More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3765 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
241 aa  466  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0626  basic organic compound ABC-transporter  68.3 
 
 
228 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.87 
 
 
230 aa  257  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.829623  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.64 
 
 
232 aa  250  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.43 
 
 
241 aa  248  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.62 
 
 
231 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.946732  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.47 
 
 
234 aa  233  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
231 aa  232  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0752148  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.05 
 
 
246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.402937  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.77 
 
 
231 aa  227  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.46 
 
 
230 aa  221  8e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.931122 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.4 
 
 
231 aa  214  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.87 
 
 
231 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1813  putative permease component of ABC transporter  55.72 
 
 
238 aa  205  4e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00043828 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.39 
 
 
245 aa  204  8e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.682243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.22 
 
 
242 aa  202  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.8915  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.15 
 
 
260 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1893  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.92 
 
 
233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
230 aa  189  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000259316  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27150  ABC-type tungstate transport system, periplasmic component  47 
 
 
248 aa  187  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.544705  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.8 
 
 
251 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.5 
 
 
257 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0466  hypothetical protein  45.18 
 
 
235 aa  180  2e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.700584  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 
231 aa  177  2e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0928  ABC-type transport system, permease subunit  46.73 
 
 
228 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
231 aa  176  4e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
232 aa  175  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00176301 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
232 aa  170  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.754071  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2223  putative permease component of ABC transporter  61.19 
 
 
252 aa  168  9e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
229 aa  167  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.669819  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.77 
 
 
232 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0152138  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0068  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.87 
 
 
245 aa  166  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0463742  normal  0.217149 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.32 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
231 aa  163  3e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.105994  normal  0.374369 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
228 aa  163  3e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1632  sulfate/tungstate ABC transporter permease  50.82 
 
 
225 aa  161  9e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
232 aa  159  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.819313  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0233  ABC transporter, permease protein  40.62 
 
 
232 aa  158  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
232 aa  157  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
234 aa  156  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00042229  normal  0.158089 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.34 
 
 
228 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000111264  hitchhiker  0.0000000335509 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0123  ABC transporter, permease protein  42.67 
 
 
235 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.749352 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.1 
 
 
228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.40002  normal  0.449442 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.89872  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.1 
 
 
235 aa  152  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2701  ABC transporter, permease protein  45.25 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1131  ABC transporter, permease protein  41.2 
 
 
232 aa  151  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.73 
 
 
229 aa  151  8.999999999999999e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000107267  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0203  ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 
230 aa  150  1e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.87 
 
 
232 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.86 
 
 
231 aa  148  9e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.753761  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02263  hypothetical protein  39.35 
 
 
232 aa  146  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2781  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.78 
 
 
231 aa  145  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003505  ABC-type tungstate transport system permease protein  38.43 
 
 
232 aa  145  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.55 
 
 
239 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.73 
 
 
218 aa  143  3e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
238 aa  142  4e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.202188  normal  0.0740354 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1891  putative tungstate ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
228 aa  142  6e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1524  tungstate ABC transporter, permease protein, putative  37.5 
 
 
228 aa  141  9e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1710  tungstate ABC transporter, permease protein, putative  37.5 
 
 
228 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.506083  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0915654  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.15 
 
 
250 aa  139  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.564931 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.370655  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2781  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.01 
 
 
232 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.24732  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
210 aa  137  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00592133  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
235 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.455343  normal  0.828531 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
235 aa  134  9e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2631  transmembrane ABC transporter protein  44.06 
 
 
235 aa  132  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  0.493142 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
238 aa  132  5e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
209 aa  132  6e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
232 aa  131  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
234 aa  128  6e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.183215  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0186248  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
231 aa  126  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
235 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.91 
 
 
139 aa  122  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
235 aa  122  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4720  ABC transporter, permease protein  42.31 
 
 
235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
235 aa  118  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
235 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
214 aa  86.3  4e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1979  NifC-like ABC-type porter  30.99 
 
 
263 aa  77.8  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.200297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4019  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  31.43 
 
 
275 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.392742  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0257  NifC-like ABC-type porter  30.46 
 
 
270 aa  77.4  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2759  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.68 
 
 
278 aa  76.6  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1397  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.86 
 
 
275 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.718342  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.51 
 
 
214 aa  76.3  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1377  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.38 
 
 
275 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3559  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.11 
 
 
278 aa  74.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0650  NifC-like ABC-type porter  29.36 
 
 
270 aa  73.2  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0108436  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>