More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3728 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_3709  molybdopterin oxidoreductase  75 
 
 
970 aa  1511    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4813  molybdopterin oxidoreductase  58.07 
 
 
949 aa  1137    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.517826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5278  molybdopterin oxidoreductase  53.98 
 
 
979 aa  1046    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940063  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4809  molybdopterin oxidoreductase  56.2 
 
 
951 aa  1088    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.215861 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0233  molybdopterin oxidoreductase  57.87 
 
 
950 aa  1130    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484847 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4129  molybdopterin oxidoreductase  51.86 
 
 
957 aa  1012    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4140  molybdopterin oxidoreductase  57.33 
 
 
950 aa  1106    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2373  formate dehydrogenase large subunit  76.21 
 
 
999 aa  1606    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00446398 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4224  molybdopterin oxidoreductase  57.76 
 
 
950 aa  1128    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0333  molybdopterin oxidoreductase  57.23 
 
 
950 aa  1111    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1684  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  44.92 
 
 
934 aa  789    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4137  molybdopterin oxidoreductase  57.05 
 
 
949 aa  1125    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4509  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.49 
 
 
949 aa  1139    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4513  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.3 
 
 
950 aa  1096    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0457  molybdopterin oxidoreductase  55.35 
 
 
980 aa  1008    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134785  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3203  molybdopterin oxidoreductase  54.03 
 
 
980 aa  1013    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.542235  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02278  hypothetical protein  59.5 
 
 
951 aa  1180    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4106  molybdopterin oxidoreductase  57.87 
 
 
950 aa  1129    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0806  molybdopterin dinucleotide-binding region  46.92 
 
 
749 aa  674    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0682  twin-arginine translocation pathway signal  77.23 
 
 
1012 aa  1631    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5491  molybdopterin oxidoreductase  54.07 
 
 
973 aa  1027    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0421  molybdopterin oxidoreductase  55.66 
 
 
980 aa  1014    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273483  normal  0.81793 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4417  molybdopterin oxidoreductase  56.61 
 
 
951 aa  1102    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1398  molybdopterin oxidoreductase  74.93 
 
 
992 aa  1575    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0820  formate dehydrogenase alpha subunit  44.25 
 
 
932 aa  789    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.380979  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3087  molybdopterin oxidoreductase  54.04 
 
 
987 aa  1046    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0229  molybdopterin oxidoreductase  57.33 
 
 
950 aa  1106    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.363214 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3728  molybdopterin oxidoreductase  100 
 
 
994 aa  2074    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262187 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0059  molybdopterin oxidoreductase  59.11 
 
 
949 aa  1159    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.65892  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3261  twin-arginine translocation pathway signal  81.31 
 
 
986 aa  1703    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.303919  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0337  molybdopterin oxidoreductase  57.25 
 
 
949 aa  1119    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4062  molybdopterin oxidoreductase  77.52 
 
 
996 aa  1645    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.818132  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0937  twin-arginine translocation pathway signal  80.16 
 
 
991 aa  1671    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4228  molybdopterin oxidoreductase  57.33 
 
 
950 aa  1106    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00413313 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1915  formate dehydrogenase alpha subunit  58.94 
 
 
953 aa  1197    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3126  twin-arginine translocation pathway signal  52.6 
 
 
983 aa  999    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.389263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2761  twin-arginine translocation pathway signal  78.89 
 
 
1025 aa  1608    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.297303  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1120  putative formate dehydrogenase, alpha subunit  60.02 
 
 
951 aa  1185    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2586  molybdopterin oxidoreductase  76.48 
 
 
1001 aa  1607    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.537244  normal  0.227265 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0401  formate dehydrogenase alpha subunit  58.48 
 
 
964 aa  1142    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298134  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2182  molybdopterin oxidoreductase  76.68 
 
 
1001 aa  1610    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.461283  normal  0.03262 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2449  twin-arginine translocation pathway signal  53.38 
 
 
973 aa  1039    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4110  molybdopterin oxidoreductase  57.23 
 
 
950 aa  1103    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3720  formate dehydrogenase alpha subunit  57.97 
 
