More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0969 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0512  sarcosine oxidase beta subunit family protein  78.93 
 
 		 423 aa  705    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2686  putative sarcosine oxidase beta subunit  80.48 
 
 		 415 aa  709    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0604356  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2183  sarcosine oxidase beta subunit family protein  84.3 
 
 		 414 aa  727    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.409819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1877  sarcosine oxidase beta subunit family protein  80 
 
 		 415 aa  702    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.294016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0969  sarcosine oxidase beta subunit family protein  100 
 
 		 431 aa  896    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1344  sarcosine oxidase beta subunit family protein  80.48 
 
 		 415 aa  709    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0947006  normal  0.025984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3393  sarcosine oxidase, beta subunit family  58.51 
 
 		 417 aa  495  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0208125  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5048  sarcosine oxidase, beta subunit family  60.24 
 
 		 414 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.275422  normal  0.249273 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4131  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.93 
 
 		 416 aa  487  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0445173  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0046  sarcosine oxidase subunit beta  60.24 
 
 		 414 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.570395 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2760  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.79 
 
 		 417 aa  482  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3216  sarcosine oxidase beta subunit family protein  59.33 
 
 		 421 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0868127  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3504  sarcosine oxidase beta subunit family protein  60.48 
 
 		 414 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5151  sarcosine oxidase beta subunit family protein  59.33 
 
 		 421 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3333  sarcosine oxidase beta subunit family protein  59.76 
 
 		 414 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156184  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1101  sarcosine oxidase subunit beta  59.76 
 
 		 414 aa  478  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.163088 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0486  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  59.52 
 
 		 414 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0996  sarcosine oxidase, beta subunit, putative  60 
 
 		 414 aa  480  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5069  sarcosine oxidase beta subunit family protein  59.52 
 
 		 414 aa  480  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.834933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5128  sarcosine oxidase beta subunit family protein  59.52 
 
 		 414 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.68928  normal  0.839713 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1600  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  60 
 
 		 414 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.323345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4546  sarcosine oxidase beta subunit family protein  59.52 
 
 		 414 aa  480  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1862  glycine/D-amino acid oxidases  59.52 
 
 		 414 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4830  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  59.28 
 
 		 414 aa  474  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0395  sarcosine oxidase, beta subunit  59.52 
 
 		 414 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1954  sarcosine oxidase beta subunit  59.52 
 
 		 414 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5207  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  57.93 
 
 		 416 aa  471  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0277542 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0998  sarcosine oxidase beta subunit family protein  56.97 
 
 		 416 aa  474  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4031  sarcosine oxidase, beta subunit family  58.99 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0992  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.55 
 
 		 417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.23749  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3736  sarcosine oxidase beta subunit family protein  59.23 
 
 		 417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.42969  normal  0.377029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6204  sarcosine oxidase subunit beta  57.45 
 
 		 416 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.194283  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3991  sarcosine oxidase, beta subunit family  58.75 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2478  sarcosine oxidase, beta subunit  54.33 
 
 		 416 aa  465  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4032  sarcosine oxidase, beta subunit  54.33 
 
 		 416 aa  465  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4884  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.93 
 
 		 416 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66483 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71470  sarcosine oxidase beta subunit  57.21 
 
 		 416 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115673  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0323  sarcosine oxidase, beta subunit family  57.69 
 
 		 416 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.968117  hitchhiker  0.00249789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0460  sarcosine oxidase, beta subunit  56.97 
 
 		 416 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0345  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.69 
 
 		 416 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0346  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.69 
 
 		 416 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940222 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3661  sarcosine oxidase, beta subunit family  56.83 
 
 		 417 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616865  normal  0.13922 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3774  sarcosine oxidase beta subunit  57.55 
 
 		 417 aa  463  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4713  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  56.73 
 
 		 416 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0869  sarcosine oxidase beta subunit family protein  55.88 
 
 		 417 aa  458  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3358  sarcosine oxidase, beta subunit family  57.31 
 
 		 417 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2752  sarcosine oxidase beta subunit family protein  58.03 
 
 		 417 aa  461  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0301  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.07 
 
 		 417 aa  457  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2487  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.31 
 
 		 417 aa  455  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0229  sarcosine oxidase, beta subunit  56.59 
 
 		 417 aa  450  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3595  sarcosine oxidase, beta subunit family  55.98 
 
 		 406 aa  449  1e-125  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3704  sarcosine oxidase beta subunit family protein  56.23 
 
