More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3132 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3132  ABC transporter-related protein  100 
 
 		 272 aa  551  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2606  ABC transporter-related protein  89.34 
 
 		 272 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1836  ABC transporter related  84.39 
 
 		 273 aa  480  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0163403  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3412  putative branched chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  86.54 
 
 		 260 aa  471  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000399  ABC transporter substrate-binding protein  83.64 
 
 		 273 aa  467  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4576  ABC transporter related  72.14 
 
 		 280 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1565  ABC transporter related  73.48 
 
 		 279 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.770039  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5719  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-bincing protein  76.05 
 
 		 279 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211944  normal  0.668465 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3505  ABC transporter component  75.47 
 
 		 281 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4180  ABC transporter related  75.67 
 
 		 279 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1865  ABC transporter related  71.22 
 
 		 299 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1555  ABC transporter related  75.38 
 
 		 279 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0301  ABC transporter related  70.72 
 
 		 278 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140254  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2304  ABC transporter related  69.7 
 
 		 279 aa  384  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0386984 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2428  ABC transporter related  66.03 
 
 		 263 aa  352  4e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0627  ABC transporter related  63.88 
 
 		 266 aa  349  3e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157221 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0541  ABC transporter related  64.26 
 
 		 266 aa  346  3e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4003  ABC transporter related  58.18 
 
 		 276 aa  332  3e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0405  ABC transporter related  59.48 
 
 		 270 aa  330  1e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1154  ABC transporter related  59.77 
 
 		 281 aa  325  4.0000000000000003e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0120  ABC transporter related  56.99 
 
 		 278 aa  325  5e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4066  ABC transporter related  60.22 
 
 		 272 aa  325  7e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.982341  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5034  ABC transporter related  55.8 
 
 		 277 aa  323  1e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0053  ABC transporter related  58.94 
 
 		 274 aa  323  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0254  ABC transporter related  58.76 
 
 		 291 aa  323  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.59163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0599  ABC transporter related  60.31 
 
 		 269 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0028  ABC transporter related  59.33 
 
 		 272 aa  322  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0219  ABC transporter-related protein  58.21 
 
 		 271 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3838  ABC transporter related  59.02 
 
 		 276 aa  319  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.173965  normal  0.93374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0456  ABC transporter related  59.92 
 
 		 269 aa  318  3.9999999999999996e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.201413  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2286  ABC transporter related  59.54 
 
 		 265 aa  318  3.9999999999999996e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0782  ABC transporter-related protein  58.15 
 
 		 274 aa  318  3.9999999999999996e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1593  ABC transporter related protein  59.54 
 
 		 263 aa  318  5e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2356  ABC transporter related  60.08 
 
 		 269 aa  318  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0860054  normal  0.372011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2222  ABC transporter related  57.79 
 
 		 276 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.801254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0265  ABC transporter related  57.84 
 
 		 271 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535317  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2274  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  57.41 
 
 		 276 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3537  ABC transporter related  58.78 
 
 		 269 aa  317  1e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.164335  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0949  ABC transporter related  57.41 
 
 		 276 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0381  high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein livF  57.41 
 
 		 274 aa  315  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246654  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0465  ABC transporter related  59.54 
 
 		 269 aa  315  4e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.225794 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3439  ABC transporter-related protein  57.84 
 
 		 270 aa  315  4e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0295626 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3612  ABC transporter related  57.46 
 
 		 269 aa  314  8e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.513749 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3360  ABC transporter related  55.81 
 
 		 271 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2720  ABC transporter related  56.23 
 
 		 267 aa  313  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16627  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_002936  DET0941  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  58.94 
 
 		 263 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.678413  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5011  ABC transporter related  58.17 
 
 		 270 aa  312  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0825  ABC transporter related  59.32 
 
 		 263 aa  312  3.9999999999999997e-84  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_812  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, ATPase component  58.17 
 
