More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1146 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
168 aa  348  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1746  NADH dehydrogenase subunit E  70.97 
 
 
159 aa  230  9e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  67.74 
 
 
158 aa  227  5e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2058  NADH dehydrogenase subunit E  67.31 
 
 
167 aa  222  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174503  normal  0.0716989 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1887  NADH dehydrogenase subunit E  66.03 
 
 
167 aa  219  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.15689  normal  0.768651 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2210  NADH dehydrogenase subunit E  66.03 
 
 
167 aa  219  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.445986 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0953  NADH dehydrogenase subunit E  65.38 
 
 
157 aa  216  7.999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.544073 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  63.92 
 
 
159 aa  216  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5573  NADH dehydrogenase subunit E  63.52 
 
 
161 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0826314  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2005  NADH dehydrogenase subunit E  63.29 
 
 
161 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583559  normal  0.143648 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2269  NADH dehydrogenase subunit E  63.92 
 
 
161 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128082  normal  0.14114 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1633  NADH dehydrogenase subunit E  63.92 
 
 
161 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2245  NADH dehydrogenase subunit E  63.92 
 
 
161 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254081  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0931  NADH dehydrogenase subunit E  62.82 
 
 
168 aa  211  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2162  NADH dehydrogenase subunit E  63.52 
 
 
161 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2283  NADH dehydrogenase subunit E  63.52 
 
 
161 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0960667  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  64.56 
 
 
161 aa  210  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1825  NADH dehydrogenase subunit E  64.56 
 
 
161 aa  210  9e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  64.56 
 
 
161 aa  210  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1294  NADH dehydrogenase subunit E  64.56 
 
 
161 aa  210  9e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0417  NADH dehydrogenase subunit E  64.56 
 
 
161 aa  210  9e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  64.56 
 
 
161 aa  210  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0733  NADH dehydrogenase subunit E  64.56 
 
 
161 aa  210  9e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  64.56 
 
 
161 aa  210  9e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1347  NADH dehydrogenase subunit E  62.26 
 
 
161 aa  208  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00701728  normal  0.0175389 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  62.26 
 
 
161 aa  208  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  63.29 
 
 
161 aa  208  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0965  NADH dehydrogenase subunit E  63.23 
 
 
168 aa  208  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489365  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  57.32 
 
 
175 aa  191  6e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1047  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.33 
 
 
168 aa  187  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0825  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.7 
 
 
167 aa  184  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3252  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.13 
 
 
166 aa  183  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1428  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.85 
 
 
165 aa  182  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.464968  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  55.7 
 
 
174 aa  177  4.999999999999999e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2809  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.13 
 
 
165 aa  176  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  55.03 
 
 
174 aa  176  1e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.86 
 
 
163 aa  176  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0876  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.86 
 
 
163 aa  176  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.92008  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.97 
 
 
175 aa  175  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  52.56 
 
 
155 aa  175  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.72 
 
 
164 aa  174  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  52.56 
 
 
155 aa  174  6e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.85 
 
 
175 aa  172  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1497  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  51.92 
 
 
162 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.358345  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5176  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.79 
 
 
163 aa  170  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.821574  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.43 
 
 
166 aa  167  5e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.5 
 
 
176 aa  167  8e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.02 
 
 
168 aa  167  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1960  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54 
 
 
165 aa  165  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000289431  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.56 
 
 
163 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.56 
 
 
163 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3506  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.41 
 
 
182 aa  162  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01291  NADH dehydrogenase subunit E  51.19 
 
 
175 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17741  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2827  NADH dehydrogenase subunit E  51.19 
 
 
175 aa  160  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.169197  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0244  NADH dehydrogenase subunit E  50 
 
 
175 aa  157  6e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0273  NADH dehydrogenase subunit E  50 
 
 
175 aa  157  7e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  49.04 
 
 
161 aa  157  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1407  putative NADH dehydrogenase I (chain E) oxidoreductase protein  50 
 
 
162 aa  152  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.274241  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.91 
 
 
170 aa  147  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.3 
 
 
165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1761  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  47.09 
 
 
170 aa  146  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.21 
 
 
166 aa  142  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  41.25 
 
 
166 aa  135  2e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.1 
 
 
188 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  43.12 
 
 
270 aa  133  9.999999999999999e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.1 
 
 
171 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4355  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.1 
 
 
171 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.223489  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4200  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.1 
 
 
171 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  39.51 
 
 
177 aa  131  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  43.59 
 
 
180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  40.13 
 
 
239 aa  129  2.0000000000000002e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  44.23 
 
 
208 aa  128  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  41.1 
 
 
181 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.21 
 
 
222 aa  125  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  43.51 
 
 
228 aa  124  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.33 
 
 
222 aa  124  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  40.99 
 
 
181 aa  123  1e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.8 
 
 
176 aa  122  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2156  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.21 
 
 
224 aa  120  8e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.36 
 
 
170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.88 
 
 
222 aa  119  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1320  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.33 
 
 
174 aa  119  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.33 
 
 
174 aa  119  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.25 
 
 
264 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.21 
 
 
412 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.21 
 
 
412 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  43.04 
 
 
221 aa  117  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0992  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.38 
 
 
161 aa  117  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0632  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.66 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1627  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.66 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3189  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.66 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.14 
 
 
385 aa  115  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1924  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.92 
 
 
172 aa  115  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.362282  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  38.12 
 
 
249 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3083  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.33 
 
 
174 aa  114  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.15 
 
 
412 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.81 
 
 
216 aa  113  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.33 
 
 
229 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.67 
 
 
394 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  40.69 
 
 
260 aa  112  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>