More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0504 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2586  molybdopterin oxidoreductase  53.46 
 
 		 1001 aa  1052    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.537244  normal  0.227265 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4137  molybdopterin oxidoreductase  55.48 
 
 		 949 aa  1121    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0504  formate dehydrogenase alpha chain  100 
 
 		 986 aa  2048    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5278  molybdopterin oxidoreductase  70.42 
 
 		 979 aa  1447    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940063  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4062  molybdopterin oxidoreductase  52.34 
 
 		 996 aa  1017    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.818132  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4224  molybdopterin oxidoreductase  55.61 
 
 		 950 aa  1098    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1453  formate dehydrogenase  56.5 
 
 		 951 aa  1145    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2373  formate dehydrogenase large subunit  53.87 
 
 		 999 aa  1047    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446398 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0229  molybdopterin oxidoreductase  54.1 
 
 		 950 aa  1085    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.363214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4129  molybdopterin oxidoreductase  52.07 
 
 		 957 aa  1035    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4140  molybdopterin oxidoreductase  54 
 
 		 950 aa  1085    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4136  molybdopterin oxidoreductase  55.72 
 
 		 950 aa  1100    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.448434  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1684  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  44.38 
 
 		 934 aa  763    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0337  molybdopterin oxidoreductase  56.15 
 
 		 949 aa  1113    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0421  molybdopterin oxidoreductase  70.01 
 
 		 980 aa  1424    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273483  normal  0.81793 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4509  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.9 
 
 		 949 aa  1118    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4513  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.79 
 
 		 950 aa  1088    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3728  molybdopterin oxidoreductase  51.82 
 
 		 994 aa  1014    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262187 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3709  molybdopterin oxidoreductase  52.45 
 
 		 970 aa  1034    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0233  molybdopterin oxidoreductase  55.72 
 
 		 950 aa  1100    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00484847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2182  molybdopterin oxidoreductase  53.56 
 
 		 1001 aa  1053    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.461283  normal  0.03262 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0682  twin-arginine translocation pathway signal  54 
 
 		 1012 aa  1058    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4106  molybdopterin oxidoreductase  55.72 
 
 		 950 aa  1099    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4417  molybdopterin oxidoreductase  54.37 
 
 		 951 aa  1088    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1120  putative formate dehydrogenase, alpha subunit  56.86 
 
 		 951 aa  1132    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0820  formate dehydrogenase alpha subunit  41.65 
 
 		 932 aa  748    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.380979  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003494  formate dehydrogenase-O major subunit  57.17 
 
 		 951 aa  1150    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2791  molybdopterin oxidoreductase  52.41 
 
 		 989 aa  1043    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0527141  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0063  molybdopterin oxidoreductase  54.29 
 
 		 951 aa  1092    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3261  twin-arginine translocation pathway signal  50.84 
 
 		 986 aa  1015    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.303919  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1398  molybdopterin oxidoreductase  53.16 
 
 		 992 aa  1036    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02278  hypothetical protein  56.55 
 
 		 951 aa  1142    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0937  twin-arginine translocation pathway signal  52.26 
 
 		 991 aa  1036    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1915  formate dehydrogenase alpha subunit  56.17 
 
 		 953 aa  1124    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3126  twin-arginine translocation pathway signal  64.87 
 
 		 983 aa  1344    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.389263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2761  twin-arginine translocation pathway signal  53.66 
 
 		 1025 aa  1052    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.297303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4133  molybdopterin oxidoreductase  54.9 
 
 		 951 aa  1088    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.987786  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4421  molybdopterin oxidoreductase  55.68 
 
 		 949 aa  1118    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0401  formate dehydrogenase alpha subunit  60.65 
 
 		 964 aa  1217    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0333  molybdopterin oxidoreductase  54 
 
 		 950 aa  1088    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2449  twin-arginine translocation pathway signal  65.76 
 
 		 973 aa  1371    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3087  molybdopterin oxidoreductase  70.82 
 
 		 987 aa  1452    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3720  formate dehydrogenase alpha subunit  55.84 
 
 		 950 aa  1114    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.933728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3724  formate dehydrogenase alpha subunit  54.03 
 
 		 950 aa  1088    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0457  molybdopterin oxidoreductase  70.21 
 
 		 980 aa  1423    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3791  formate dehydrogenase alpha subunit  55.95 
 