 		 263 aa  310  2e-83  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0140  ABC transporter-like protein  60.08 
 
 		 272 aa  304  1.0000000000000001e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0377793  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1547  ABC transporter related protein  59.09 
 
 		 276 aa  301  1e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5290  ABC transporter related  53.51 
 
 		 283 aa  296  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0564  ABC transporter ATP-binding protein  54.58 
 
 		 267 aa  293  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202499  normal  0.0280468 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0555  ABC transporter related  52.44 
 
 		 253 aa  275  8e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.917289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3000  ABC transporter related  48.39 
 
 		 258 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0662104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2753  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  48.57 
 
 		 257 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3053  ABC transporter related protein  57.26 
 
 		 235 aa  257  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2552  branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  56.85 
 
 		 234 aa  253  3e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43710  ABC transporter, LivF family  46.83 
 
 		 258 aa  252  5.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2548  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-bincing protein  48.77 
 
 		 264 aa  251  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0518977  normal  0.559012 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1384  ABC transporter related  56.43 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1672  ABC transporter related  55.14 
 
 		 239 aa  251  1e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4937  ABC transporter related  50.57 
 
 		 257 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.337633  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1426  ABC transporter related  50.2 
 
 		 249 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.959016  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2498  ABC transporter related  55.19 
 
 		 235 aa  247  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0405923  normal  0.181063 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2931  ABC transporter related  54.17 
 
 		 237 aa  247  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1606  ABC transporter related  54.32 
 
 		 239 aa  247  2e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0464  ABC transporter related protein  51.67 
 
 		 236 aa  246  4e-64  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4098  ABC transporter related  47.53 
 
 		 286 aa  245  6.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4754  ABC transporter related  50.62 
 
 		 238 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3502  ABC transporter related  48.85 
 
 		 265 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.01232  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0572  ABC transporter related  54.77 
 
 		 239 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000129058  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2432  ABC transporter related protein  49.79 
 
 		 237 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00198447  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1473  ABC transporter related  53.94 
 
 		 236 aa  241  7e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3797  ABC transporter related  53.5 
 
 		 241 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.166271 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3910  ABC transporter related  53.5 
 
 		 241 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.984929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0639  ABC transporter related protein  53.94 
 
 		 234 aa  239  2e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.384075  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01989  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  53.5 
 
 		 241 aa  239  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.259007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3495  ABC transporter related  47.37 
 
 		 253 aa  239  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0537  ABC transporter related  48.8 
 
 		 249 aa  238  5.999999999999999e-62  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.135709  unclonable  0.0000000163343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0762  ABC transporter-related protein  50.63 
 
 		 241 aa  238  8e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000284565 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1126  putative amino acid ATP-binding ABC transporter protein  50.63 
 
 		 237 aa  237  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.577077  normal  0.0994747 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4922  ABC transporter related  52.08 
 
 		 233 aa  236  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104533  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3803  ABC transporter related  47.35 
 
 		 253 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3007  ABC transporter-related protein  49.43 
 
 		 258 aa  237  2e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0515162  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0592  ABC transporter related  49.38 
 
 		 238 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.479264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2236  ABC transporter related  51.87 
 
 		 234 aa  236  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0732075  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0615  ABC transporter related  53.94 
 
 		 234 aa  236  3e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.109789  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2986  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  45.31 
 
 		 258 aa  235  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.39811  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3877  ABC transporter related  46.31 
 
 		 254 aa  235  7e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2476  ABC transporter-related protein  49.58 
 
 		 233 aa  234  8e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0882  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.21 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.000000000000026853  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1578  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.04 
 
 		 236 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1970  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50.83 
 
 		 234 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000796203  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0943  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.21 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00876691  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3204  ABC transporter related  52.26 
 
 		 237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1146  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50.21 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.000313887  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0992  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.21 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00134652  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0986  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.21 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000350992  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0266  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.21 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.0000000214299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>