280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4008 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4008  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 327 aa  660    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2769  basic membrane lipoprotein  32.39 
 
 		 342 aa  142  6e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2598  basic membrane lipoprotein  34.38 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.640676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  32.09 
 
 		 385 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  32.09 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  29.8 
 
 		 380 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  29.03 
 
 		 376 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  28.32 
 
 		 373 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0401  basic membrane lipoprotein  28.9 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  28.32 
 
 		 376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1783  basic membrane lipoprotein  31.8 
 
 		 340 aa  119  6e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000546554  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  29.49 
 
 		 380 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6739  basic membrane lipoprotein  29.41 
 
 		 360 aa  115  8.999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00670  basic membrane lipoprotein  30.36 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  29.25 
 
 		 388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  29.05 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  28.66 
 
 		 364 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  30.9 
 
 		 385 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  26.4 
 
 		 355 aa  112  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  27.81 
 
 		 356 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  29.63 
 
 		 362 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3050  basic membrane lipoprotein  36.59 
 
 		 386 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0628382  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  29.49 
 
 		 383 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0560  basic membrane lipoprotein  26.38 
 
 		 346 aa  109  5e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  29.05 
 
 		 361 aa  109  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3674  basic membrane lipoprotein  28.04 
 
 		 355 aa  109  6e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.537913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  28.09 
 
 		 382 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1773  basic membrane lipoprotein  30.61 
 
 		 346 aa  108  9.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000346516  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  29.8 
 
 		 383 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  26.22 
 
 		 355 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  28.23 
 
 		 382 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0933  basic membrane lipoprotein  25.74 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  28.76 
 
 		 368 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2211  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.27 
 
 		 331 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0886  basic membrane lipoprotein  30.27 
 
 		 331 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.701792  normal  0.681633 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  28.47 
 
 		 364 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2842  putative lipoprotein  30.56 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0285337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2282  basic membrane lipoprotein  30.27 
 
 		 331 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430592 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  29.39 
 
 		 368 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3982  basic membrane lipoprotein  27.59 
 
 		 332 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.770294  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5249  basic membrane lipoprotein  31.97 
 
 		 325 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4441  basic membrane lipoprotein  26.24 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0481892  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  29.9 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  28.04 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1782  basic membrane lipoprotein  28.99 
 
 		 347 aa  100  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  27.05 
 
 		 366 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  27.78 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3416  basic membrane lipoprotein  29.76 
 
 		 330 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  28.74 
 
 		 384 aa  99.8  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  26.78 
 
 		 380 aa  99.4  7e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1775  basic membrane lipoprotein  31.27 
 
 		 342 aa  99.4  7e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000483055  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4458  basic membrane lipoprotein  29.02 
 
 		 330 aa  99.4  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.954654 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  27.43 
 
 		 363 aa  99.4  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3094  basic membrane lipoprotein  28.57 
 
 		 331 aa  99.4  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  26.6 
 
 		 382 aa  99  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3630  basic membrane lipoprotein  27.36 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  25 
 
 		 365 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1576  basic membrane lipoprotein  28.38 
 
 		 355 aa  97.8  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  27.31 
 
 		 381 aa  97.4  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1460  basic membrane lipoprotein  27.14 
 
 		 382 aa  97.4  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.892929 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0507  basic membrane lipoprotein  28.3 
 
 		 340 aa  96.7  5e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  26.8 
 
 		 355 aa  96.7  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0632  basic membrane lipoprotein  27.68 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000331653 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2443  basic membrane lipoprotein  30.19 
 
 		 358 aa  96.3  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00385845  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  27.62 
 
 		 390 aa  95.9  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0033  basic membrane lipoprotein  27.8 
 
 		 356 aa  95.9  9e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0528  basic membrane lipoprotein  29.59 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.493275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0792  basic membrane protein A  28.21 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  25.24 
 
 		 358 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  24.92 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  25.95 
 
 		 357 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5338  basic membrane lipoprotein  29.8 
 
 		 327 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4170  basic membrane lipoprotein  27.85 
 
 		 330 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1031  basic membrane lipoprotein  27.27 
 
 		 338 aa  94  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.329885 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3761  basic membrane lipoprotein  31.94 
 
 		 713 aa  93.6  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.442402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  28.57 
 
 		 373 aa  93.2  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0155  basic membrane lipoprotein  28.8 
 
 		 356 aa  92.4  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  27.55 
 
 		 352 aa  92  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6465  basic membrane lipoprotein  27.61 
 
 		 365 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0866986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  25.3 
 
 		 364 aa  92  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0256  membrane lipoprotein  27.15 
 
 		 330 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5270  hypothetical protein  29.39 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.401628  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0748  basic membrane lipoprotein  27.59 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.140474  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4195  basic membrane lipoprotein  29.96 
 
 		 332 aa  90.9  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  26.25 
 
 		 366 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  27.78 
 
 		 359 aa  90.5  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6360  basic membrane lipoprotein  29.96 
 
 		 328 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.521403  normal  0.125495 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  27.31 
 
 		 376 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  25.95 
 
 		 390 aa  90.1  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  28.63 
 
 		 387 aa  89.4  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  26.15 
 
 		 382 aa  89.4  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  25.37 
 
 		 356 aa  89.4  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0010  Bmp family lipoprotein  26.24 
 
 		 368 aa  89  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0007  Bmp family lipoprotein  26.24 
 
 		 368 aa  89  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  27.91 
 
 		 358 aa  89  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3310  basic membrane lipoprotein  28.68 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2113  basic membrane lipoprotein  25.56 
 
 		 354 aa  89  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.07207e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0713  basic membrane lipoprotein  24.01 
 
 		 327 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000562665  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1305  basic membrane lipoprotein  30.35 
 
 		 327 aa  89  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4465  basic membrane lipoprotein  27.91 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>