More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2882 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2882  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
249 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2577  NADH dehydrogenase subunit E  93.17 
 
 
249 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251247  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3295  NADH dehydrogenase subunit E  86.75 
 
 
249 aa  440  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2406  NADH dehydrogenase subunit E  74.4 
 
 
265 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979437 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1883  NADH dehydrogenase subunit E  68.92 
 
 
250 aa  362  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4558  NADH dehydrogenase subunit E  83 
 
 
203 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2216  NADH dehydrogenase subunit E  75.62 
 
 
228 aa  334  5.999999999999999e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1026  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  63.68 
 
 
345 aa  259  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0893  NADH dehydrogenase subunit E  62.87 
 
 
273 aa  258  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0806  NADH dehydrogenase subunit E  61.19 
 
 
237 aa  258  5.0000000000000005e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512298  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0801  NADH dehydrogenase subunit E  61.19 
 
 
237 aa  258  5.0000000000000005e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  60.7 
 
 
385 aa  255  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  61.08 
 
 
388 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1717  NADH dehydrogenase subunit E  60.2 
 
 
266 aa  251  7e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  60.59 
 
 
388 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2246  NADH dehydrogenase subunit E  61.42 
 
 
239 aa  246  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0214593  normal  0.111261 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0782  NADH dehydrogenase subunit E  58.71 
 
 
225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.916923  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3222  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  60.1 
 
 
208 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.237944  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2516  NADH dehydrogenase subunit E  59.9 
 
 
303 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1178  NADH dehydrogenase subunit E  59.9 
 
 
303 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2003  NADH dehydrogenase subunit E  58.05 
 
 
303 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.277346  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  59.39 
 
 
402 aa  236  2e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  59.3 
 
 
385 aa  236  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  57.87 
 
 
398 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  57.36 
 
 
395 aa  231  6e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.01 
 
 
457 aa  231  9e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.29 
 
 
394 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.29 
 
 
412 aa  229  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.79 
 
 
412 aa  225  6e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.79 
 
 
412 aa  225  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.79 
 
 
229 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.79 
 
 
264 aa  218  5e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  52.3 
 
 
228 aa  208  8e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50.47 
 
 
222 aa  199  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50.74 
 
 
229 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  48.73 
 
 
221 aa  187  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50.26 
 
 
222 aa  177  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  47.37 
 
 
208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  46.28 
 
 
249 aa  170  2e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.81 
 
 
222 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  47.8 
 
 
166 aa  157  1e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  48.39 
 
 
180 aa  155  7e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0925  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.6 
 
 
203 aa  154  9e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  40.7 
 
 
239 aa  152  2.9999999999999998e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  43.53 
 
 
181 aa  150  2e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.24 
 
 
216 aa  146  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  43.71 
 
 
181 aa  142  4e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.87 
 
 
170 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  39.71 
 
 
270 aa  138  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  40 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  39.38 
 
 
177 aa  126  3e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.91 
 
 
161 aa  125  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.52 
 
 
163 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.52 
 
 
163 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  38.65 
 
 
174 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  38.65 
 
 
174 aa  120  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  35.57 
 
 
217 aa  118  9.999999999999999e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.74 
 
 
159 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.74 
 
 
165 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  38.89 
 
 
155 aa  108  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  38.89 
 
 
155 aa  108  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.73 
 
 
164 aa  108  9.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.58 
 
 
166 aa  106  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.42 
 
 
176 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  39.49 
 
 
168 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1746  NADH dehydrogenase subunit E  40.44 
 
 
159 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  38.24 
 
 
158 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0953  NADH dehydrogenase subunit E  36.77 
 
 
157 aa  99.8  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.544073 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.67 
 
 
168 aa  99.4  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  34.72 
 
 
175 aa  97.4  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.91 
 
 
166 aa  97.4  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  34.97 
 
 
253 aa  95.9  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.62 
 
 
175 aa  95.5  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1960  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.17 
 
 
165 aa  94.7  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000289431  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1347  NADH dehydrogenase subunit E  37.41 
 
 
161 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00701728  normal  0.0175389 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  38.13 
 
 
161 aa  94.4  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5573  NADH dehydrogenase subunit E  37.41 
 
 
161 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0826314  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0733  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1825  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0417  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1294  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2283  NADH dehydrogenase subunit E  37.41 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0960667  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2162  NADH dehydrogenase subunit E  37.41 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2827  NADH dehydrogenase subunit E  35.86 
 
 
175 aa  92.8  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.169197  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  36.69 
 
 
161 aa  92.4  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4485  NADH dehydrogenase subunit E  30.16 
 
 
287 aa  92.4  7e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.256998  hitchhiker  0.00514085 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.19 
 
 
175 aa  92  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.8 
 
 
188 aa  91.3  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0273  NADH dehydrogenase subunit E  35.17 
 
 
175 aa  91.3  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  31.1 
 
 
273 aa  91.3  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0244  NADH dehydrogenase subunit E  35.17 
 
 
175 aa  91.3  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1761  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.49 
 
 
170 aa  90.5  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  30.49 
 
 
305 aa  90.5  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2245  NADH dehydrogenase subunit E  36.69 
 
 
161 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254081  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2269  NADH dehydrogenase subunit E  36.69 
 
 
161 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128082  normal  0.14114 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.33 
 
 
163 aa  90.9  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>