More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3375 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1949  sarcosine oxidase, beta subunit  75.96 
 
 		 416 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4909  sarcosine oxidase beta subunit family protein  79.33 
 
 		 416 aa  696    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.315195 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3375  sarcosine oxidase beta subunit family protein  100 
 
 		 416 aa  854    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.480932 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3289  sarcosine oxidase beta subunit family protein  73.56 
 
 		 416 aa  630  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96044 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1936  sarcosine oxidase, beta subunit family  75.48 
 
 		 416 aa  625  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1577  sarcosine oxidase, beta subunit family  75.48 
 
 		 416 aa  626  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1654  sarcosine oxidase beta subunit family protein  75.24 
 
 		 416 aa  621  1e-177  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.502295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1141  sarcosine oxidase beta subunit family protein  74.04 
 
 		 416 aa  624  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.191022 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7233  sarcosine oxidase, beta subunit family  72.6 
 
 		 416 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0553602 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5746  sarcosine oxidase beta subunit  71.63 
 
 		 416 aa  617  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.267033  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5635  sarcosine oxidase, beta subunit family  72.36 
 
 		 416 aa  615  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2366  sarcosine oxidase beta subunit family protein  71.22 
 
 		 417 aa  598  1e-170  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3445  sarcosine oxidase beta subunit family protein  70.74 
 
 		 417 aa  598  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.473565  normal  0.59391 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2636  sarcosine oxidase, beta subunit family  69.71 
 
 		 416 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4700  sarcosine oxidase beta subunit family protein  71.08 
 
 		 417 aa  590  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2266  putative sarcosine oxidase, beta subunit  68.51 
 
 		 416 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.547041 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2147  sarcosine oxidase beta subunit family protein  66.59 
 
 		 434 aa  542  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5048  sarcosine oxidase, beta subunit family  53.66 
 
 		 414 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.275422  normal  0.249273 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0945  sarcosine oxidase beta subunit family protein  57.35 
 
 		 418 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.943396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2478  sarcosine oxidase, beta subunit  55.88 
 
 		 416 aa  435  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4032  sarcosine oxidase, beta subunit  55.88 
 
 		 416 aa  435  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3333  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.63 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156184  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4131  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.9 
 
 		 416 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0445173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3393  sarcosine oxidase, beta subunit family  54.55 
 
 		 417 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0208125  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1600  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  53.41 
 
 		 414 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.323345  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1101  sarcosine oxidase subunit beta  54.15 
 
 		 414 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.163088 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0046  sarcosine oxidase subunit beta  54.52 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.570395 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1954  sarcosine oxidase beta subunit  54.15 
 
 		 414 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4830  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  54.39 
 
 		 414 aa  430  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0395  sarcosine oxidase, beta subunit  54.15 
 
 		 414 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1862  glycine/D-amino acid oxidases  54.15 
 
 		 414 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0486  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  54.15 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5128  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.15 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.68928  normal  0.839713 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0996  sarcosine oxidase, beta subunit, putative  54.15 
 
 		 414 aa  430  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3504  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.39 
 
 		 414 aa  430  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3216  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.15 
 
 		 421 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0868127  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4546  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.15 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5151  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.15 
 
 		 421 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5069  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.15 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.834933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6204  sarcosine oxidase subunit beta  54.74 
 
 		 416 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.194283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71470  sarcosine oxidase beta subunit  54.74 
 
 		 416 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0998  sarcosine oxidase beta subunit family protein  53.19 
 
 		 416 aa  422  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0323  sarcosine oxidase, beta subunit family  54.26 
 
 		 416 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.968117  hitchhiker  0.00249789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0345  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.26 
 
 		 416 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5207  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  54.01 
 
 		 416 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0277542 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4884  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.26 
 
 		 416 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66483 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0301  sarcosine oxidase beta subunit family protein  53.32 
 
 		 417 aa  420  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0346  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.26 
 
 		 416 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940222 
 
 
-
 
NC_004310  BR0229  sarcosine oxidase, beta subunit  53.07 
 
 		 417 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0460  sarcosine oxidase, beta subunit  53.66 
 
 		 416 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0869  sarcosine oxidase beta subunit family protein  54.79 
 
 		 417 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0992  sarcosine oxidase beta subunit family protein  55.53 
 