 
950 aa  1134    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.933728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3724  formate dehydrogenase alpha subunit  57.23 
 
 
950 aa  1112    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0389  molybdopterin oxidoreductase  55.86 
 
 
980 aa  1017    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3791  formate dehydrogenase alpha subunit  57.97 
 
 
950 aa  1132    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3795  formate dehydrogenase alpha subunit  57.23 
 
 
950 aa  1113    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1286  formate dehydrogenase alpha subunit  59.13 
 
 
962 aa  1161    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.15303  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0057  twin-arginine translocation pathway signal  57.56 
 
 
949 aa  1115    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0063  molybdopterin oxidoreductase  56.8 
 
 
951 aa  1101    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003494  formate dehydrogenase-O major subunit  59.92 
 
 
951 aa  1187    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2791  molybdopterin oxidoreductase  80.92 
 
 
989 aa  1697    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0527141  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0358  formate dehydrogenase, alpha subunit (selenocysteine-containing)  40.74 
 
 
940 aa  748    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.721212  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3916  formate dehydrogenase alpha subunit  57.87 
 
 
950 aa  1130    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.733885 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3920  formate dehydrogenase alpha subunit  57.44 
 
 
950 aa  1116    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.922429 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3609  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.12 
 
 
950 aa  1126    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3613  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.97 
 
 
949 aa  1127    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.982249  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1453  formate dehydrogenase  59.67 
 
 
951 aa  1181    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4133  molybdopterin oxidoreductase  55.56 
 
 
951 aa  1084    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.987786  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0504  formate dehydrogenase alpha chain  51.72 
 
 
986 aa  998    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0834  molybdopterin oxidoreductase  79 
 
 
991 aa  1681    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4136  molybdopterin oxidoreductase  57.87 
 
 
950 aa  1130    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.448434  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3464  molybdopterin oxidoreductase  80.9 
 
 
989 aa  1693    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0208  fumarate hydratase  46.43 
 
 
739 aa  673    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4421  molybdopterin oxidoreductase  57.76 
 
 
949 aa  1137    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1170  formate dehydrogenase large subunit precursor  85.33 
 
 
988 aa  1795    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.970148 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1503  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  44.1 
 
 
746 aa  622  1e-176  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2074  molybdopterin oxidoreductase  40.59 
 
 
749 aa  593  1e-168  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1541  formate dehydrogenase  40.47 
 
 
790 aa  580  1e-164  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0534  molydopterin dinucleotide binding domain-containing protein  40.4 
 
 
796 aa  574  1.0000000000000001e-162  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000658423  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0761  hypothetical protein  38.59 
 
 
797 aa  537  1e-151  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.669213  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2352  molybdopterin oxidoreductase  39.85 
 
 
1111 aa  331  5.0000000000000004e-89  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  34.56 
 
 
695 aa  302  2e-80  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4271  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.43 
 
 
1016 aa  298  2e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.12828  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.7 
 
 
676 aa  296  1e-78  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.54 
 
 
676 aa  295  2e-78  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1538  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.54 
 
 
676 aa  295  3e-78  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.79 
 
 
677 aa  293  7e-78  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.01 
 
 
688 aa  293  9e-78  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  31.75 
 
 
745 aa  291  4e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.85 
 
 
893 aa  288  5e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.05 
 
 
674 aa  287  9e-76  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.24 
 
 
674 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.73 
 
 
900 aa  286  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.98 
 
 
688 aa  284  5.000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.89 
 
 
674 aa  283  9e-75  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  31.9 
 
 
689 aa  283  1e-74  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.9 
 
 
879 aa  283  1e-74  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  35.31 
 
 
899 aa  281  3e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.25 
 
 
900 aa  281  5e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.04 
 
 
686 aa  280  6e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0190  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.45 
 
 
685 aa  280  8e-74  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1999  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.36 
 
 
657 aa  280  1e-73  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.89 
 
 
674 aa  280  1e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.19 
 
 
1061 aa  279  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4746  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.23 
 
 
1111 aa  279  2e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.879601  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.31 
 
 
904 aa  279  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  33.08 
 
 
687 aa  277  6e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1339  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.13 
 
 
662 aa  277  8e-73  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>