More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0746 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
398 aa  810    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  63.93 
 
 
402 aa  501  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  63.34 
 
 
395 aa  503  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1178  NADH dehydrogenase subunit E  61.51 
 
 
303 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2516  NADH dehydrogenase subunit E  61.84 
 
 
303 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2003  NADH dehydrogenase subunit E  60.53 
 
 
303 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.277346  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2246  NADH dehydrogenase subunit E  67.92 
 
 
239 aa  352  7e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0214593  normal  0.111261 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  44.67 
 
 
385 aa  305  6e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.07 
 
 
412 aa  300  4e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.42 
 
 
412 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.42 
 
 
412 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4558  NADH dehydrogenase subunit E  65.26 
 
 
203 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.62 
 
 
264 aa  253  6e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0893  NADH dehydrogenase subunit E  59.6 
 
 
273 aa  250  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1883  NADH dehydrogenase subunit E  56.31 
 
 
250 aa  248  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2216  NADH dehydrogenase subunit E  60.1 
 
 
228 aa  246  4e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3222  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  59.9 
 
 
208 aa  245  9e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.237944  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0806  NADH dehydrogenase subunit E  58.5 
 
 
237 aa  243  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512298  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0801  NADH dehydrogenase subunit E  58.5 
 
 
237 aa  243  3e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  60.1 
 
 
385 aa  242  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2406  NADH dehydrogenase subunit E  61.41 
 
 
265 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979437 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.97 
 
 
394 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3295  NADH dehydrogenase subunit E  58.88 
 
 
249 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0782  NADH dehydrogenase subunit E  56.06 
 
 
225 aa  238  2e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.916923  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2577  NADH dehydrogenase subunit E  48.35 
 
 
249 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251247  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  55.45 
 
 
388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2882  NADH dehydrogenase subunit E  57.87 
 
 
249 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.29 
 
 
457 aa  233  6e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1717  NADH dehydrogenase subunit E  57.5 
 
 
266 aa  232  8.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1026  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.5 
 
 
345 aa  232  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  54.95 
 
 
388 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.36 
 
 
222 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.85 
 
 
229 aa  228  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  58.16 
 
 
228 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  53.5 
 
 
221 aa  210  3e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.6 
 
 
208 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.29 
 
 
229 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  47.03 
 
 
222 aa  178  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.44 
 
 
222 aa  176  5e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  43.85 
 
 
249 aa  160  5e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.93 
 
 
216 aa  153  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  43.29 
 
 
166 aa  153  5e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  42.16 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  39.67 
 
 
239 aa  147  5e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  38.65 
 
 
270 aa  145  1e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.41 
 
 
170 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0925  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.6 
 
 
203 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  43.02 
 
 
181 aa  138  2e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  41.92 
 
 
181 aa  138  2e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  44.9 
 
 
180 aa  136  8e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  42.33 
 
 
177 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.26 
 
 
165 aa  129  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  36.06 
 
 
217 aa  122  9e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.88 
 
 
166 aa  121  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.65 
 
 
170 aa  120  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.01 
 
 
163 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.61 
 
 
161 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.01 
 
 
163 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1314  hypothetical protein  65.48 
 
 
239 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0719888  normal  0.0263324 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.84 
 
 
169 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  39.47 
 
 
155 aa  112  9e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  39.47 
 
 
155 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1279  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.74 
 
 
183 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.927343 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.85 
 
 
164 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  33.14 
 
 
239 aa  110  6e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1177  hypothetical protein  56.25 
 
 
250 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0930686  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  35.76 
 
 
174 aa  107  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.61 
 
 
166 aa  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  35.76 
 
 
174 aa  107  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.41 
 
 
176 aa  107  5e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1873  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  36.93 
 
 
188 aa  106  6e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.66 
 
 
176 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.89 
 
 
168 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.45 
 
 
248 aa  104  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.941311 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  30 
 
 
262 aa  103  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  36.3 
 
 
158 aa  102  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3083  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  31.68 
 
 
174 aa  102  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.41 
 
 
174 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1320  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.52 
 
 
174 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1278  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  29.41 
 
 
230 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.468909 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.03 
 
 
228 aa  101  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0913  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.86 
 
 
203 aa  100  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  29.17 
 
 
305 aa  100  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  30.1 
 
 
269 aa  100  6e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4414  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  31.43 
 
 
240 aa  99.8  8e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2280  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  62.67 
 
 
258 aa  99.8  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.372527  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  36.11 
 
 
175 aa  99  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07420  NADH dehydrogenase subunit E  28.9 
 
 
319 aa  98.6  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0368218 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0524  NADH dehydrogenase subunit E  32.65 
 
 
263 aa  98.2  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4485  NADH dehydrogenase subunit E  31.41 
 
 
287 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.256998  hitchhiker  0.00514085 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.91 
 
 
159 aa  97.8  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2156  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.25 
 
 
224 aa  98.2  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4061  NADH dehydrogenase subunit E  28.3 
 
 
317 aa  97.1  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732889  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3172  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.21 
 
 
237 aa  97.4  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3827  hypothetical protein  61.84 
 
 
253 aa  97.1  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.290909  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1153  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  36.9 
 
 
212 aa  97.1  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3059  hypothetical protein  46.43 
 
 
626 aa  97.1  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  35 
 
 
168 aa  96.7  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0285  NADH-quinone oxidoreductase subunit E  31.41 
 
 
231 aa  96.7  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0367  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.99 
 
 
208 aa  96.7  7e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>