More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1717 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1717  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
266 aa  546  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0893  NADH dehydrogenase subunit E  71.27 
 
 
273 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  71.26 
 
 
388 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  70.45 
 
 
388 aa  352  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1026  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  64.15 
 
 
345 aa  348  4e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  62.59 
 
 
385 aa  347  1e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0806  NADH dehydrogenase subunit E  76.96 
 
 
237 aa  335  5.999999999999999e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512298  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0801  NADH dehydrogenase subunit E  76.96 
 
 
237 aa  335  5.999999999999999e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0782  NADH dehydrogenase subunit E  75.37 
 
 
225 aa  320  9.999999999999999e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.916923  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1883  NADH dehydrogenase subunit E  55.56 
 
 
250 aa  266  2e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2216  NADH dehydrogenase subunit E  62.87 
 
 
228 aa  265  4e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4558  NADH dehydrogenase subunit E  63.73 
 
 
203 aa  264  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2406  NADH dehydrogenase subunit E  56.05 
 
 
265 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2882  NADH dehydrogenase subunit E  60.2 
 
 
249 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2577  NADH dehydrogenase subunit E  59.7 
 
 
249 aa  248  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251247  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3295  NADH dehydrogenase subunit E  57.82 
 
 
249 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2516  NADH dehydrogenase subunit E  59.7 
 
 
303 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1178  NADH dehydrogenase subunit E  59.7 
 
 
303 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  49.81 
 
 
402 aa  238  5.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2246  NADH dehydrogenase subunit E  51.24 
 
 
239 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0214593  normal  0.111261 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  57.5 
 
 
398 aa  232  6e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2003  NADH dehydrogenase subunit E  58.5 
 
 
303 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.277346  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  58.42 
 
 
395 aa  228  5e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3222  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.92 
 
 
208 aa  218  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.237944  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.94 
 
 
394 aa  218  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.86 
 
 
385 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2922  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.95 
 
 
264 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.9 
 
 
412 aa  207  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.9 
 
 
412 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.69 
 
 
412 aa  205  6e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.17 
 
 
457 aa  205  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2395  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.96 
 
 
222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0717093  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  53.47 
 
 
228 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.69 
 
 
229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1359  NADH dehydrogenase subunit E  52.76 
 
 
221 aa  193  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.127402  normal  0.0368394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.33 
 
 
229 aa  185  7e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  47.57 
 
 
222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  45.73 
 
 
208 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.08 
 
 
222 aa  165  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0925  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  47.24 
 
 
203 aa  160  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  51.95 
 
 
166 aa  157  2e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  43.88 
 
 
239 aa  156  3e-37  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.38 
 
 
216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  45.81 
 
 
180 aa  137  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  40.61 
 
 
270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  41.27 
 
 
249 aa  136  4e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  44.23 
 
 
181 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.16 
 
 
170 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  41.92 
 
 
181 aa  131  1.0000000000000001e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.51 
 
 
161 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  40.31 
 
 
260 aa  124  1e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.14 
 
 
165 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  43.15 
 
 
174 aa  119  6e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  43.15 
 
 
174 aa  119  7e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  40.51 
 
 
177 aa  119  7e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  35.86 
 
 
217 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  40.97 
 
 
155 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  40.97 
 
 
155 aa  112  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0821  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.38 
 
 
164 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.452585  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.38 
 
 
166 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.51 
 
 
176 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0990  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40 
 
 
168 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.504399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.96 
 
 
163 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.96 
 
 
163 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  34.59 
 
 
273 aa  109  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1146  NADH dehydrogenase subunit E  37.35 
 
 
168 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0929522  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.19 
 
 
170 aa  106  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  35.47 
 
 
239 aa  105  6e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.14 
 
 
166 aa  105  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4414  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  31.8 
 
 
240 aa  105  7e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  42.28 
 
 
158 aa  105  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.74 
 
 
159 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  32.28 
 
 
253 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32 
 
 
228 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0543  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  30.81 
 
 
269 aa  101  1e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.727219 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4485  NADH dehydrogenase subunit E  30.89 
 
 
287 aa  101  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.256998  hitchhiker  0.00514085 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2210  NADH dehydrogenase subunit E  39.01 
 
 
167 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.445986 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  37.27 
 
 
175 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2058  NADH dehydrogenase subunit E  37.67 
 
 
167 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174503  normal  0.0716989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  33.54 
 
 
262 aa  100  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1887  NADH dehydrogenase subunit E  38.3 
 
 
167 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.15689  normal  0.768651 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07420  NADH dehydrogenase subunit E  32.37 
 
 
319 aa  100  4e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0368218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0965  NADH dehydrogenase subunit E  38.03 
 
 
168 aa  99.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489365  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2827  NADH dehydrogenase subunit E  36.3 
 
 
175 aa  99.4  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.169197  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.18 
 
 
169 aa  99.4  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.58 
 
 
248 aa  99  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.941311 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0931  NADH dehydrogenase subunit E  42.28 
 
 
168 aa  99  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1347  NADH dehydrogenase subunit E  41.27 
 
 
161 aa  98.6  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00701728  normal  0.0175389 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0285  NADH-quinone oxidoreductase subunit E  32.5 
 
 
231 aa  98.2  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  42.06 
 
 
161 aa  98.2  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1960  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.99 
 
 
165 aa  98.2  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000289431  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1825  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
161 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
161 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  31.45 
 
 
305 aa  97.4  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
161 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
161 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0417  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
161 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.42 
 
 
188 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
161 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0733  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
161 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>