More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4417 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2182  molybdopterin oxidoreductase  57.22 
 
 		 1001 aa  1113    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.461283  normal  0.03262 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4809  molybdopterin oxidoreductase  94.11 
 
 		 951 aa  1909    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.215861 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0229  molybdopterin oxidoreductase  89.38 
 
 		 950 aa  1819    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.363214 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4813  molybdopterin oxidoreductase  76.76 
 
 		 949 aa  1563    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.517826 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0358  formate dehydrogenase, alpha subunit (selenocysteine-containing)  44.43 
 
 		 940 aa  850    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.721212  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1453  formate dehydrogenase  68.07 
 
 		 951 aa  1415    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3203  molybdopterin oxidoreductase  53.62 
 
 		 980 aa  1053    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.542235  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2373  formate dehydrogenase large subunit  56.45 
 
 		 999 aa  1105    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446398 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4110  molybdopterin oxidoreductase  89.38 
 
 		 950 aa  1819    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4140  molybdopterin oxidoreductase  89.38 
 
 		 950 aa  1818    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1684  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  45.81 
 
 		 934 aa  848    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0233  molybdopterin oxidoreductase  75.53 
 
 		 950 aa  1540    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00484847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0389  molybdopterin oxidoreductase  53.01 
 
 		 980 aa  1036    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4509  formate dehydrogenase, alpha subunit  75.08 
 
 		 949 aa  1535    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4513  formate dehydrogenase, alpha subunit  84.12 
 
 		 950 aa  1722    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0059  molybdopterin oxidoreductase  76.24 
 
 		 949 aa  1561    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.65892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5491  molybdopterin oxidoreductase  55.12 
 
 		 973 aa  1082    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0457  molybdopterin oxidoreductase  53.11 
 
 		 980 aa  1039    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0208  fumarate hydratase  46.93 
 
 		 739 aa  691    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3087  molybdopterin oxidoreductase  54.66 
 
 		 987 aa  1066    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4421  molybdopterin oxidoreductase  77.92 
 
 		 949 aa  1586    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0682  twin-arginine translocation pathway signal  56.39 
 
 		 1012 aa  1112    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1503  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  45.05 
 
 		 746 aa  668    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3728  molybdopterin oxidoreductase  56.55 
 
 		 994 aa  1097    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262187 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0333  molybdopterin oxidoreductase  87.59 
 
 		 950 aa  1792    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4106  molybdopterin oxidoreductase  75.53 
 
 		 950 aa  1539    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0820  formate dehydrogenase alpha subunit  47.27 
 
 		 932 aa  867    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.380979  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5278  molybdopterin oxidoreductase  54.87 
 
 		 979 aa  1070    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940063  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4136  molybdopterin oxidoreductase  75.53 
 
 		 950 aa  1540    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.448434  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003494  formate dehydrogenase-O major subunit  69.05 
 
 		 951 aa  1432    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0421  molybdopterin oxidoreductase  53.21 
 
 		 980 aa  1039    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273483  normal  0.81793 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0806  molybdopterin dinucleotide-binding region  47.76 
 
 		 749 aa  704    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3261  twin-arginine translocation pathway signal  55.34 
 
 		 986 aa  1117    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.303919  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0937  twin-arginine translocation pathway signal  56.56 
 
 		 991 aa  1118    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2586  molybdopterin oxidoreductase  57.11 
 
 		 1001 aa  1113    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.537244  normal  0.227265 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1915  formate dehydrogenase alpha subunit  65.3 
 
 		 953 aa  1350    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3126  twin-arginine translocation pathway signal  54.09 
 
 		 983 aa  1073    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.389263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2761  twin-arginine translocation pathway signal  56.2 
 
 		 1025 aa  1091    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.297303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1120  putative formate dehydrogenase, alpha subunit  69.15 
 
 		 951 aa  1419    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4129  molybdopterin oxidoreductase  74.92 
 
 		 957 aa  1528    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0401  formate dehydrogenase alpha subunit  60.96 
 
 		 964 aa  1217    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1170  formate dehydrogenase large subunit precursor  55.72 
 
 		 988 aa  1124    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.970148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2449  twin-arginine translocation pathway signal  55.3 
 
 		 973 aa  1096    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02278  hypothetical protein  68 
 
