More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0120 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0120  ABC transporter related  100 
 
 
278 aa  570  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0053  ABC transporter related  86.69 
 
 
274 aa  499  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2222  ABC transporter related  88.35 
 
 
276 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.801254  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0381  high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein livF  84.89 
 
 
274 aa  483  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246654  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2274  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  86.57 
 
 
276 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0949  ABC transporter related  86.57 
 
 
276 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4003  ABC transporter related  83.81 
 
 
276 aa  478  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0254  ABC transporter related  74.81 
 
 
291 aa  414  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.59163  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5011  ABC transporter related  73.86 
 
 
270 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0265  ABC transporter related  74.81 
 
 
271 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535317  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0219  ABC transporter-related protein  73.7 
 
 
271 aa  408  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2720  ABC transporter related  71.32 
 
 
267 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16627  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3360  ABC transporter related  71.7 
 
 
271 aa  397  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3537  ABC transporter related  71.05 
 
 
269 aa  396  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.164335  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3439  ABC transporter-related protein  70.83 
 
 
270 aa  395  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0295626 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0456  ABC transporter related  71.21 
 
 
269 aa  394  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.201413  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0599  ABC transporter related  71.59 
 
 
269 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0465  ABC transporter related  71.21 
 
 
269 aa  393  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.225794 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0782  ABC transporter-related protein  70.41 
 
 
274 aa  389  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3612  ABC transporter related  69.92 
 
 
269 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.513749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1154  ABC transporter related  66.55 
 
 
281 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0564  ABC transporter ATP-binding protein  70.3 
 
 
267 aa  382  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202499  normal  0.0280468 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5034  ABC transporter related  67.79 
 
 
277 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0541  ABC transporter related  62.17 
 
 
266 aa  346  3e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0627  ABC transporter related  60.3 
 
 
266 aa  342  2.9999999999999997e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.157221 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2428  ABC transporter related  61.89 
 
 
263 aa  342  5e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000399  ABC transporter substrate-binding protein  60.29 
 
 
273 aa  340  2e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1593  ABC transporter related protein  61.36 
 
 
263 aa  337  9.999999999999999e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3505  ABC transporter component  59.77 
 
 
281 aa  330  1e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0555  ABC transporter related  62.24 
 
 
253 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.917289  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3412  putative branched chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.7 
 
 
260 aa  326  3e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3132  ABC transporter-related protein  56.99 
 
 
272 aa  325  5e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318916  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1555  ABC transporter related  59.32 
 
 
279 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1565  ABC transporter related  57.45 
 
 
279 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.770039  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4180  ABC transporter related  59.4 
 
 
279 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0405  ABC transporter related  59.7 
 
 
270 aa  321  7e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1836  ABC transporter related  57.35 
 
 
273 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0163403  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5719  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-bincing protein  57.14 
 
 
279 aa  320  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211944  normal  0.668465 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2356  ABC transporter related  60.53 
 
 
269 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0860054  normal  0.372011 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3838  ABC transporter related  57.04 
 
 
276 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.173965  normal  0.93374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0028  ABC transporter related  57.35 
 
 
272 aa  319  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0825  ABC transporter related  57.95 
 
 
263 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_812  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, ATPase component  57.2 
 
 
263 aa  317  1e-85  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1865  ABC transporter related  57.65 
 
 
299 aa  317  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4576  ABC transporter related  58.56 
 
 
280 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2606  ABC transporter-related protein  56.62 
 
 
272 aa  317  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0941  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  57.58 
 
 
263 aa  317  2e-85  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.678413  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0140  ABC transporter-like protein  61.74 
 
 
272 aa  311  5.999999999999999e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0377793  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2286  ABC transporter related  59.47 
 
 
265 aa  311  6.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1547  ABC transporter related protein  61.74 
 
 
276 aa  311  9e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2548  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-bincing protein  58.87 
 
