More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0059 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0233  molybdopterin oxidoreductase  85.58 
 
 
950 aa  1743    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484847 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0421  molybdopterin oxidoreductase  55.99 
 
 
980 aa  1083    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273483  normal  0.81793 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4809  molybdopterin oxidoreductase  75.92 
 
 
951 aa  1548    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.215861 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4133  molybdopterin oxidoreductase  77.08 
 
 
951 aa  1575    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.987786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0229  molybdopterin oxidoreductase  77.16 
 
 
950 aa  1575    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.363214 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1453  formate dehydrogenase  70.69 
 
 
951 aa  1459    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4228  molybdopterin oxidoreductase  77.05 
 
 
950 aa  1571    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00413313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3087  molybdopterin oxidoreductase  56.5 
 
 
987 aa  1103    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4813  molybdopterin oxidoreductase  93.57 
 
 
949 aa  1881    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.517826 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1170  formate dehydrogenase large subunit precursor  58.69 
 
 
988 aa  1170    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.970148 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2373  formate dehydrogenase large subunit  58.55 
 
 
999 aa  1158    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00446398 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4417  molybdopterin oxidoreductase  76.24 
 
 
951 aa  1561    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1120  putative formate dehydrogenase, alpha subunit  69.96 
 
 
951 aa  1434    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3728  molybdopterin oxidoreductase  59.11 
 
 
994 aa  1151    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262187 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1684  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  48.03 
 
 
934 aa  882    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0504  formate dehydrogenase alpha chain  56.92 
 
 
986 aa  1125    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4509  formate dehydrogenase, alpha subunit  85.14 
 
 
949 aa  1732    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4513  formate dehydrogenase, alpha subunit  75.16 
 
 
950 aa  1549    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02278  hypothetical protein  70.27 
 
 
951 aa  1446    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0534  molydopterin dinucleotide binding domain-containing protein  44.77 
 
 
796 aa  663    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000658423  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5278  molybdopterin oxidoreductase  56.29 
 
 
979 aa  1098    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940063  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5491  molybdopterin oxidoreductase  56.89 
 
 
973 aa  1111    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4140  molybdopterin oxidoreductase  77.05 
 
 
950 aa  1571    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4137  molybdopterin oxidoreductase  90.73 
 
 
949 aa  1845    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1398  molybdopterin oxidoreductase  56.63 
 
 
992 aa  1157    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0682  twin-arginine translocation pathway signal  59.19 
 
 
1012 aa  1177    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0063  molybdopterin oxidoreductase  77.5 
 
 
951 aa  1586    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1503  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  46.83 
 
 
746 aa  691    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2182  molybdopterin oxidoreductase  59.13 
 
 
1001 aa  1171    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.461283  normal  0.03262 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0820  formate dehydrogenase alpha subunit  47.22 
 
 
932 aa  859    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.380979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3709  molybdopterin oxidoreductase  62.2 
 
 
970 aa  1239    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4129  molybdopterin oxidoreductase  70.59 
 
 
957 aa  1452    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4421  molybdopterin oxidoreductase  93.57 
 
 
949 aa  1887    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4062  molybdopterin oxidoreductase  58.34 
 
 
996 aa  1154    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.818132  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3261  twin-arginine translocation pathway signal  58.11 
 
 
986 aa  1176    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.303919  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0333  molybdopterin oxidoreductase  77.26 
 
 
950 aa  1578    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2074  molybdopterin oxidoreductase  44.97 
 
 
749 aa  662    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0937  twin-arginine translocation pathway signal  58.39 
 
 
991 aa  1164    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4224  molybdopterin oxidoreductase  85.47 
 
 
950 aa  1741    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4136  molybdopterin oxidoreductase  85.58 
 
 
950 aa  1743    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.448434  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1915  formate dehydrogenase alpha subunit  67.37 
 
 
953 aa  1392    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3126  twin-arginine translocation pathway signal  55.81 
 
 
983 aa  1090    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.389263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2761  twin-arginine translocation pathway signal  58.39 
 
 
1025 aa  1152    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.297303  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0059  molybdopterin oxidoreductase  100 
 
