More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1497 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1497  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  100 
 
 
162 aa  336  7e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.358345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3252  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  80.86 
 
 
166 aa  283  5.999999999999999e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5176  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  79.63 
 
 
163 aa  278  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.821574  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1428  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  81.65 
 
 
165 aa  276  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.464968  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  78.4 
 
 
163 aa  270  6e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0876  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  78.4 
 
 
163 aa  270  6e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.92008  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  77.71 
 
 
175 aa  269  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2809  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  77.07 
 
 
165 aa  260  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3506  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  80 
 
 
182 aa  258  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  71.33 
 
 
175 aa  230  5e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1407  putative NADH dehydrogenase I (chain E) oxidoreductase protein  66 
 
 
162 aa  216  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.274241  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  57.69 
 
 
158 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0953  NADH dehydrogenase subunit E  56.49 
 
 
157 aa  194  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.544073 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2058  NADH dehydrogenase subunit E  56.33 
 
 
167 aa  190  9e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174503  normal  0.0716989 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0965  NADH dehydrogenase subunit E  57.69 
 
 
168 aa  188  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489365  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2210  NADH dehydrogenase subunit E  55.7 
 
 
167 aa  188  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.445986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1887  NADH dehydrogenase subunit E  55.7 
 
 
167 aa  187  5e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.15689  normal  0.768651 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2005  NADH dehydrogenase subunit E  56.6 
 
 
161 aa  185  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583559  normal  0.143648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0931  NADH dehydrogenase subunit E  54.82 
 
 
168 aa  184  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  56.6 
 
 
161 aa  183  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1047  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.35 
 
 
168 aa  183  9e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1294  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0417  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1825  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0733  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  179  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1347  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  179  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00701728  normal  0.0175389 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5573  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
161 aa  179  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0826314  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1633  NADH dehydrogenase subunit E  54.72 
 
 
161 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2162  NADH dehydrogenase subunit E  54.72 
 
 
161 aa  178  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2269  NADH dehydrogenase subunit E  54.72 
 
 
161 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128082  normal  0.14114 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2283  NADH dehydrogenase subunit E  54.72 
 
 
161 aa  178  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0960667  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2245  NADH dehydrogenase subunit E  54.72 
 
 
161 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254081  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0825  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.35 
 
 
167 aa  178  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1746  NADH dehydrogenase subunit E  53.59 
 
 
159 aa  177  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  51.92 
 
 
168 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.81 
 
 
159 aa  161  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  47.52 
 
 
155 aa  147  5e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  47.52 
 
 
155 aa  147  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.72 
 
 
163 aa  141  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.72 
 
 
163 aa  141  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.31 
 
 
164 aa  140  8e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  41.14 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.95 
 
 
176 aa  137  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.37 
 
 
168 aa  136  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.04 
 
 
166 aa  134  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  42.95 
 
 
239 aa  132  1.9999999999999998e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.27 
 
 
170 aa  125  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.74 
 
 
161 aa  125  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  39.58 
 
 
174 aa  122  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  39.58 
 
 
174 aa  122  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  43.48 
 
 
270 aa  120  9e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.86 
 
 
165 aa  120  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4355  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.82 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.223489  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.82 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4200  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.82 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2156  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.4 
 
 
224 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  37.2 
 
 
166 aa  118  3e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  40.26 
 
 
180 aa  118  3e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  45.6 
 
 
181 aa  118  3e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  43.48 
 
 
269 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1960  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.97 
 
 
165 aa  116  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000289431  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.22 
 
 
176 aa  114  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0632  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.19 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1627  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.19 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3189  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.19 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.28 
 
 
169 aa  114  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.73 
 
 
188 aa  114  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  40.15 
 
 
181 aa  113  1.0000000000000001e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1761  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.02 
 
 
170 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  37.18 
 
 
273 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.67 
 
 
170 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1873  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  38.46 
 
 
188 aa  111  4.0000000000000004e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  39.71 
 
 
305 aa  110  6e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.97 
 
 
174 aa  110  6e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  41.13 
 
 
208 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.79 
 
 
229 aa  110  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4061  NADH dehydrogenase subunit E  39.71 
 
 
317 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732889  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1320  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.58 
 
 
174 aa  108  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01291  NADH dehydrogenase subunit E  34.81 
 
 
175 aa  108  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17741  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  37.58 
 
 
262 aa  108  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.41 
 
 
166 aa  108  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0482  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.9 
 
 
162 aa  108  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.220464 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.81 
 
 
222 aa  108  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2827  NADH dehydrogenase subunit E  33.54 
 
 
175 aa  107  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.169197  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0992  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.84 
 
 
161 aa  107  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0697  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.11 
 
 
157 aa  106  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000280605  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  41.04 
 
 
260 aa  107  1e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0721  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.11 
 
 
157 aa  106  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000389921  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0913  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.42 
 
 
203 aa  105  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0273  NADH dehydrogenase subunit E  33.54 
 
 
175 aa  105  3e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0244  NADH dehydrogenase subunit E  33.54 
 
 
175 aa  105  3e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1312  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.14 
 
 
160 aa  105  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0367  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.99 
 
 
208 aa  104  4e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.52 
 
 
216 aa  103  7e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  38.18 
 
 
253 aa  103  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>