More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5491 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0457  molybdopterin oxidoreductase  71.34 
 
 
980 aa  1444    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134785  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4062  molybdopterin oxidoreductase  52.66 
 
 
996 aa  1046    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.818132  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0421  molybdopterin oxidoreductase  70.93 
 
 
980 aa  1436    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273483  normal  0.81793 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4224  molybdopterin oxidoreductase  55.9 
 
 
950 aa  1084    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0504  formate dehydrogenase alpha chain  66.03 
 
 
986 aa  1345    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3087  molybdopterin oxidoreductase  70.67 
 
 
987 aa  1454    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0389  molybdopterin oxidoreductase  71.04 
 
 
980 aa  1437    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1120  putative formate dehydrogenase, alpha subunit  59.2 
 
 
951 aa  1127    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2373  formate dehydrogenase large subunit  55.77 
 
 
999 aa  1080    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00446398 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0337  molybdopterin oxidoreductase  57.26 
 
 
949 aa  1100    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0333  molybdopterin oxidoreductase  56.27 
 
 
950 aa  1085    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3203  molybdopterin oxidoreductase  71.65 
 
 
980 aa  1473    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.542235  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1684  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  44.08 
 
 
934 aa  748    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4509  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.98 
 
 
949 aa  1098    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4513  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.43 
 
 
950 aa  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4813  molybdopterin oxidoreductase  57.25 
 
 
949 aa  1108    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.517826 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4421  molybdopterin oxidoreductase  56.58 
 
 
949 aa  1104    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2182  molybdopterin oxidoreductase  54.93 
 
 
1001 aa  1064    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.461283  normal  0.03262 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0682  twin-arginine translocation pathway signal  55.39 
 
 
1012 aa  1070    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4137  molybdopterin oxidoreductase  56.42 
 
 
949 aa  1100    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0820  formate dehydrogenase alpha subunit  43.61 
 
 
932 aa  757    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.380979  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5278  molybdopterin oxidoreductase  71.85 
 
 
979 aa  1479    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940063  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4110  molybdopterin oxidoreductase  56.38 
 
 
950 aa  1085    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0059  molybdopterin oxidoreductase  56.89 
 
 
949 aa  1111    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.65892  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3709  molybdopterin oxidoreductase  55.46 
 
 
970 aa  1077    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003494  formate dehydrogenase-O major subunit  58.89 
 
 
951 aa  1143    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3261  twin-arginine translocation pathway signal  53.6 
 
 
986 aa  1052    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.303919  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1453  formate dehydrogenase  56.86 
 
 
951 aa  1117    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4133  molybdopterin oxidoreductase  55.43 
 
 
951 aa  1082    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.987786  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0937  twin-arginine translocation pathway signal  53.5 
 
 
991 aa  1049    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0233  molybdopterin oxidoreductase  56 
 
 
950 aa  1086    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484847 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1915  formate dehydrogenase alpha subunit  58.75 
 
 
953 aa  1148    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3126  twin-arginine translocation pathway signal  73.23 
 
 
983 aa  1504    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.389263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2761  twin-arginine translocation pathway signal  54.8 
 
 
1025 aa  1059    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.297303  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4106  molybdopterin oxidoreductase  56 
 
 
950 aa  1085    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3728  molybdopterin oxidoreductase  54.07 
 
 
994 aa  1021    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0401  formate dehydrogenase alpha subunit  60.77 
 
 
964 aa  1195    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298134  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02278  hypothetical protein  58.04 
 
 
951 aa  1140    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2449  twin-arginine translocation pathway signal  91.36 
 
 
973 aa  1887    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2586  molybdopterin oxidoreductase  54.83 
 
 
1001 aa  1062    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.537244  normal  0.227265 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3720  formate dehydrogenase alpha subunit  56.73 
 
 
950 aa  1100    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.933728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3724  formate dehydrogenase alpha subunit  56.38 
 
 
950 aa  1087    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0229  molybdopterin oxidoreductase  56.38 
 
 
950 aa  1085    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.363214 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3791  formate dehydrogenase alpha subunit  56.73 
 
 
950 aa  1100    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3795  formate dehydrogenase alpha subunit  56.38 
 
