More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2216 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2216  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
228 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1883  NADH dehydrogenase subunit E  85.26 
 
 
250 aa  437  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4558  NADH dehydrogenase subunit E  82 
 
 
203 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2406  NADH dehydrogenase subunit E  68.25 
 
 
265 aa  348  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2577  NADH dehydrogenase subunit E  76.12 
 
 
249 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251247  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3295  NADH dehydrogenase subunit E  77.61 
 
 
249 aa  338  4e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2882  NADH dehydrogenase subunit E  75.62 
 
 
249 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  64.04 
 
 
388 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0893  NADH dehydrogenase subunit E  58.01 
 
 
273 aa  271  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  63.55 
 
 
388 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1717  NADH dehydrogenase subunit E  59.19 
 
 
266 aa  268  7e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1026  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  61.39 
 
 
345 aa  260  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0806  NADH dehydrogenase subunit E  59.9 
 
 
237 aa  255  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512298  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  59.9 
 
 
385 aa  256  3e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0801  NADH dehydrogenase subunit E  59.9 
 
 
237 aa  255  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  60.93 
 
 
402 aa  251  7e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0782  NADH dehydrogenase subunit E  57.21 
 
 
225 aa  248  7e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.916923  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  60.1 
 
 
398 aa  246  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2246  NADH dehydrogenase subunit E  55.61 
 
 
239 aa  242  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0214593  normal  0.111261 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3222  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  59.05 
 
 
208 aa  240  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.237944  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  57.92 
 
 
395 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1178  NADH dehydrogenase subunit E  58.08 
 
 
303 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2003  NADH dehydrogenase subunit E  58.08 
 
 
303 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.277346  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2516  NADH dehydrogenase subunit E  58.08 
 
 
303 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.5 
 
 
385 aa  234  6e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.5 
 
 
394 aa  229  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.79 
 
 
264 aa  225  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.54 
 
 
222 aa  225  5.0000000000000005e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.62 
 
 
229 aa  224  7e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57 
 
 
457 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.5 
 
 
412 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.27 
 
 
412 aa  215  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.27 
 
 
412 aa  215  4e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  57 
 
 
228 aa  212  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  52 
 
 
221 aa  189  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  49.47 
 
 
229 aa  179  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50 
 
 
222 aa  178  4.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.07 
 
 
208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  46.28 
 
 
249 aa  168  5e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.31 
 
 
222 aa  165  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0925  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.55 
 
 
203 aa  156  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  48.75 
 
 
166 aa  155  4e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.78 
 
 
216 aa  155  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  40.2 
 
 
239 aa  152  5e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  41.92 
 
 
181 aa  143  2e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  38.86 
 
 
270 aa  138  6e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  44.52 
 
 
180 aa  137  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.4 
 
 
170 aa  136  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
181 aa  134  8e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  39.77 
 
 
260 aa  133  3e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  36.59 
 
 
217 aa  131  9e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.86 
 
 
161 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  39.05 
 
 
177 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.87 
 
 
163 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.87 
 
 
163 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  36.59 
 
 
174 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.41 
 
 
165 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  35.98 
 
 
174 aa  115  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.38 
 
 
166 aa  114  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.19 
 
 
164 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  38.19 
 
 
155 aa  108  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  38.19 
 
 
155 aa  108  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.06 
 
 
176 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  38.51 
 
 
168 aa  102  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0273  NADH dehydrogenase subunit E  35.86 
 
 
175 aa  100  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0244  NADH dehydrogenase subunit E  35.86 
 
 
175 aa  99.8  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.71 
 
 
170 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.72 
 
 
176 aa  99.4  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1294  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1825  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0417  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  37.5 
 
 
158 aa  99.4  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  99  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0733  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2269  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  98.6  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128082  normal  0.14114 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1633  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  98.6  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2245  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  98.6  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254081  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5573  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  98.6  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0826314  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2162  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  98.2  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.22 
 
 
159 aa  98.2  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2283  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  98.2  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0960667  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  98.2  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  32.5 
 
 
175 aa  98.2  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2827  NADH dehydrogenase subunit E  34.18 
 
 
175 aa  97.8  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.169197  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1347  NADH dehydrogenase subunit E  37.41 
 
 
161 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00701728  normal  0.0175389 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.24 
 
 
175 aa  96.7  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2005  NADH dehydrogenase subunit E  37.41 
 
 
161 aa  95.9  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583559  normal  0.143648 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.03 
 
 
168 aa  95.1  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.9 
 
 
174 aa  95.5  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0953  NADH dehydrogenase subunit E  36.76 
 
 
157 aa  95.1  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.544073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01291  NADH dehydrogenase subunit E  33.33 
 
 
175 aa  94.4  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17741  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1407  putative NADH dehydrogenase I (chain E) oxidoreductase protein  39.57 
 
 
162 aa  94.4  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.274241  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2809  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.03 
 
 
165 aa  93.6  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0876  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.45 
 
 
163 aa  94.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.92008  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.33 
 
 
175 aa  93.6  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.45 
 
 
163 aa  94.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>