More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2246 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2246  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
239 aa  493  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0214593  normal  0.111261 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1178  NADH dehydrogenase subunit E  80.85 
 
 
303 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2516  NADH dehydrogenase subunit E  80.85 
 
 
303 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  74.79 
 
 
402 aa  375  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2003  NADH dehydrogenase subunit E  77.35 
 
 
303 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.277346  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  67.92 
 
 
398 aa  352  2.9999999999999997e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  69.53 
 
 
395 aa  340  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4558  NADH dehydrogenase subunit E  65 
 
 
203 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2406  NADH dehydrogenase subunit E  60 
 
 
265 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3295  NADH dehydrogenase subunit E  61.93 
 
 
249 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2882  NADH dehydrogenase subunit E  61.42 
 
 
249 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1883  NADH dehydrogenase subunit E  54.43 
 
 
250 aa  245  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2577  NADH dehydrogenase subunit E  61.42 
 
 
249 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251247  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2216  NADH dehydrogenase subunit E  58.29 
 
 
228 aa  241  5e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0893  NADH dehydrogenase subunit E  53.33 
 
 
273 aa  241  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0806  NADH dehydrogenase subunit E  58.5 
 
 
237 aa  238  5e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512298  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0801  NADH dehydrogenase subunit E  58.5 
 
 
237 aa  238  5e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  57 
 
 
385 aa  235  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  61.11 
 
 
385 aa  234  6e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0782  NADH dehydrogenase subunit E  57.21 
 
 
225 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.916923  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1717  NADH dehydrogenase subunit E  51.24 
 
 
266 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3222  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.57 
 
 
208 aa  229  4e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.237944  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.5 
 
 
264 aa  226  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1026  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.5 
 
 
345 aa  226  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  56.57 
 
 
388 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.08 
 
 
394 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.54 
 
 
412 aa  218  6e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  56.06 
 
 
388 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  53.7 
 
 
228 aa  217  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.22 
 
 
222 aa  216  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.58 
 
 
457 aa  215  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.65 
 
 
412 aa  214  9e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.65 
 
 
412 aa  214  9e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.31 
 
 
229 aa  205  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  46.85 
 
 
221 aa  191  6e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.97 
 
 
208 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.19 
 
 
229 aa  175  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.64 
 
 
222 aa  171  9e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.79 
 
 
222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  43.32 
 
 
249 aa  161  9e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  44.79 
 
 
166 aa  155  4e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  40.11 
 
 
239 aa  152  2.9999999999999998e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  41.67 
 
 
260 aa  146  2.0000000000000003e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0925  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.84 
 
 
203 aa  145  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.9 
 
 
216 aa  141  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.95 
 
 
170 aa  140  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  44.03 
 
 
177 aa  139  4.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  36.92 
 
 
270 aa  138  7e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  40 
 
 
181 aa  138  8.999999999999999e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  41.94 
 
 
180 aa  137  1e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.48 
 
 
165 aa  135  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.28 
 
 
163 aa  129  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.28 
 
 
163 aa  129  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  39.39 
 
 
181 aa  128  7.000000000000001e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.16 
 
 
161 aa  128  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.75 
 
 
166 aa  117  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.74 
 
 
170 aa  116  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  36.87 
 
 
217 aa  115  5e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  36.81 
 
 
174 aa  115  6.9999999999999995e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.25 
 
 
169 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  36.81 
 
 
174 aa  115  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  36.36 
 
 
155 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  36.36 
 
 
155 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.26 
 
 
166 aa  109  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  38.75 
 
 
168 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1278  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  30.32 
 
 
230 aa  108  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.468909 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  40.5 
 
 
158 aa  108  9.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  33.12 
 
 
239 aa  106  3e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.84 
 
 
176 aa  106  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.73 
 
 
164 aa  106  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2827  NADH dehydrogenase subunit E  40.56 
 
 
175 aa  106  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.169197  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.43 
 
 
176 aa  105  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  29.45 
 
 
305 aa  104  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.36 
 
 
159 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.81 
 
 
168 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  30.06 
 
 
262 aa  103  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3172  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.9 
 
 
237 aa  103  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  30.32 
 
 
273 aa  101  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0244  NADH dehydrogenase subunit E  39.86 
 
 
175 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1960  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.86 
 
 
165 aa  100  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000289431  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1279  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.69 
 
 
183 aa  101  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.927343 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4061  NADH dehydrogenase subunit E  29.01 
 
 
317 aa  100  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732889  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.81 
 
 
175 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0273  NADH dehydrogenase subunit E  39.86 
 
 
175 aa  100  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1761  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.73 
 
 
170 aa  100  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4485  NADH dehydrogenase subunit E  33.11 
 
 
287 aa  99.8  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.256998  hitchhiker  0.00514085 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  32.21 
 
 
253 aa  99.8  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.45 
 
 
228 aa  99  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1320  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.3 
 
 
174 aa  99.4  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  41.46 
 
 
161 aa  98.6  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.01 
 
 
174 aa  99  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  35.21 
 
 
175 aa  98.6  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2156  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.33 
 
 
224 aa  98.2  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1312  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.62 
 
 
160 aa  97.8  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  31.85 
 
 
269 aa  97.8  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0285  NADH-quinone oxidoreductase subunit E  30.14 
 
 
231 aa  97.1  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4414  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.33 
 
 
240 aa  97.1  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.66 
 
 
188 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1746  NADH dehydrogenase subunit E  35.57 
 
 
159 aa  96.7  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2245  NADH dehydrogenase subunit E  35.81 
 
 
161 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>