 
950 aa  1087    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1286  formate dehydrogenase alpha subunit  57.88 
 
 
962 aa  1119    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.15303  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0057  twin-arginine translocation pathway signal  57.37 
 
 
949 aa  1104    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4129  molybdopterin oxidoreductase  53.09 
 
 
957 aa  1038    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4228  molybdopterin oxidoreductase  56.38 
 
 
950 aa  1085    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00413313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4140  molybdopterin oxidoreductase  56.27 
 
 
950 aa  1082    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4809  molybdopterin oxidoreductase  54.92 
 
 
951 aa  1078    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.215861 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5491  molybdopterin oxidoreductase  100 
 
 
973 aa  2018    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0358  formate dehydrogenase, alpha subunit (selenocysteine-containing)  43.18 
 
 
940 aa  796    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.721212  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3916  formate dehydrogenase alpha subunit  56.73 
 
 
950 aa  1100    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.733885 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3920  formate dehydrogenase alpha subunit  56.59 
 
 
950 aa  1089    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.922429 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3609  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.85 
 
 
950 aa  1085    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3613  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.58 
 
 
949 aa  1092    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.982249  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1398  molybdopterin oxidoreductase  53.16 
 
 
992 aa  1039    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0063  molybdopterin oxidoreductase  56.42 
 
 
951 aa  1086    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0834  molybdopterin oxidoreductase  52.68 
 
 
991 aa  1029    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4136  molybdopterin oxidoreductase  56 
 
 
950 aa  1086    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.448434  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3464  molybdopterin oxidoreductase  54.45 
 
 
989 aa  1076    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2791  molybdopterin oxidoreductase  54.15 
 
 
989 aa  1072    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0527141  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4417  molybdopterin oxidoreductase  55.12 
 
 
951 aa  1082    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1170  formate dehydrogenase large subunit precursor  53.05 
 
 
988 aa  1023    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.970148 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0806  molybdopterin dinucleotide-binding region  43.06 
 
 
749 aa  619  1e-176  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0208  fumarate hydratase  42.58 
 
 
739 aa  588  1e-166  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1503  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  43.6 
 
 
746 aa  586  1e-166  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0534  molydopterin dinucleotide binding domain-containing protein  40.53 
 
 
796 aa  567  1e-160  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000658423  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2074  molybdopterin oxidoreductase  40.36 
 
 
749 aa  565  1.0000000000000001e-159  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1541  formate dehydrogenase  40.03 
 
 
790 aa  560  1e-158  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0761  hypothetical protein  39.9 
 
 
797 aa  545  1e-153  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.669213  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2352  molybdopterin oxidoreductase  44.08 
 
 
1111 aa  355  2.9999999999999997e-96  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  32.48 
 
 
687 aa  314  5.999999999999999e-84  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.55 
 
 
879 aa  310  6.999999999999999e-83  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1813  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.52 
 
 
688 aa  308  4.0000000000000004e-82  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.91 
 
 
688 aa  298  5e-79  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.74 
 
 
688 aa  294  5e-78  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.63 
 
 
688 aa  289  2e-76  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  32.3 
 
 
689 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0196  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.44 
 
 
689 aa  286  2.0000000000000002e-75  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.202612  hitchhiker  0.00634005 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0190  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.28 
 
 
685 aa  284  5.000000000000001e-75  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  32.53 
 
 
695 aa  282  2e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.12 
 
 
893 aa  281  4e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.93 
 
 
893 aa  281  5e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.82 
 
 
674 aa  279  2e-73  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.87 
 
 
686 aa  279  2e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  32.73 
 
 
745 aa  279  2e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.46 
 
 
677 aa  278  5e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0913  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.41 
 
 
668 aa  275  4.0000000000000004e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2021  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.65 
 
 
686 aa  273  9e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.463591  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.45 
 
 
674 aa  273  1e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.38 
 
 
674 aa  273  2e-71  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2023  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.08 
 
 
685 aa  271  5.9999999999999995e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0303762  normal  0.701303 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.09 
 
 
674 aa  270  7e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.11 
 
 
917 aa  270  7e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1624  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.32 
 
 
687 aa  270  7e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.08 
 
 
900 aa  270  8e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.15 
 
 
900 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1339  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.57 
 
 
662 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>