 
264 aa  310  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0518977  normal  0.559012 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4066  ABC transporter related  56.25 
 
 
272 aa  310  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.982341  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0301  ABC transporter related  56.46 
 
 
278 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140254  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5290  ABC transporter related  54.17 
 
 
283 aa  305  4.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2304  ABC transporter related  54.98 
 
 
279 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0386984 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43710  ABC transporter, LivF family  59.34 
 
 
258 aa  301  7.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236667  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3000  ABC transporter related  57.26 
 
 
258 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0662104  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2753  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  55.29 
 
 
257 aa  292  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145163  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5150  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  55.33 
 
 
257 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.915192  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3495  ABC transporter related  56.05 
 
 
253 aa  285  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2986  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  57.32 
 
 
258 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.39811  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3803  ABC transporter related  54.62 
 
 
253 aa  281  9e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3877  ABC transporter related  56.02 
 
 
254 aa  279  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4294  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  52.87 
 
 
258 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.637324  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7161  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  51.2 
 
 
266 aa  259  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3502  ABC transporter related  48.31 
 
 
265 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.01232  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1434  ABC transporter related  50.19 
 
 
265 aa  249  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.279643  hitchhiker  0.00000367864 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4937  ABC transporter related  47.73 
 
 
257 aa  249  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.337633  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4098  ABC transporter related  47.43 
 
 
286 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542696  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3007  ABC transporter-related protein  48.67 
 
 
258 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0515162  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1724  ABC transporter related  53.11 
 
 
235 aa  243  3e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1946  ABC transporter related protein  52.28 
 
 
233 aa  237  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.987949  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2028  ABC transporter related  52.07 
 
 
235 aa  236  3e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0639  ABC transporter related protein  50.21 
 
 
234 aa  236  3e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.384075  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3053  ABC transporter related protein  53.11 
 
 
235 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2269  ABC transporter related  52.7 
 
 
233 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1672  ABC transporter related  48.58 
 
 
239 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2552  branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  52.28 
 
 
234 aa  233  2.0000000000000002e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0589  ABC transporter related protein  50.61 
 
 
259 aa  233  3e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1606  ABC transporter related  48.58 
 
 
239 aa  232  5e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1473  ABC transporter-like protein  53.91 
 
 
238 aa  232  5e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0615  ABC transporter related  48.13 
 
 
234 aa  231  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.109789  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2498  ABC transporter related  52.28 
 
 
235 aa  230  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0405923  normal  0.181063 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1126  putative amino acid ATP-binding ABC transporter protein  50.41 
 
 
237 aa  230  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.577077  normal  0.0994747 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2855  ABC transporter related protein  52.7 
 
 
245 aa  229  4e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3391  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.04 
 
 
234 aa  229  4e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1069  ABC transporter related  50.82 
 
 
240 aa  229  4e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2931  ABC transporter related  48.13 
 
 
237 aa  229  4e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1127  ABC transporter related  49.79 
 
 
235 aa  229  6e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.674727  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1859  ABC transporter related  50.41 
 
 
238 aa  228  8e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3373  ABC transporter related  49.79 
 
 
236 aa  227  2e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.710585  normal  0.0235657 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1473  ABC transporter related  47.52 
 
 
236 aa  227  2e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3910  ABC transporter related  50 
 
 
241 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.984929  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3797  ABC transporter related  50 
 
 
241 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.166271 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3146  ABC transporter related  50.62 
 
 
236 aa  226  3e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.823087 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3169  ABC transporter related  49.18 
 
 
238 aa  226  4e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0892288  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0464  ABC transporter related protein  49.38 
 
 
236 aa  226  4e-58  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2310  ABC transporter related protein  48.76 
 
 
237 aa  225  5.0000000000000005e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01989  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  50.41 
 
 
241 aa  224  8e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.259007  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2432  ABC transporter related protein  48.13 
 
 
237 aa  224  1e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00198447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>