More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2042 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2042  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 355 aa  723    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2047  AraC family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 350 aa  315  6e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1486  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 352 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.553444  normal  0.193369 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4267  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  28.53 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  33.08 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 327 aa  129  9.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 353 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 331 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 340 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 334 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 327 aa  119  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 382 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 330 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 335 aa  109  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  34.59 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  28.35 
 
 		 347 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 338 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  27.68 
 
 		 362 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  28.31 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 337 aa  103  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 344 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 339 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 341 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 		 352 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 344 aa  102  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 345 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 336 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 348 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 341 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 335 aa  96.3  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  31.84 
 
 		 340 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 341 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 375 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 352 aa  94.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 345 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 358 aa  92.8  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 347 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 340 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 338 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 344 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 400 aa  90.9  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 340 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 338 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 348 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 308 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 364 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 352 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 361 aa  89.7  7e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 344 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 357 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 343 aa  89.4  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  31.84 
 
 		 356 aa  88.6  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 373 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 386 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 348 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 386 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  30.39 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 341 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 343 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 344 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  33.67 
 
 		 352 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 341 aa  87.4  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 342 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 344 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  30.56 
 
 		 345 aa  87  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  25.62 
 
 		 340 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 355 aa  86.3  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 366 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 346 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 359 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 348 aa  85.5  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 361 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.86 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>