 		 950 aa  1114    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3795  formate dehydrogenase alpha subunit  54.03 
 
 		 950 aa  1088    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1286  formate dehydrogenase alpha subunit  58.77 
 
 		 962 aa  1144    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.15303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0057  twin-arginine translocation pathway signal  55.61 
 
 		 949 aa  1115    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4813  molybdopterin oxidoreductase  56.51 
 
 		 949 aa  1133    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.517826 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0059  molybdopterin oxidoreductase  56.92 
 
 		 949 aa  1145    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.65892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3203  molybdopterin oxidoreductase  70.31 
 
 		 980 aa  1441    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.542235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0358  formate dehydrogenase, alpha subunit (selenocysteine-containing)  41.98 
 
 		 940 aa  781    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.721212  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4809  molybdopterin oxidoreductase  54.06 
 
 		 951 aa  1085    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.215861 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0389  molybdopterin oxidoreductase  69.91 
 
 		 980 aa  1423    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3916  formate dehydrogenase alpha subunit  55.64 
 
 		 950 aa  1109    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.733885 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3920  formate dehydrogenase alpha subunit  54.03 
 
 		 950 aa  1089    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.922429 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3609  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.77 
 
 		 950 aa  1111    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3613  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.29 
 
 		 949 aa  1127    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.982249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4228  molybdopterin oxidoreductase  54.1 
 
 		 950 aa  1085    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413313 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4110  molybdopterin oxidoreductase  54.1 
 
 		 950 aa  1087    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5491  molybdopterin oxidoreductase  66.03 
 
 		 973 aa  1364    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0834  molybdopterin oxidoreductase  51.28 
 
 		 991 aa  1022    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3464  molybdopterin oxidoreductase  52.96 
 
 		 989 aa  1033    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1170  formate dehydrogenase large subunit precursor  51.28 
 
 		 988 aa  1012    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.970148 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0806  molybdopterin dinucleotide-binding region  43.57 
 
 		 749 aa  619  1e-175  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0208  fumarate hydratase  42.62 
 
 		 739 aa  599  1e-169  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2352  molybdopterin oxidoreductase  35.84 
 
 		 1111 aa  596  1e-169  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1503  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  43.04 
 
 		 746 aa  584  1.0000000000000001e-165  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2074  molybdopterin oxidoreductase  39.74 
 
 		 749 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0534  molydopterin dinucleotide binding domain-containing protein  40.67 
 
 		 796 aa  560  1e-158  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000658423  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0761  hypothetical protein  39.75 
 
 		 797 aa  542  9.999999999999999e-153  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.669213  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1541  formate dehydrogenase  38.67 
 
 		 790 aa  541  9.999999999999999e-153  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.86 
 
 		 879 aa  311  2.9999999999999997e-83  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 		 688 aa  303  2e-80  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  33.6 
 
 		 695 aa  301  5e-80  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.54 
 
 		 674 aa  298  3e-79  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.7 
 
 		 674 aa  296  9e-79  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.85 
 
 		 674 aa  296  9e-79  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.26 
 
 		 677 aa  293  1e-77  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  31.58 
 
 		 687 aa  293  1e-77  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.07 
 
 		 688 aa  293  2e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2021  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.88 
 
 		 686 aa  292  3e-77  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.463591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.52 
 
 		 900 aa  291  5.0000000000000004e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.15 
 
 		 893 aa  291  5.0000000000000004e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.98 
 
 		 893 aa  289  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.33 
 
 		 688 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0190  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.23 
 
 		 685 aa  288  4e-76  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1813  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.94 
 
 		 688 aa  286  2.0000000000000002e-75  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  32.59 
 
 		 689 aa  284  7.000000000000001e-75  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.8 
 
 		 674 aa  283  9e-75  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.72 
 
 		 893 aa  283  2e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1538  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.86 
 
 		 676 aa  280  1e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.86 
 
 		 676 aa  279  2e-73  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1624  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.6 
 
 		 687 aa  279  2e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  32.13 
 
 		 745 aa  279  2e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.86 
 
 		 676 aa  278  3e-73  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0196  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.8 
 
 		 689 aa  278  3e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.202612  hitchhiker  0.00634005 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.11 
 
 		 686 aa  278  3e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0913  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.3 
 
 		 668 aa  275  3e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>