More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3747 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3747  ABC transporter related  100 
 
 		 226 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4039  lipoprotein-releasing system ABC transporter ATP-binding protein  67.26 
 
 		 234 aa  272  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0592839 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2535  ABC transporter related  61.16 
 
 		 230 aa  256  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.14801  normal  0.635881 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2979  ABC transporter related  56.76 
 
 		 226 aa  232  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.758866  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0880  hypothetical protein  57.53 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2018  ABC transporter related  50.47 
 
 		 238 aa  216  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0911  hypothetical protein  57.01 
 
 		 225 aa  215  5e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0461  ABC transporter-related protein  51.47 
 
 		 227 aa  215  5.9999999999999996e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.880159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0473  ABC transporter related  49.53 
 
 		 238 aa  214  8e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0264  ATPase  49.53 
 
 		 246 aa  213  9.999999999999999e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0425  ABC transporter related  52.2 
 
 		 234 aa  213  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0481  ABC transporter related  47.93 
 
 		 241 aa  211  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1456  ABC transporter related  50 
 
 		 256 aa  209  2e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.00934987  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1701  ATPase  50 
 
 		 240 aa  209  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.620814 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3446  ABC transporter, ATP-binding protein  45.5 
 
 		 227 aa  202  2e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00000000207745  normal  0.0995359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2810  ABC transporter related  47.75 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0257216  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1546  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  44.55 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0365689  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2847  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  44.39 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0355331  normal  0.014272 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0693  lipoprotein-releasing system ATP-binding protein  42.73 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.359  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1333  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  45.29 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00479967 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1295  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  45.29 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0289168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1318  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  45.29 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.113611  hitchhiker  0.00161216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2150  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  45.29 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  hitchhiker  0.000506788 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1497  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  43.5 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000137035  normal  0.884927 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1966  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  45.29 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00198197  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01113  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit  43.5 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01121  hypothetical protein  43.5 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2206  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  43.5 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.165489  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2039  ABC transporter related  48.83 
 
 		 237 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2530  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  43.5 
 
 		 233 aa  195  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2484  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  43.5 
 
 		 233 aa  195  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000399068  normal  0.0488273 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1239  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  43.5 
 
 		 233 aa  195  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000867827  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1239  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  43.5 
 
 		 233 aa  195  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000767258  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2009  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  43.5 
 
 		 233 aa  195  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.56693  normal  0.0495903 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3410  ABC transporter, ATPase subunit  48.89 
 
 		 239 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.072759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4228  ABC transporter related  50.24 
 
 		 229 aa  193  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.279165  normal  0.619304 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2219  ABC transporter related  47.58 
 
 		 652 aa  193  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1366  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  46.15 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4410  ABC transporter related  48.37 
 
 		 234 aa  192  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3420  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  44.8 
 
 		 226 aa  192  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0399135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1632  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  43.05 
 
 		 233 aa  192  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2754  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  44.8 
 
 		 226 aa  192  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6488  ABC transporter related protein  45.54 
 
 		 246 aa  191  5e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0943  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  52.22 
 
 		 648 aa  191  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.483741  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0802  ABC transporter related protein  47.35 
 
 		 233 aa  191  6e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.61127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1009  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  52.22 
 
 		 648 aa  191  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.351129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3255  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  45.98 
 
 		 318 aa  191  7e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3826  ABC transporter related  49.76 
 
 		 225 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3559  ABC transporter related  51.94 
 
 		 239 aa  191  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2453  ABC transporter related  50.23 
 
 		 676 aa  191  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2695  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  46.64 
 
 		 649 aa  190  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1841  ABC transporter related  45.81 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.656554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1671  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  48 
 
 		 648 aa  189  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.942094 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0977  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  52.22 
 
 		 648 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1060  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  52.22 
 
 		 648 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.964805  normal  0.854638 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2358  ABC transporter-related protein  47.53 
 
 		 225 aa  189  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816057 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1040  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  52.22 
 
 		 648 aa  189  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.38089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2094  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  48.11 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0980636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1814  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  43.75 
 
 		 236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0451036  normal  0.0825777 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1340  ABC transporter related  49.11 
 
 		 644 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3881  ABC transporter related  45.41 
 
 		 229 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.770849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2610  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  46.19 
 
 		 649 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1530  ABC transporter related  45.98 
 
 		 224 aa  189  4e-47  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0701501 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3478  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  41.7 
 
 		 258 aa  188  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.741929  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3699  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  44.8 
 
 		 230 aa  188  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.752092 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1333  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  46.97 
 
 		 229 aa  188  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0369942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02550  ABC transporter related  47.35 
 
 		 266 aa  187  9e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00397831  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0103  ABC transporter related  48.08 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3180  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  45.41 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.269698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0782  ABC lipoprotein exporter, ATPase subunit, LolD  44.59 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000690329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3012  ABC transporter, ATP-binding protein  44.44 
 
 		 319 aa  187  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.331598  normal  0.0181609 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3337  ABC transporter, ATP-binding protein  43.81 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0440126  decreased coverage  0.00217746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2235  hypothetical protein  50.68 
 
 		 654 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1867  ABC transporter related  51.72 
 
 		 655 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1692  ABC transporter, ATP-binding protein  49.75 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.623229 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12888  ABC transporter, ATP-binding protein  47.37 
 
 		 228 aa  186  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.567138  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1439  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  45.33 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.239297 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2396  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.32 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1708  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  42.53 
 
 		 234 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000319183  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1633  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  44.19 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00322127  normal  0.820935 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0218  ABC transporter related  42.04 
 
 		 231 aa  186  3e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.489811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0833  ABC transporter related  46.27 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4146  ABC transporter related  47.89 
 
 		 234 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5400  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  44.34 
 
 		 238 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1677  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  42.41 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000705959  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0633  ABC transporter, ATPase subunit  45.98 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0652413  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02358  ABC transporter ATP-binding subunit  44.12 
 
 		 242 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000106167  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3212  cyclic nucleotide-binding protein  44.39 
 
 		 388 aa  185  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.868968  normal  0.113236 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2830  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  43.12 
 
 		 231 aa  185  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0931795  normal  0.0149457 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1422  ABC transporter related  49.75 
 
 		 678 aa  185  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.155076  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1311  efflux ABC transporter, ATP-binding/permease protein  49.75 
 
 		 678 aa  185  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000105037  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2755  efflux ABC transporter ATP-binding/permease  49.75 
 
 		 678 aa  185  5e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000385404  normal  0.585052 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2862  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  42.53 
 
 		 234 aa  185  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.228509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1601  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  42.53 
 
 		 234 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000492682  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0788  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  44.59 
 
 		 226 aa  184  7e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00288546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1792  ABC transporter-related protein  45.58 
 
 		 234 aa  184  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.153543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1034  ABC transporter related  45.05 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3455  ABC transporter related  46.67 
 
 		 656 aa  184  9e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.016844  normal  0.0104011 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0821  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  46.67 
 
 		 656 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1649  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  40.44 
 
 		 235 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.473335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>