 		 406 aa  449  1e-125  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2117  sarcosine oxidase subunit beta  55.64 
 
 		 417 aa  448  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0591  sarcosine oxidase beta subunit family protein  55.16 
 
 		 417 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8584  sarcosine oxidase, beta subunit family  55.16 
 
 		 417 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738598  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0945  sarcosine oxidase beta subunit family protein  53.49 
 
 		 418 aa  431  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.943396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3289  sarcosine oxidase beta subunit family protein  52.35 
 
 		 416 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96044 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7233  sarcosine oxidase, beta subunit family  52.1 
 
 		 416 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0553602 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18810  sarcosine oxidase, beta subunit family, heterotetrameric form  54.96 
 
 		 412 aa  415  9.999999999999999e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2883  sarcosine oxidase, beta subunit family  54.2 
 
 		 419 aa  413  1e-114  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.723496  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4046  sarcosine oxidase beta subunit family protein  52.64 
 
 		 457 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5746  sarcosine oxidase beta subunit  51.6 
 
 		 416 aa  411  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.267033  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5635  sarcosine oxidase, beta subunit family  52.46 
 
 		 416 aa  411  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4909  sarcosine oxidase beta subunit family protein  49.5 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.315195 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1141  sarcosine oxidase beta subunit family protein  50.62 
 
 		 416 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.191022 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2266  putative sarcosine oxidase, beta subunit  50.61 
 
 		 416 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.547041 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3856  sarcosine oxidase subunit beta  53.79 
 
 		 408 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.014492  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3375  sarcosine oxidase beta subunit family protein  49.14 
 
 		 416 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.480932 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2366  sarcosine oxidase beta subunit family protein  49.75 
 
 		 417 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1949  sarcosine oxidase, beta subunit  50.12 
 
 		 416 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2636  sarcosine oxidase, beta subunit family  49.26 
 
 		 416 aa  387  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3445  sarcosine oxidase beta subunit family protein  48.43 
 
 		 417 aa  386  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.473565  normal  0.59391 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1577  sarcosine oxidase, beta subunit family  49.38 
 
 		 416 aa  379  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1936  sarcosine oxidase, beta subunit family  49.14 
 
 		 416 aa  375  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1654  sarcosine oxidase beta subunit family protein  49.14 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.502295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4700  sarcosine oxidase beta subunit family protein  48.16 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2147  sarcosine oxidase beta subunit family protein  45.65 
 
 		 434 aa  353  5e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2224  FAD dependent oxidoreductase  44.04 
 
 		 413 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175364  normal  0.288847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2452  sarcosine oxidase, beta subunit  43.55 
 
 		 413 aa  342  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00527323  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2104  FAD dependent oxidoreductase  43.55 
 
 		 413 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3472  FAD dependent oxidoreductase  44.73 
 
 		 413 aa  340  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5914  FAD dependent oxidoreductase  43.39 
 
 		 413 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1351  FAD dependent oxidoreductase  41.73 
 
 		 413 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000108585  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0452  FAD dependent oxidoreductase  43.81 
 
 		 413 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000226129  normal  0.63588 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1694  FAD dependent oxidoreductase  42.42 
 
 		 412 aa  319  6e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2494  FAD dependent oxidoreductase  43.41 
 
 		 413 aa  310  4e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.207468  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0222  sarcosine oxidase, beta subunit  56.18 
 
 		 258 aa  279  6e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.73233  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0220  sarcosine oxidase beta subunit  58.08 
 
 		 173 aa  182  8.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  30.45 
 
 		 390 aa  170  4e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  27.44 
 
 		 382 aa  163  6e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0274  FAD dependent oxidoreductase  27.57 
 
 		 381 aa  160  6e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1379  FAD dependent oxidoreductase  30.26 
 
 		 500 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.258536  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2479  FAD dependent oxidoreductase  30.08 
 
 		 496 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.113272  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1475  FAD dependent oxidoreductase  30.08 
 
 		 500 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  28.57 
 
 		 382 aa  154  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0086  FAD dependent oxidoreductase  27.65 
 
 		 385 aa  147  5e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.024354  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04340  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  27.65 
 
 		 386 aa  144  4e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.704442 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1388  FAD dependent oxidoreductase  30.79 
 
 		 492 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0968  FAD dependent oxidoreductase  25.81 
 
 		 383 aa  143  7e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0185207  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0271  FAD dependent oxidoreductase  26.82 
 
 		 373 aa  134  3e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>