More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2577 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2577  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
249 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251247  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2882  NADH dehydrogenase subunit E  93.17 
 
 
249 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3295  NADH dehydrogenase subunit E  87.15 
 
 
249 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2406  NADH dehydrogenase subunit E  74.5 
 
 
265 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979437 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1883  NADH dehydrogenase subunit E  69.44 
 
 
250 aa  367  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4558  NADH dehydrogenase subunit E  83 
 
 
203 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2216  NADH dehydrogenase subunit E  76.12 
 
 
228 aa  339  2e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1026  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  63.68 
 
 
345 aa  261  6e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0806  NADH dehydrogenase subunit E  61.19 
 
 
237 aa  258  4e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512298  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  61.69 
 
 
385 aa  259  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0801  NADH dehydrogenase subunit E  61.19 
 
 
237 aa  258  4e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  62.07 
 
 
388 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0893  NADH dehydrogenase subunit E  62.87 
 
 
273 aa  256  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  61.58 
 
 
388 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1717  NADH dehydrogenase subunit E  59.7 
 
 
266 aa  248  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0782  NADH dehydrogenase subunit E  59.2 
 
 
225 aa  244  9.999999999999999e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.916923  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2246  NADH dehydrogenase subunit E  61.42 
 
 
239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0214593  normal  0.111261 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  59.9 
 
 
402 aa  238  5e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  59.8 
 
 
385 aa  237  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2003  NADH dehydrogenase subunit E  50.78 
 
 
303 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.277346  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2516  NADH dehydrogenase subunit E  59.39 
 
 
303 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1178  NADH dehydrogenase subunit E  59.39 
 
 
303 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  54.09 
 
 
398 aa  235  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3222  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.22 
 
 
208 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.237944  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.07 
 
 
412 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.79 
 
 
394 aa  231  9e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.42 
 
 
457 aa  230  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  56.85 
 
 
395 aa  228  8e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.29 
 
 
412 aa  226  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.29 
 
 
412 aa  226  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.29 
 
 
229 aa  224  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  49.39 
 
 
264 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  52.72 
 
 
228 aa  213  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  51.87 
 
 
222 aa  205  7e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  50 
 
 
221 aa  194  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.08 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50.78 
 
 
222 aa  177  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  46.28 
 
 
249 aa  170  2e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.32 
 
 
208 aa  170  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.27 
 
 
222 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  47.17 
 
 
166 aa  156  4e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  40.7 
 
 
239 aa  154  9e-37  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0925  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.6 
 
 
203 aa  152  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  47.74 
 
 
180 aa  152  7e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.27 
 
 
216 aa  149  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  42.94 
 
 
181 aa  146  3e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  41.58 
 
 
260 aa  142  5e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  39.23 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  43.11 
 
 
181 aa  139  3.9999999999999997e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.04 
 
 
170 aa  136  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  38.51 
 
 
177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.26 
 
 
161 aa  125  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  38.89 
 
 
217 aa  124  2e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  38.65 
 
 
174 aa  121  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  38.65 
 
 
174 aa  121  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.87 
 
 
163 aa  118  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.87 
 
 
163 aa  118  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.41 
 
 
164 aa  112  8.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  38.89 
 
 
155 aa  109  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  38.89 
 
 
155 aa  109  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.11 
 
 
159 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.42 
 
 
165 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  39.49 
 
 
168 aa  105  6e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.94 
 
 
166 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.77 
 
 
176 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  35.42 
 
 
175 aa  101  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1746  NADH dehydrogenase subunit E  39.71 
 
 
159 aa  98.6  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1960  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.86 
 
 
165 aa  97.8  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000289431  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0953  NADH dehydrogenase subunit E  36.13 
 
 
157 aa  97.1  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.544073 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  37.5 
 
 
158 aa  97.8  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.03 
 
 
168 aa  96.3  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2827  NADH dehydrogenase subunit E  35.86 
 
 
175 aa  94.7  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.169197  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.32 
 
 
166 aa  94  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0273  NADH dehydrogenase subunit E  35.17 
 
 
175 aa  92.8  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.97 
 
 
175 aa  92.8  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0244  NADH dehydrogenase subunit E  35.17 
 
 
175 aa  92.8  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1347  NADH dehydrogenase subunit E  36.69 
 
 
161 aa  92  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00701728  normal  0.0175389 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0338  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.72 
 
 
165 aa  92  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000113802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  37.41 
 
 
161 aa  91.7  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1312  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.33 
 
 
160 aa  91.3  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2162  NADH dehydrogenase subunit E  36.69 
 
 
161 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5573  NADH dehydrogenase subunit E  36.69 
 
 
161 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0826314  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2283  NADH dehydrogenase subunit E  36.69 
 
 
161 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0960667  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  32.93 
 
 
253 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1825  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1294  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0733  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0417  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  90.5  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01291  NADH dehydrogenase subunit E  33.33 
 
 
175 aa  90.1  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17741  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0916  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  34.64 
 
 
162 aa  90.1  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.68 
 
 
176 aa  89.4  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.33 
 
 
175 aa  89.4  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.03 
 
 
170 aa  89.7  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  35.97 
 
 
161 aa  89.7  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2236  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.9 
 
 
163 aa  89.4  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  33.93 
 
 
239 aa  89  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>