More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1141 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3289  sarcosine oxidase beta subunit family protein  75.72 
 
 		 416 aa  644    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96044 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1141  sarcosine oxidase beta subunit family protein  100 
 
 		 416 aa  845    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.191022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1949  sarcosine oxidase, beta subunit  80.05 
 
 		 416 aa  672    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4909  sarcosine oxidase beta subunit family protein  75.72 
 
 		 416 aa  654    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.315195 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3375  sarcosine oxidase beta subunit family protein  74.04 
 
 		 416 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.480932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1936  sarcosine oxidase, beta subunit family  76.68 
 
 		 416 aa  632  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1577  sarcosine oxidase, beta subunit family  76.44 
 
 		 416 aa  632  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1654  sarcosine oxidase beta subunit family protein  76.68 
 
 		 416 aa  631  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.502295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7233  sarcosine oxidase, beta subunit family  74.28 
 
 		 416 aa  627  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0553602 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5635  sarcosine oxidase, beta subunit family  74.28 
 
 		 416 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2366  sarcosine oxidase beta subunit family protein  73.14 
 
 		 417 aa  615  1e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5746  sarcosine oxidase beta subunit  72.12 
 
 		 416 aa  613  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.267033  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4700  sarcosine oxidase beta subunit family protein  73.01 
 
 		 417 aa  608  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2636  sarcosine oxidase, beta subunit family  70.67 
 
 		 416 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3445  sarcosine oxidase beta subunit family protein  68.35 
 
 		 417 aa  570  1e-161  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.473565  normal  0.59391 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2266  putative sarcosine oxidase, beta subunit  66.35 
 
 		 416 aa  552  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.547041 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2147  sarcosine oxidase beta subunit family protein  65.14 
 
 		 434 aa  518  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3393  sarcosine oxidase, beta subunit family  55.96 
 
 		 417 aa  444  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0208125  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0992  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.42 
 
 		 417 aa  441  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.23749  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4131  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.9 
 
 		 416 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0445173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5048  sarcosine oxidase, beta subunit family  55.37 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.275422  normal  0.249273 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0301  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.79 
 
 		 417 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6204  sarcosine oxidase subunit beta  55.96 
 
 		 416 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.194283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71470  sarcosine oxidase beta subunit  55.96 
 
 		 416 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0945  sarcosine oxidase beta subunit family protein  56.86 
 
 		 418 aa  431  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.943396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3333  sarcosine oxidase beta subunit family protein  55.61 
 
 		 414 aa  428  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156184  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_004310  BR0229  sarcosine oxidase, beta subunit  54.3 
 
 		 417 aa  427  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1600  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  55.12 
 
 		 414 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.323345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0998  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.41 
 
 		 416 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0046  sarcosine oxidase subunit beta  55.26 
 
 		 414 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.570395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2478  sarcosine oxidase, beta subunit  54.66 
 
 		 416 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4032  sarcosine oxidase, beta subunit  54.66 
 
 		 416 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3504  sarcosine oxidase beta subunit family protein  55.12 
 
 		 414 aa  424  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4830  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  55.12 
 
 		 414 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0486  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  54.88 
 
 		 414 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5069  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.88 
 
 		 414 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.834933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3216  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.88 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0868127  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4546  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.88 
 
 		 414 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5128  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.88 
 
 		 414 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.68928  normal  0.839713 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5151  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.88 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1101  sarcosine oxidase subunit beta  54.88 
 
 		 414 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.163088 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1862  glycine/D-amino acid oxidases  54.88 
 
 		 414 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0395  sarcosine oxidase, beta subunit  54.88 
 
 		 414 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1954  sarcosine oxidase beta subunit  54.88 
 
 		 414 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5207  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  54.26 
 
 		 416 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0277542 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0996  sarcosine oxidase, beta subunit, putative  54.63 
 
 		 414 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0869  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.99 
 
 		 417 aa  421  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3661  sarcosine oxidase, beta subunit family  54.05 
 
 		 417 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616865  normal  0.13922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3991  sarcosine oxidase, beta subunit family  56.78 
 
 		 417 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1877  sarcosine oxidase beta subunit family protein  50.49 
 
 		 415 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.294016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3358  sarcosine oxidase, beta subunit family  53.56 
 