 		 417 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.23749  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4713  sarcosine oxidase, beta subunit, heterotetrameric  53.41 
 
 		 416 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3595  sarcosine oxidase, beta subunit family  51.79 
 
 		 406 aa  409  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3704  sarcosine oxidase beta subunit family protein  52.05 
 
 		 406 aa  411  1e-113  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3991  sarcosine oxidase, beta subunit family  55.33 
 
 		 417 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2487  sarcosine oxidase beta subunit family protein  55.33 
 
 		 417 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3736  sarcosine oxidase beta subunit family protein  55.08 
 
 		 417 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.42969  normal  0.377029 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3661  sarcosine oxidase, beta subunit family  52.58 
 
 		 417 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616865  normal  0.13922 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2752  sarcosine oxidase beta subunit family protein  53.07 
 
 		 417 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2183  sarcosine oxidase beta subunit family protein  50.25 
 
 		 414 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.409819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0969  sarcosine oxidase beta subunit family protein  49.14 
 
 		 431 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4031  sarcosine oxidase, beta subunit family  54.82 
 
 		 417 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0591  sarcosine oxidase beta subunit family protein  51.35 
 
 		 417 aa  400  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3358  sarcosine oxidase, beta subunit family  52.09 
 
 		 417 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2686  putative sarcosine oxidase beta subunit  48.64 
 
 		 415 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0604356  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3774  sarcosine oxidase beta subunit  52.58 
 
 		 417 aa  395  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1877  sarcosine oxidase beta subunit family protein  48.28 
 
 		 415 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.294016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2760  sarcosine oxidase beta subunit family protein  51.47 
 
 		 417 aa  395  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1344  sarcosine oxidase beta subunit family protein  48.64 
 
 		 415 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0947006  normal  0.025984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2117  sarcosine oxidase subunit beta  49.75 
 
 		 417 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8584  sarcosine oxidase, beta subunit family  50.99 
 
 		 417 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738598  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0512  sarcosine oxidase beta subunit family protein  47.54 
 
 		 423 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2883  sarcosine oxidase, beta subunit family  51.03 
 
 		 419 aa  382  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.723496  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4046  sarcosine oxidase beta subunit family protein  51.23 
 
 		 457 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18810  sarcosine oxidase, beta subunit family, heterotetrameric form  50 
 
 		 412 aa  376  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3856  sarcosine oxidase subunit beta  50.26 
 
 		 408 aa  367  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.014492  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5914  FAD dependent oxidoreductase  46.34 
 
 		 413 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1351  FAD dependent oxidoreductase  44.01 
 
 		 413 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000108585  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1694  FAD dependent oxidoreductase  42.79 
 
 		 412 aa  316  6e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2224  FAD dependent oxidoreductase  43.49 
 
 		 413 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175364  normal  0.288847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2452  sarcosine oxidase, beta subunit  42.97 
 
 		 413 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00527323  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0452  FAD dependent oxidoreductase  42.34 
 
 		 413 aa  301  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000226129  normal  0.63588 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3472  FAD dependent oxidoreductase  41.79 
 
 		 413 aa  299  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2104  FAD dependent oxidoreductase  41.03 
 
 		 413 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2494  FAD dependent oxidoreductase  43.04 
 
 		 413 aa  288  1e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.207468  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0222  sarcosine oxidase, beta subunit  53.88 
 
 		 258 aa  266  7e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.73233  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0220  sarcosine oxidase beta subunit  52.5 
 
 		 173 aa  159  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  30.08 
 
 		 382 aa  152  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  30 
 
 		 390 aa  146  8.000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0274  FAD dependent oxidoreductase  26.5 
 
 		 381 aa  137  5e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1475  FAD dependent oxidoreductase  28.65 
 
 		 500 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1379  FAD dependent oxidoreductase  28.65 
 
 		 500 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.258536  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2479  FAD dependent oxidoreductase  28.72 
 
 		 496 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.113272  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6294  FAD dependent oxidoreductase  28.91 
 
 		 387 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0968  FAD dependent oxidoreductase  27.22 
 
 		 383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0185207  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  28.83 
 
 		 395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1388  FAD dependent oxidoreductase  28.84 
 
 		 492 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  26.37 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1890  FAD dependent oxidoreductase  26.19 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125592  normal  0.229246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>