More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1559 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  100 
 
 
208 aa  428  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  51.53 
 
 
229 aa  206  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50.76 
 
 
222 aa  200  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.11 
 
 
264 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  45.05 
 
 
239 aa  192  4e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4558  NADH dehydrogenase subunit E  51.85 
 
 
203 aa  190  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.16 
 
 
394 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.19 
 
 
385 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  49.28 
 
 
222 aa  187  9e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3222  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.97 
 
 
208 aa  187  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.237944  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  49.2 
 
 
249 aa  187  1e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  52.73 
 
 
181 aa  185  5e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  46.6 
 
 
398 aa  184  8e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.11 
 
 
412 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  50.93 
 
 
166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.11 
 
 
412 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.11 
 
 
412 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  47.87 
 
 
270 aa  182  3e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2246  NADH dehydrogenase subunit E  46.97 
 
 
239 aa  182  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0214593  normal  0.111261 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  47.21 
 
 
222 aa  182  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.49 
 
 
170 aa  182  4.0000000000000006e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2003  NADH dehydrogenase subunit E  47.59 
 
 
303 aa  181  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.277346  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.91 
 
 
216 aa  180  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0925  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.44 
 
 
203 aa  179  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.85 
 
 
457 aa  180  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3295  NADH dehydrogenase subunit E  48.42 
 
 
249 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2516  NADH dehydrogenase subunit E  47.06 
 
 
303 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2406  NADH dehydrogenase subunit E  47.69 
 
 
265 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979437 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1178  NADH dehydrogenase subunit E  47.06 
 
 
303 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  44.79 
 
 
402 aa  176  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1883  NADH dehydrogenase subunit E  45.92 
 
 
250 aa  175  5e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  45.55 
 
 
388 aa  174  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.94 
 
 
229 aa  174  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0893  NADH dehydrogenase subunit E  46.07 
 
 
273 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2882  NADH dehydrogenase subunit E  47.37 
 
 
249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2216  NADH dehydrogenase subunit E  46.07 
 
 
228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  45.41 
 
 
228 aa  171  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0801  NADH dehydrogenase subunit E  45.73 
 
 
237 aa  170  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0806  NADH dehydrogenase subunit E  45.73 
 
 
237 aa  170  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512298  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2577  NADH dehydrogenase subunit E  46.32 
 
 
249 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251247  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  46.28 
 
 
395 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  45.03 
 
 
388 aa  170  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0782  NADH dehydrogenase subunit E  47.09 
 
 
225 aa  170  2e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.916923  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  45.73 
 
 
385 aa  168  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1717  NADH dehydrogenase subunit E  45.73 
 
 
266 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  46.06 
 
 
181 aa  166  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1026  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.97 
 
 
345 aa  166  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  43.9 
 
 
180 aa  161  6e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  43.58 
 
 
260 aa  161  7e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  42.27 
 
 
221 aa  156  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50.7 
 
 
163 aa  152  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50.7 
 
 
163 aa  152  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.72 
 
 
165 aa  150  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  44.85 
 
 
174 aa  150  2e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  44.85 
 
 
174 aa  149  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.87 
 
 
161 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  40.93 
 
 
217 aa  142  3e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.96 
 
 
166 aa  140  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  42.66 
 
 
155 aa  136  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  42.66 
 
 
155 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.67 
 
 
176 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  38.89 
 
 
177 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  43.59 
 
 
269 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  40.24 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  44.23 
 
 
168 aa  128  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.62 
 
 
175 aa  128  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.44 
 
 
168 aa  128  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.63 
 
 
170 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  43.38 
 
 
158 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  42.21 
 
 
239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  43.75 
 
 
175 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  39.51 
 
 
273 aa  125  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1278  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  35.37 
 
 
230 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.468909 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1746  NADH dehydrogenase subunit E  39.35 
 
 
159 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.97 
 
 
166 aa  122  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0876  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.55 
 
 
163 aa  121  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.92008  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.55 
 
 
163 aa  121  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0367  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.14 
 
 
208 aa  121  9e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.01 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.24 
 
 
159 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.55 
 
 
175 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.67 
 
 
164 aa  119  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0733  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03200  NADH dehydrogenase subunit E  39.66 
 
 
253 aa  117  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1825  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1294  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0417  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1153  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  37.7 
 
 
212 aa  118  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2809  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.97 
 
 
165 aa  117  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5176  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.1 
 
 
163 aa  117  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.821574  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  33.96 
 
 
305 aa  117  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  41.01 
 
 
161 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  38.61 
 
 
161 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4061  NADH dehydrogenase subunit E  36.05 
 
 
317 aa  116  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732889  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1428  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.73 
 
 
165 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.464968  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.05 
 
 
176 aa  115  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>