 		 417 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0969  sarcosine oxidase beta subunit family protein  50.62 
 
 		 431 aa  416  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0323  sarcosine oxidase, beta subunit family  54.01 
 
 		 416 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.968117  hitchhiker  0.00249789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0460  sarcosine oxidase, beta subunit  53.77 
 
 		 416 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0346  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.01 
 
 		 416 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940222 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4884  sarcosine oxidase beta subunit family protein  53.77 
 
 		 416 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66483 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2686  putative sarcosine oxidase beta subunit  50.12 
 
 		 415 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0604356  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1344  sarcosine oxidase beta subunit family protein  50.12 
 
 		 415 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0947006  normal  0.025984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3736  sarcosine oxidase beta subunit family protein  56.03 
 
 		 417 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.42969  normal  0.377029 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0345  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.01 
 
 		 416 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4031  sarcosine oxidase, beta subunit family  56.03 
 
 		 417 aa  414  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2760  sarcosine oxidase beta subunit family protein  53.55 
 
 		 417 aa  414  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2752  sarcosine oxidase beta subunit family protein  55.04 
 
 		 417 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4713  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  53.53 
 
 		 416 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2487  sarcosine oxidase beta subunit family protein  56.53 
 
 		 417 aa  411  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0591  sarcosine oxidase beta subunit family protein  52.58 
 
 		 417 aa  408  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3774  sarcosine oxidase beta subunit  52.58 
 
 		 417 aa  406  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2183  sarcosine oxidase beta subunit family protein  49.63 
 
 		 414 aa  408  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.409819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3704  sarcosine oxidase beta subunit family protein  50.77 
 
 		 406 aa  405  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0512  sarcosine oxidase beta subunit family protein  49.26 
 
 		 423 aa  404  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3595  sarcosine oxidase, beta subunit family  50.26 
 
 		 406 aa  404  1e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2883  sarcosine oxidase, beta subunit family  53.85 
 
 		 419 aa  401  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.723496  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2117  sarcosine oxidase subunit beta  50.37 
 
 		 417 aa  400  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18810  sarcosine oxidase, beta subunit family, heterotetrameric form  51.03 
 
 		 412 aa  394  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8584  sarcosine oxidase, beta subunit family  51.6 
 
 		 417 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738598  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3856  sarcosine oxidase subunit beta  52.82 
 
 		 408 aa  387  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.014492  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4046  sarcosine oxidase beta subunit family protein  51.72 
 
 		 457 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5914  FAD dependent oxidoreductase  48.17 
 
 		 413 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2224  FAD dependent oxidoreductase  45.05 
 
 		 413 aa  327  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175364  normal  0.288847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2452  sarcosine oxidase, beta subunit  44.27 
 
 		 413 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00527323  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2104  FAD dependent oxidoreductase  45.31 
 
 		 413 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1694  FAD dependent oxidoreductase  45.83 
 
 		 412 aa  323  3e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1351  FAD dependent oxidoreductase  44.27 
 
 		 413 aa  323  5e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000108585  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3472  FAD dependent oxidoreductase  44.27 
 
 		 413 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0452  FAD dependent oxidoreductase  44.44 
 
 		 413 aa  311  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000226129  normal  0.63588 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2494  FAD dependent oxidoreductase  45.31 
 
 		 413 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.207468  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0222  sarcosine oxidase, beta subunit  55.1 
 
 		 258 aa  266  5e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.73233  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0220  sarcosine oxidase beta subunit  53.75 
 
 		 173 aa  168  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  30.77 
 
 		 382 aa  163  6e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  29.55 
 
 		 390 aa  157  4e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0274  FAD dependent oxidoreductase  28.42 
 
 		 381 aa  149  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2479  FAD dependent oxidoreductase  30.42 
 
 		 496 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.113272  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0968  FAD dependent oxidoreductase  28.24 
 
 		 383 aa  147  3e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0185207  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1379  FAD dependent oxidoreductase  30.71 
 
 		 500 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.258536  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1475  FAD dependent oxidoreductase  30.45 
 
 		 500 aa  146  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1388  FAD dependent oxidoreductase  30.73 
 
 		 492 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  28.83 
 
 		 382 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6294  FAD dependent oxidoreductase  28.34 
 
 		 387 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  29.35 
 
 		 395 aa  127  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>