More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3212 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3212  putative outer membrane protein  100 
 
 
494 aa  1018    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000656  putative outer membrane protein  55.94 
 
 
500 aa  541  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50 
 
 
489 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.308485  normal  0.0233457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1918  outer membrane efflux protein  50.3 
 
 
489 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.812724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1863  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50 
 
 
489 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0805796 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.72 
 
 
511 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.4 
 
 
511 aa  229  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.88 
 
 
462 aa  229  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32 
 
 
529 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.84 
 
 
473 aa  228  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.66 
 
 
471 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.53 
 
 
471 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.53 
 
 
471 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.5 
 
 
465 aa  223  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.12 
 
 
471 aa  217  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.45 
 
 
509 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.89 
 
 
531 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.75 
 
 
502 aa  213  9e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.85 
 
 
512 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.61 
 
 
501 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.08 
 
 
503 aa  206  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  32.58 
 
 
472 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.61 
 
 
489 aa  206  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.66 
 
 
493 aa  205  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  27.98 
 
 
479 aa  206  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.52 
 
 
482 aa  206  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.33 
 
 
504 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  30.57 
 
 
465 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  32.92 
 
 
472 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.98 
 
 
479 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  28.85 
 
 
558 aa  203  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.08 
 
 
560 aa  203  7e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  30.23 
 
 
499 aa  202  8e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  28.19 
 
 
479 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.35 
 
 
547 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.21 
 
 
483 aa  199  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.07 
 
 
483 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.89 
 
 
497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.08 
 
 
561 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.08 
 
 
561 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  28.96 
 
 
520 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.36 
 
 
483 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.28 
 
 
473 aa  196  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.41 
 
 
558 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.37 
 
 
483 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.07 
 
 
489 aa  194  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.41 
 
 
482 aa  193  6e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  29.04 
 
 
470 aa  193  7e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  29.65 
 
 
569 aa  193  7e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.29 
 
 
518 aa  192  9e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.72 
 
 
486 aa  192  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.34 
 
 
495 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.63 
 
 
484 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.4 
 
 
495 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.38 
 
 
517 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.18 
 
 
517 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.22 
 
 
457 aa  188  2e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.92 
 
 
503 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.92 
 
 
503 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
591 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.92 
 
 
503 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.34 
 
 
488 aa  187  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.51 
 
 
470 aa  187  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.16 
 
 
495 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.93 
 
 
486 aa  186  7e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.14 
 
 
482 aa  186  8e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
533 aa  186  9e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.69 
 
 
486 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.26 
 
 
576 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  28.89 
 
 
495 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.82 
 
 
569 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  30.82 
 
 
569 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28 
 
 
484 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  28.12 
 
 
565 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.28 
 
 
532 aa  182  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.12 
 
 
507 aa  182  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  26.46 
 
 
518 aa  180  4e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  28.33 
 
 
479 aa  179  7e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.66 
 
 
494 aa  179  8e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.95 
 
 
486 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.45 
 
 
517 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.99 
 
 
464 aa  177  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.92 
 
 
494 aa  176  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.59 
 
 
512 aa  176  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.46 
 
 
521 aa  176  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  28.23 
 
 
506 aa  176  9e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.09 
 
 
491 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.5 
 
 
501 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  28.01 
 
 
519 aa  176  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.03 
 
 
496 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.94 
 
 
515 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.87 
 
 
500 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.03 
 
 
495 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.46 
 
 
486 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.42 
 
 
512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4187  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.33 
 
 
504 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164619  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.64 
 
 
516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.16 
 
 
495 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.16 
 
 
495 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.16 
 
 
495 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>