 		 951 aa  1417    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3709  molybdopterin oxidoreductase  59.94 
 
 		 970 aa  1167    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3720  formate dehydrogenase alpha subunit  75 
 
 		 950 aa  1540    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.933728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3724  formate dehydrogenase alpha subunit  88.75 
 
 		 950 aa  1806    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4137  molybdopterin oxidoreductase  76.55 
 
 		 949 aa  1558    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3791  formate dehydrogenase alpha subunit  75.11 
 
 		 950 aa  1539    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3795  formate dehydrogenase alpha subunit  88.75 
 
 		 950 aa  1808    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1286  formate dehydrogenase alpha subunit  60.69 
 
 		 962 aa  1208    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.15303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0063  molybdopterin oxidoreductase  93.17 
 
 		 951 aa  1883    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0057  twin-arginine translocation pathway signal  76.03 
 
 		 949 aa  1561    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4417  molybdopterin oxidoreductase  100 
 
 		 951 aa  1997    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1398  molybdopterin oxidoreductase  54.21 
 
 		 992 aa  1087    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2791  molybdopterin oxidoreductase  55.88 
 
 		 989 aa  1123    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0527141  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4224  molybdopterin oxidoreductase  75.63 
 
 		 950 aa  1540    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0534  molydopterin dinucleotide binding domain-containing protein  43.86 
 
 		 796 aa  646    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000658423  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4062  molybdopterin oxidoreductase  55.18 
 
 		 996 aa  1088    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.818132  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0504  formate dehydrogenase alpha chain  54.37 
 
 		 986 aa  1069    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3916  formate dehydrogenase alpha subunit  75.11 
 
 		 950 aa  1536    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.733885 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3920  formate dehydrogenase alpha subunit  88.64 
 
 		 950 aa  1804    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.922429 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0337  molybdopterin oxidoreductase  76.66 
 
 		 949 aa  1565    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3609  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.33 
 
 		 950 aa  1757    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3613  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.24 
 
 		 949 aa  1553    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.982249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4133  molybdopterin oxidoreductase  92.85 
 
 		 951 aa  1885    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.987786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4228  molybdopterin oxidoreductase  89.48 
 
 		 950 aa  1821    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413313 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0834  molybdopterin oxidoreductase  56.04 
 
 		 991 aa  1105    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3464  molybdopterin oxidoreductase  56.28 
 
 		 989 aa  1137    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2074  molybdopterin oxidoreductase  43.06 
 
 		 749 aa  635  1e-180  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1541  formate dehydrogenase  42.02 
 
 		 790 aa  625  1e-178  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0761  hypothetical protein  41.94 
 
 		 797 aa  609  1e-173  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.669213  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2352  molybdopterin oxidoreductase  42.93 
 
 		 1111 aa  363  6e-99  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  32.11 
 
 		 695 aa  310  1.0000000000000001e-82  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.32 
 
 		 1020 aa  308  3e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.32 
 
 		 1020 aa  308  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.34 
 
 		 1059 aa  301  3e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0190  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.55 
 
 		 685 aa  301  4e-80  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  32.13 
 
 		 745 aa  299  2e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.95 
 
 		 1061 aa  297  6e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.55 
 
 		 1010 aa  296  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.56 
 
 		 879 aa  296  2e-78  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.13 
 
 		 1009 aa  294  5e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.08 
 
 		 674 aa  293  8e-78  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1339  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.11 
 
 		 662 aa  293  8e-78  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.01 
 
 		 677 aa  290  7e-77  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.1 
 
 		 893 aa  286  9e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  31.44 
 
 		 1010 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.67 
 
 		 674 aa  285  4.0000000000000003e-75  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.86 
 
 		 893 aa  285  4.0000000000000003e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.53 
 
 		 674 aa  284  7.000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.22 
 
 		 688 aa  283  1e-74  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.8 
 
 		 674 aa  280  1e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2021  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.75 
 
 		 686 aa  278  3e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.463591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0196  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.29 
 
 		 689 aa  277  6e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.202612  hitchhiker  0.00634005 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.73 
 
 		 900 aa  277  7e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.34 
 
 		 893 aa  277  8e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.73 
 
 		 901 aa  274  6e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  31.38 
 
 		 687 aa  273  1e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.89 
 
 		 676 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>