More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0542 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
262 aa  521  1e-147  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  78.08 
 
 
273 aa  350  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  65.09 
 
 
305 aa  285  5.999999999999999e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4061  NADH dehydrogenase subunit E  64.76 
 
 
317 aa  281  7.000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732889  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1278  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  58.88 
 
 
230 aa  280  1e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.468909 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.69 
 
 
294 aa  246  2e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4414  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.83 
 
 
240 aa  245  4e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4554  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  68.79 
 
 
341 aa  244  8e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0285  NADH-quinone oxidoreductase subunit E  56.16 
 
 
231 aa  243  3e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0524  NADH dehydrogenase subunit E  52.61 
 
 
263 aa  241  6e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0588  NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit- like protein  53.33 
 
 
219 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.27 
 
 
248 aa  240  2e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.941311 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07420  NADH dehydrogenase subunit E  51.49 
 
 
319 aa  238  5.999999999999999e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0368218 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  55.09 
 
 
239 aa  236  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0978  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  54.22 
 
 
249 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13170  NADH dehydrogenase subunit E  56.94 
 
 
252 aa  232  5e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0473  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.59 
 
 
302 aa  230  2e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3225  NADH dehydrogenase subunit E  58.25 
 
 
283 aa  229  4e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0065484 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1546  NADH dehydrogenase subunit E  54.3 
 
 
294 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67963  normal  0.132733 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1576  NADH dehydrogenase subunit E  54.75 
 
 
294 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.685824  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1600  NADH dehydrogenase subunit E  54.75 
 
 
294 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.737975  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03200  NADH dehydrogenase subunit E  51.69 
 
 
253 aa  226  3e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0543  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.26 
 
 
269 aa  225  5.0000000000000005e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.727219 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  56.37 
 
 
269 aa  225  6e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4485  NADH dehydrogenase subunit E  48.45 
 
 
287 aa  223  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.256998  hitchhiker  0.00514085 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6678  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  51.1 
 
 
254 aa  220  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.76 
 
 
228 aa  218  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  52.04 
 
 
253 aa  214  8e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  55.31 
 
 
706 aa  194  1e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3172  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.85 
 
 
237 aa  191  7e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.51 
 
 
165 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0367  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.22 
 
 
208 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.4 
 
 
161 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  40.38 
 
 
166 aa  132  6.999999999999999e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1312  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.24 
 
 
160 aa  131  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  40.88 
 
 
208 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.4 
 
 
170 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.03 
 
 
170 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.59 
 
 
166 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0876  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.83 
 
 
163 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.92008  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  38.01 
 
 
239 aa  124  2e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.27 
 
 
385 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.83 
 
 
163 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  35.23 
 
 
260 aa  122  4e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2210  NADH dehydrogenase subunit E  40.36 
 
 
167 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.445986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1887  NADH dehydrogenase subunit E  40.36 
 
 
167 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.15689  normal  0.768651 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.6 
 
 
229 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0482  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.87 
 
 
162 aa  119  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.220464 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  36.42 
 
 
180 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2809  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  43.24 
 
 
165 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2058  NADH dehydrogenase subunit E  39.16 
 
 
167 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174503  normal  0.0716989 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.77 
 
 
222 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  35.44 
 
 
181 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1045  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.22 
 
 
230 aa  116  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3083  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.22 
 
 
174 aa  116  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.13 
 
 
188 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  39.1 
 
 
175 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.04 
 
 
394 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  40.56 
 
 
158 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5176  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.53 
 
 
163 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.821574  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.67 
 
 
175 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  37.13 
 
 
249 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1320  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.24 
 
 
174 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4629  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.63 
 
 
229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.91 
 
 
176 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3252  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.96 
 
 
166 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  35.85 
 
 
270 aa  113  3e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1428  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.22 
 
 
165 aa  113  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.464968  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.91 
 
 
174 aa  113  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.67 
 
 
159 aa  112  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2296  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.1 
 
 
222 aa  112  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0931  NADH dehydrogenase subunit E  40.13 
 
 
168 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1873  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  35.19 
 
 
188 aa  112  6e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.02 
 
 
412 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.02 
 
 
412 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0965  NADH dehydrogenase subunit E  40.65 
 
 
168 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489365  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.8 
 
 
412 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1966  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.22 
 
 
166 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0931539 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0953  NADH dehydrogenase subunit E  39.1 
 
 
157 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.544073 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  35.76 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1047  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.2 
 
 
168 aa  109  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  46.03 
 
 
161 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2005  NADH dehydrogenase subunit E  46.03 
 
 
161 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583559  normal  0.143648 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.81 
 
 
169 aa  108  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4740  NADH dehydrogenase subunit E  39.63 
 
 
162 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.871822  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  32.12 
 
 
395 aa  108  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  34.88 
 
 
217 aa  108  9.000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  39.29 
 
 
155 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  39.29 
 
 
155 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1347  NADH dehydrogenase subunit E  46.03 
 
 
161 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00701728  normal  0.0175389 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.89 
 
 
176 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1497  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.89 
 
 
162 aa  107  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.358345  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.84 
 
 
216 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103945  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1279  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.33 
 
 
183 aa  106  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.927343 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2156  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.97 
 
 
224 aa  106  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.42 
 
 
457 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5573  NADH dehydrogenase subunit E  42.06 
 
 
161 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0826314  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2162  NADH dehydrogenase subunit E  42.06 
 
 
161 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0913  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.45 
 
 
203 aa  106  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1378  NADH dehydrogenase I chain E  36.13 
 
 
177 aa  106  4e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.41658  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>