 
949 aa  1986    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.65892  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4110  molybdopterin oxidoreductase  77.05 
 
 
950 aa  1572    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2586  molybdopterin oxidoreductase  59.13 
 
 
1001 aa  1170    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.537244  normal  0.227265 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0401  formate dehydrogenase alpha subunit  63.83 
 
 
964 aa  1271    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298134  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2449  twin-arginine translocation pathway signal  56.57 
 
 
973 aa  1124    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3720  formate dehydrogenase alpha subunit  86.11 
 
 
950 aa  1752    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.933728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3724  formate dehydrogenase alpha subunit  77.68 
 
 
950 aa  1590    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3791  formate dehydrogenase alpha subunit  86 
 
 
950 aa  1750    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3795  formate dehydrogenase alpha subunit  77.68 
 
 
950 aa  1591    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1286  formate dehydrogenase alpha subunit  62.9 
 
 
962 aa  1246    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.15303  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0806  molybdopterin dinucleotide-binding region  47.89 
 
 
749 aa  700    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0057  twin-arginine translocation pathway signal  86.83 
 
 
949 aa  1775    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4106  molybdopterin oxidoreductase  85.58 
 
 
950 aa  1743    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0208  fumarate hydratase  49.13 
 
 
739 aa  719    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2791  molybdopterin oxidoreductase  58.88 
 
 
989 aa  1181    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0527141  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0457  molybdopterin oxidoreductase  55.99 
 
 
980 aa  1082    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134785  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3203  molybdopterin oxidoreductase  56.09 
 
 
980 aa  1089    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.542235  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3916  formate dehydrogenase alpha subunit  85.68 
 
 
950 aa  1745    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.733885 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3920  formate dehydrogenase alpha subunit  77.37 
 
 
950 aa  1587    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.922429 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1541  formate dehydrogenase  43.99 
 
 
790 aa  659    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0358  formate dehydrogenase, alpha subunit (selenocysteine-containing)  46.53 
 
 
940 aa  887    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.721212  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0337  molybdopterin oxidoreductase  86.93 
 
 
949 aa  1760    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3609  formate dehydrogenase, alpha subunit  77.68 
 
 
950 aa  1586    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3613  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.3 
 
 
949 aa  1768    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.982249  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003494  formate dehydrogenase-O major subunit  71.01 
 
 
951 aa  1457    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0389  molybdopterin oxidoreductase  56.09 
 
 
980 aa  1084    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0834  molybdopterin oxidoreductase  58.39 
 
 
991 aa  1156    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3464  molybdopterin oxidoreductase  60 
 
 
989 aa  1197    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0761  hypothetical protein  43.41 
 
 
797 aa  620  1e-176  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.669213  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2352  molybdopterin oxidoreductase  43.9 
 
 
1111 aa  374  1e-102  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.1 
 
 
1009 aa  336  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.23 
 
 
1010 aa  334  4e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  28.83 
 
 
1010 aa  325  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4271  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.12 
 
 
1016 aa  324  6e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.12828  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0190  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.78 
 
 
685 aa  321  3.9999999999999996e-86  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  29.45 
 
 
1010 aa  320  7e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.95 
 
 
1061 aa  300  6e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  31.93 
 
 
745 aa  298  3e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  28.91 
 
 
1026 aa  297  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.3 
 
 
1059 aa  294  4e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  31.2 
 
 
695 aa  294  5e-78  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.4 
 
 
879 aa  294  7e-78  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.02 
 
 
900 aa  292  2e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.2 
 
 
893 aa  291  3e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.63 
 
 
674 aa  290  6e-77  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.46 
 
 
1020 aa  290  1e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.46 
 
 
1020 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.66 
 
 
893 aa  289  2e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0913  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.27 
 
 
668 aa  288  5e-76  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.93 
 
 
674 aa  287  5e-76  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.52 
 
 
674 aa  286  9e-76  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1339  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.37 
 
 
662 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 
688 aa  286  2.0000000000000002e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.6 
 
 
676 aa  284  5.000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.6 
 
 
676 aa  283  1e-74  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.75 
 
 
674 aa  282  2e-74  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1538  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.28 
 
 
676 aa  281  4e-74  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>