More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5503 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
241 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.04 
 
 
230 aa  345  5e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.829623  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.71 
 
 
232 aa  260  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.43 
 
 
241 aa  248  6e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.38 
 
 
234 aa  241  6e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0626  basic organic compound ABC-transporter  61.4 
 
 
228 aa  232  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.31 
 
 
231 aa  226  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.946732  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0752148  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.32 
 
 
246 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.402937  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.75 
 
 
230 aa  208  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.931122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
231 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.38 
 
 
245 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.682243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.38 
 
 
242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.8915  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.13 
 
 
231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.76 
 
 
231 aa  198  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.6 
 
 
260 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.42 
 
 
251 aa  195  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1813  putative permease component of ABC transporter  58.73 
 
 
238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00043828 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.38 
 
 
257 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27150  ABC-type tungstate transport system, periplasmic component  40.43 
 
 
248 aa  167  2e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.544705  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0928  ABC-type transport system, permease subunit  47.95 
 
 
228 aa  163  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
231 aa  162  6e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.1 
 
 
230 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000259316  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.82 
 
 
254 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2223  putative permease component of ABC transporter  59.41 
 
 
252 aa  158  9e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
232 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00176301 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
231 aa  156  3e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
229 aa  155  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000107267  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
232 aa  153  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.754071  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.07 
 
 
228 aa  151  8e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2701  ABC transporter, permease protein  47.93 
 
 
228 aa  150  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0466  hypothetical protein  41.04 
 
 
235 aa  151  1e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.700584  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.5 
 
 
232 aa  151  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0152138  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
229 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.669819  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
231 aa  149  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.753761  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
234 aa  149  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00042229  normal  0.158089 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2781  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.79 
 
 
232 aa  148  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.24732  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1893  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
231 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.105994  normal  0.374369 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0233  ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
228 aa  146  3e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.40002  normal  0.449442 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
235 aa  146  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.39 
 
 
232 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.62 
 
 
228 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000111264  hitchhiker  0.0000000335509 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.819313  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0203  ABC transporter, permease protein  35.65 
 
 
230 aa  145  5e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1131  ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.22 
 
 
217 aa  143  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0915654  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.11 
 
 
239 aa  143  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 
231 aa  142  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.89872  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0068  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.57 
 
 
245 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0463742  normal  0.217149 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003505  ABC-type tungstate transport system permease protein  37.26 
 
 
232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02263  hypothetical protein  36.79 
 
 
232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2781  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.39 
 
 
231 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
209 aa  138  7.999999999999999e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.31 
 
 
235 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.370655  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1891  putative tungstate ABC transporter, permease protein  35.65 
 
 
228 aa  137  1e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1710  tungstate ABC transporter, permease protein, putative  35.65 
 
 
228 aa  137  2e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.506083  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1524  tungstate ABC transporter, permease protein, putative  35.65 
 
 
228 aa  137  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2631  transmembrane ABC transporter protein  46.86 
 
 
235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  0.493142 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.81 
 
 
235 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.455343  normal  0.828531 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
238 aa  133  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.202188  normal  0.0740354 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1632  sulfate/tungstate ABC transporter permease  45.41 
 
 
225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
232 aa  128  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
231 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0123  ABC transporter, permease protein  37.38 
 
 
235 aa  125  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.749352 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
229 aa  123  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.73 
 
 
218 aa  122  4e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.1 
 
 
238 aa  122  7e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
235 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0186248  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
235 aa  118  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.98 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.564931 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
210 aa  113  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00592133  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
235 aa  112  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.5 
 
 
139 aa  109  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
235 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
235 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
235 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
235 aa  109  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4720  ABC transporter, permease protein  38.61 
 
 
235 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
235 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
235 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
235 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
235 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
235 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
234 aa  96.7  3e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.183215  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
214 aa  88.2  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
214 aa  69.7  0.00000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00460897 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1736  NifC-like ABC-type porter  30.22 
 
 
270 aa  68.9  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0327  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.18 
 
 
273 aa  68.6  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0249986  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2227  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.3 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262345  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2558  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.41 
 
 
293 aa  66.2  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.000169531  normal  0.108126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2960  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  29.41 
 
 
295 aa  65.9  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1578  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  27.4 
 
 
223 aa  65.9  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0414  molybdate ABC transporter permease  29.06 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1454  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  29.44 
 
 
221 aa  63.9  0.000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>