e-41  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1178  ABC transporter related  43.72 
 
 
220 aa  169  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00268171  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5201  bacitracin export ATP-binding protein BceA  40.18 
 
 
255 aa  168  6e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0287  ABC transporter related  38.39 
 
 
240 aa  168  6e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60790  ABC transporter ATP-binding protein  41.63 
 
 
228 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1173  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  41.18 
 
 
230 aa  168  8e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.659944  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1542  ABC transporter, ATPase subunit  43.38 
 
 
226 aa  167  9e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6019  ABC transporter related  40.37 
 
 
219 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01332  ABC transporter, nucleotide binding/ATPase protein  45.07 
 
 
230 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1694  peptide ABC transporter ATPase  36.65 
 
 
248 aa  167  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000011753  unclonable  4.03836e-28 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl019  glutamine ABC transporter  37.44 
 
 
604 aa  166  2e-40  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1516  ABC transporter related  38.64 
 
 
230 aa  166  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2605  ABC transporter related  41.18 
 
 
239 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0199755  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0268  ABC transporter related  40.81 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000875319 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0193  ABC transporter related  42.92 
 
 
226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334053  normal  0.472012 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2026  ABC transporter-like  44.44 
 
 
217 aa  165  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5419  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  39.56 
 
 
252 aa  165  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.912303  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2392  ABC transporter related protein  41.78 
 
 
277 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00600237  hitchhiker  0.00131217 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3735  ABC transporter related  44.59 
 
 
233 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2540  ABC transporter related  41.1 
 
 
241 aa  164  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.656818  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0539  ABC transporter related protein  39.45 
 
 
227 aa  164  9e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0632704  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3705  ABC transporter related  37.22 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0974  ABC transporter, ATP-binding protein  43.63 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2023  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  39.11 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  0.290833 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2043  ABC transporter, ATPase subunit  43.24 
 
 
227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.062878  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2206  ABC transporter related  42.27 
 
 
240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2113  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  39.11 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0436359  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1091  ABC transporter related  40.54 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>