More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2460 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
235 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.455343  normal  0.828531 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.57 
 
 
235 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.370655  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2631  transmembrane ABC transporter protein  89.79 
 
 
235 aa  323  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  0.493142 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2781  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  76.29 
 
 
232 aa  315  5e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.24732  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.28 
 
 
232 aa  300  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1131  ABC transporter, permease protein  48.48 
 
 
232 aa  207  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02263  hypothetical protein  47.62 
 
 
232 aa  203  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0123  ABC transporter, permease protein  50.22 
 
 
235 aa  202  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.749352 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003505  ABC-type tungstate transport system permease protein  47.19 
 
 
232 aa  199  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0928  ABC-type transport system, permease subunit  48.43 
 
 
228 aa  198  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0233  ABC transporter, permease protein  49.34 
 
 
232 aa  191  8e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
231 aa  182  3e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.71 
 
 
235 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.49 
 
 
231 aa  177  9e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.753761  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2701  ABC transporter, permease protein  48.23 
 
 
228 aa  177  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.5 
 
 
228 aa  177  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000111264  hitchhiker  0.0000000335509 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.11 
 
 
235 aa  176  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0186248  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.74 
 
 
231 aa  176  3e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.105994  normal  0.374369 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.669819  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.4 
 
 
231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.89872  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0466  hypothetical protein  43.75 
 
 
235 aa  171  5.999999999999999e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.700584  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0203  ABC transporter, permease protein  41.47 
 
 
230 aa  171  7.999999999999999e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.06 
 
 
235 aa  169  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
228 aa  169  4e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2781  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
231 aa  165  5e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.52 
 
 
235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1891  putative tungstate ABC transporter, permease protein  39.91 
 
 
228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1710  tungstate ABC transporter, permease protein, putative  39.91 
 
 
228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.506083  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1524  tungstate ABC transporter, permease protein, putative  39.91 
 
 
228 aa  162  3e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
235 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
235 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
235 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
235 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1893  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
233 aa  162  3e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 
228 aa  161  7e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.40002  normal  0.449442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
235 aa  161  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.26 
 
 
235 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.92 
 
 
235 aa  160  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
235 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
235 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4720  ABC transporter, permease protein  47.22 
 
 
235 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.94 
 
 
230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.829623  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.08 
 
 
229 aa  154  9e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 
231 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
231 aa  152  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.946732  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
231 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.4 
 
 
245 aa  151  8e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.682243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.4 
 
 
242 aa  151  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.8915  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
241 aa  150  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
231 aa  150  1e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
238 aa  150  2e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.202188  normal  0.0740354 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
241 aa  148  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.77 
 
 
231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
231 aa  146  3e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.41 
 
 
234 aa  145  6e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00042229  normal  0.158089 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.754071  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
230 aa  145  8.000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000259316  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
232 aa  144  9e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00176301 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
231 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0752148  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
238 aa  144  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
234 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
246 aa  142  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.402937  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.1 
 
 
232 aa  141  8e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0068  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.02 
 
 
245 aa  139  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0463742  normal  0.217149 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27150  ABC-type tungstate transport system, periplasmic component  35.43 
 
 
248 aa  139  3e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.544705  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
232 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
210 aa  139  6e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00592133  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
230 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.931122 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1813  putative permease component of ABC transporter  41.1 
 
 
238 aa  137  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00043828 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
238 aa  137  1e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
217 aa  136  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0915654  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0152138  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0626  basic organic compound ABC-transporter  41.43 
 
 
228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
257 aa  132  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.16 
 
 
260 aa  132  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.819313  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
229 aa  129  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000107267  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
251 aa  128  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.49 
 
 
234 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.183215  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
254 aa  118  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.84 
 
 
250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.564931 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1632  sulfate/tungstate ABC transporter permease  39.89 
 
 
225 aa  105  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.56 
 
 
218 aa  100  1e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
214 aa  101  1e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2223  putative permease component of ABC transporter  44.5 
 
 
252 aa  95.9  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
214 aa  90.5  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00460897 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1270  molybdate ABC transporter permease protein  31.98 
 
 
229 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1974  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  35.65 
 
 
227 aa  89.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3064  molybdate ABC transporter permease protein  31.53 
 
 
228 aa  89.7  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0414  molybdate ABC transporter permease  33.33 
 
 
228 aa  89  7e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1552  molybdate ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 
222 aa  88.6  7e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.044111  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4559  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.63 
 
 
230 aa  88.6  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000269219  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0781  molybdate ABC transporter permease protein  33.02 
 
 
229 aa  88.6  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.205051  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1304  molybdate ABC transporter permease protein  33.64 
 
 
229 aa  88.6  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0474  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.34 
 
 
228 aa  88.2  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>