More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0893 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0893  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
273 aa  556  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1717  NADH dehydrogenase subunit E  71.27 
 
 
266 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  71.37 
 
 
388 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  71.37 
 
 
388 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  60.4 
 
 
385 aa  346  3e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1026  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  64.18 
 
 
345 aa  342  5.999999999999999e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0806  NADH dehydrogenase subunit E  73.56 
 
 
237 aa  326  2.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512298  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0801  NADH dehydrogenase subunit E  73.56 
 
 
237 aa  326  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0782  NADH dehydrogenase subunit E  76.5 
 
 
225 aa  325  5e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.916923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4558  NADH dehydrogenase subunit E  66.34 
 
 
203 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2216  NADH dehydrogenase subunit E  62.44 
 
 
228 aa  270  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1883  NADH dehydrogenase subunit E  61.17 
 
 
250 aa  269  4e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2406  NADH dehydrogenase subunit E  53.2 
 
 
265 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2882  NADH dehydrogenase subunit E  62.87 
 
 
249 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2577  NADH dehydrogenase subunit E  62.87 
 
 
249 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251247  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3295  NADH dehydrogenase subunit E  61.58 
 
 
249 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  59.6 
 
 
398 aa  250  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  59.6 
 
 
395 aa  244  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2246  NADH dehydrogenase subunit E  53.31 
 
 
239 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0214593  normal  0.111261 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2516  NADH dehydrogenase subunit E  59.09 
 
 
303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1178  NADH dehydrogenase subunit E  59.09 
 
 
303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2003  NADH dehydrogenase subunit E  47.7 
 
 
303 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.277346  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  56.4 
 
 
402 aa  238  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3222  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.49 
 
 
208 aa  225  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.237944  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.72 
 
 
264 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.72 
 
 
385 aa  216  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.72 
 
 
394 aa  208  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  56.65 
 
 
228 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  47.49 
 
 
457 aa  205  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.68 
 
 
412 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.23 
 
 
412 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.23 
 
 
412 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.15 
 
 
229 aa  199  5e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.74 
 
 
222 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  51.76 
 
 
221 aa  186  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.83 
 
 
229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.07 
 
 
208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.6 
 
 
222 aa  157  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0925  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  47.24 
 
 
203 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.4 
 
 
216 aa  152  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  48.05 
 
 
166 aa  152  5.9999999999999996e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.27 
 
 
222 aa  151  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  44.12 
 
 
180 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  37.44 
 
 
270 aa  139  3e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  37.85 
 
 
239 aa  140  3e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  41.32 
 
 
181 aa  137  2e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  44.23 
 
 
181 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.52 
 
 
170 aa  135  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  38.83 
 
 
249 aa  129  6e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  37.57 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.21 
 
 
161 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  36.18 
 
 
217 aa  122  7e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.27 
 
 
165 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.57 
 
 
166 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.1 
 
 
166 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  36.84 
 
 
174 aa  109  5e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  36.84 
 
 
174 aa  109  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  35.19 
 
 
177 aa  109  5e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  38.19 
 
 
155 aa  109  6e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  38.19 
 
 
155 aa  108  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  36.63 
 
 
239 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.96 
 
 
163 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.96 
 
 
163 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  39.61 
 
 
168 aa  106  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  33.96 
 
 
273 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.76 
 
 
176 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.36 
 
 
170 aa  103  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  35.06 
 
 
253 aa  102  7e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.62 
 
 
164 aa  102  8e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4414  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.25 
 
 
240 aa  102  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  34.16 
 
 
262 aa  101  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.05 
 
 
168 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07420  NADH dehydrogenase subunit E  35.22 
 
 
319 aa  100  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0368218 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0367  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.65 
 
 
208 aa  100  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.53 
 
 
159 aa  99.4  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0524  NADH dehydrogenase subunit E  32.16 
 
 
263 aa  99  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4485  NADH dehydrogenase subunit E  35.54 
 
 
287 aa  99  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.256998  hitchhiker  0.00514085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.3 
 
 
228 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.73 
 
 
175 aa  97.4  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.33 
 
 
169 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.11 
 
 
188 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  36.3 
 
 
158 aa  96.3  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1312  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.55 
 
 
160 aa  96.3  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  33.33 
 
 
269 aa  95.9  7e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0473  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.87 
 
 
302 aa  95.5  8e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.39 
 
 
248 aa  95.5  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.941311 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  31.45 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.88 
 
 
176 aa  95.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0285  NADH-quinone oxidoreductase subunit E  33.12 
 
 
231 aa  95.1  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.81 
 
 
174 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1278  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  31.08 
 
 
230 aa  95.1  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.468909 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0543  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.39 
 
 
269 aa  94.4  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.727219 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1279  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.33 
 
 
183 aa  94  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.927343 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  35.92 
 
 
175 aa  94.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3225  NADH dehydrogenase subunit E  35.17 
 
 
283 aa  94  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0065484 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4061  NADH dehydrogenase subunit E  31.45 
 
 
317 aa  94  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732889  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2809  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.51 
 
 
165 aa  93.2  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2827  NADH dehydrogenase subunit E  34.81 
 
 
175 aa  92.8  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.169197  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0876  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.53 
 
 
163 aa  92.8  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.92008  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.53 
 
 
163 aa  92.8  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>