More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1028 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  503  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
245 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
252 aa  179  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
256 aa  179  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
251 aa  178  9e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
251 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
271 aa  171  9e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  41.25 
 
 
258 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
251 aa  169  3e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
268 aa  169  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
251 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1514  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
252 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  41.96 
 
 
261 aa  166  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
259 aa  166  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
277 aa  165  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
250 aa  165  8e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.201856  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  38.67 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1552  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
255 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
254 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161777  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
261 aa  161  8.000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
259 aa  161  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
260 aa  161  9e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
262 aa  161  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
253 aa  160  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  42.64 
 
 
257 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1576  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.13 
 
 
268 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.29701  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
251 aa  159  3e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
255 aa  159  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.0696546 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
248 aa  159  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
246 aa  158  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
260 aa  156  2e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
257 aa  155  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
252 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
239 aa  154  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  43.37 
 
 
260 aa  154  2e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
244 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
252 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
245 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
248 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
245 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
245 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.23 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
261 aa  152  4e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.877905  normal  0.0437007 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0883  putative dehydrogenase  40.84 
 
 
282 aa  152  4e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
247 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.51 
 
 
257 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.61 
 
 
249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42 
 
 
247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
244 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
264 aa  152  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
250 aa  151  8e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
244 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
259 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
239 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.16 
 
 
245 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
244 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
261 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
250 aa  150  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
250 aa  149  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  40.08 
 
 
247 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
251 aa  149  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
250 aa  149  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
266 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
252 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
243 aa  149  4e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.218659  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.91 
 
 
248 aa  149  5e-35  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1587  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.25 
 
 
244 aa  149  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00000600536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0123  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
273 aa  148  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.623791 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
260 aa  148  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.8 
 
 
246 aa  148  7e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.1 
 
 
246 aa  148  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4004  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
259 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.132038  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
252 aa  148  9e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0160173  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.8 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.11 
 
 
245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.8 
 
 
246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.05 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.05 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.26 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3166  sorbitol dehydrogenase  39.92 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138901  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>