More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3875 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
235 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.57 
 
 
235 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.15 
 
 
235 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4720  ABC transporter, permease protein  98.3 
 
 
235 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.38 
 
 
235 aa  387  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.49 
 
 
235 aa  387  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.53 
 
 
235 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0186248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.47 
 
 
235 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.47 
 
 
235 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.47 
 
 
235 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.47 
 
 
235 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0123  ABC transporter, permease protein  79.15 
 
 
235 aa  365  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.749352 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.18 
 
 
235 aa  362  3e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.4 
 
 
235 aa  362  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.96 
 
 
235 aa  345  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02263  hypothetical protein  59.82 
 
 
232 aa  266  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1131  ABC transporter, permease protein  60.27 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003505  ABC-type tungstate transport system permease protein  58.48 
 
 
232 aa  259  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.09 
 
 
235 aa  204  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0466  hypothetical protein  40.91 
 
 
235 aa  176  3e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.700584  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0233  ABC transporter, permease protein  44 
 
 
232 aa  174  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
231 aa  174  8e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.105994  normal  0.374369 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0928  ABC-type transport system, permease subunit  42.08 
 
 
228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 
229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.669819  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2781  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.85 
 
 
232 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.24732  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
228 aa  168  7e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.40002  normal  0.449442 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.25 
 
 
231 aa  168  8e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.89872  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1893  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.39 
 
 
232 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.66 
 
 
231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.753761  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
234 aa  162  6e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00042229  normal  0.158089 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
231 aa  162  6e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2701  ABC transporter, permease protein  42.99 
 
 
228 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2631  transmembrane ABC transporter protein  48.89 
 
 
235 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  0.493142 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0203  ABC transporter, permease protein  37.33 
 
 
230 aa  155  6e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1524  tungstate ABC transporter, permease protein, putative  39.45 
 
 
228 aa  154  8e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1891  putative tungstate ABC transporter, permease protein  38.99 
 
 
228 aa  154  1e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1710  tungstate ABC transporter, permease protein, putative  38.99 
 
 
228 aa  154  1e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.506083  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.74 
 
 
235 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.370655  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
232 aa  151  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00176301 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
231 aa  150  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.74 
 
 
235 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.455343  normal  0.828531 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
232 aa  149  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.754071  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
231 aa  148  6e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
242 aa  146  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.8915  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
245 aa  146  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.682243 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
238 aa  145  5e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.202188  normal  0.0740354 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
234 aa  145  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.18 
 
 
228 aa  145  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000111264  hitchhiker  0.0000000335509 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0152138  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0068  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.94 
 
 
245 aa  143  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0463742  normal  0.217149 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2781  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
231 aa  142  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
231 aa  141  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.946732  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
232 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.819313  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 
230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.931122 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0752148  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
246 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.402937  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000259316  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
238 aa  135  5e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
241 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
229 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27150  ABC-type tungstate transport system, periplasmic component  34.91 
 
 
248 aa  132  5e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.544705  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.11 
 
 
260 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
231 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000107267  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1813  putative permease component of ABC transporter  39.8 
 
 
238 aa  124  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00043828 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
232 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
230 aa  122  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.829623  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
251 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
238 aa  122  4e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
232 aa  122  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.32 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.564931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1632  sulfate/tungstate ABC transporter permease  36.6 
 
 
225 aa  118  7e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
241 aa  118  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
209 aa  118  9e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0626  basic organic compound ABC-transporter  34.8 
 
 
228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.17 
 
 
234 aa  115  6e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.183215  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
232 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0915654  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
210 aa  111  9e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00592133  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
254 aa  108  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1458  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.27 
 
 
227 aa  88.6  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.363014  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0121  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  30.24 
 
 
288 aa  87.8  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2223  putative permease component of ABC transporter  38.19 
 
 
252 aa  87  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2330  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.89 
 
 
230 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.447526 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1922  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  30.19 
 
 
226 aa  86.7  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.454749  hitchhiker  0.00000014935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0820  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28.51 
 
 
278 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2676  molybdate ABC transporter permease  31.75 
 
 
231 aa  85.5  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3559  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.33 
 
 
278 aa  85.1  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3445  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
223 aa  84  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6976  sulfate/thiosulfate ABC transporter membrane protein  29.52 
 
 
277 aa  83.2  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0089  molybdate ABC transporter permease protein  31.61 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0083  molybdate ABC transporter permease protein  31.61 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.822842  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3044  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  30.21 
 
 
602 aa  82  0.000000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.929745  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>