More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4740 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4740  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
162 aa  323  5e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.871822  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1329  NADH dehydrogenase subunit E  90.91 
 
 
157 aa  284  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.116663  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1350  NADH dehydrogenase subunit E  90.32 
 
 
157 aa  282  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4068  NADH dehydrogenase subunit E  78.71 
 
 
157 aa  254  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.50582  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1692  NADH dehydrogenase subunit E  62.09 
 
 
157 aa  199  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175779  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0103  NADH dehydrogenase subunit E  62.09 
 
 
157 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1739  NADH dehydrogenase subunit E  62.09 
 
 
157 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3129  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  49.32 
 
 
171 aa  152  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1117  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  53.79 
 
 
165 aa  144  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3822  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.37 
 
 
154 aa  140  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.144781  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2547  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.03 
 
 
176 aa  139  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1743  NADH dehydrogenase subunit E  40.65 
 
 
165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.048618  normal  0.210443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4122  NADH dehydrogenase subunit E  40.65 
 
 
165 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2415  NADH dehydrogenase subunit E  41.83 
 
 
170 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0144111  normal  0.147361 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3694  NADH dehydrogenase subunit E  44.03 
 
 
165 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0959076  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1870  NADH dehydrogenase subunit E  40.65 
 
 
165 aa  137  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.142581 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3606  NADH dehydrogenase subunit E  43.28 
 
 
165 aa  136  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1124  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  43.79 
 
 
154 aa  135  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28470  NADH dehydrogenase subunit E  41.72 
 
 
164 aa  135  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1397  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.38 
 
 
176 aa  136  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231323  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3200  NADH dehydrogenase subunit E  43.28 
 
 
165 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.333269  normal  0.0237431 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1356  NADH dehydrogenase subunit E  44 
 
 
157 aa  134  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2567  NADH dehydrogenase subunit E  40.4 
 
 
166 aa  134  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29980  NADH dehydrogenase subunit E  40.4 
 
 
166 aa  134  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3368  NADH dehydrogenase I, E subunit  43.94 
 
 
165 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1563  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
187 aa  133  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449918  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1495  NADH dehydrogenase subunit E  42.38 
 
 
181 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0576  NADH dehydrogenase subunit E  40.97 
 
 
169 aa  132  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2769  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.06 
 
 
171 aa  131  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217796  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3305  NADH dehydrogenase subunit E  39.22 
 
 
183 aa  130  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00437107  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1696  NADH dehydrogenase subunit E  42.66 
 
 
170 aa  130  6e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.142144  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02210  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1372  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00570397  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3424  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.208277  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2578  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.520034  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2434  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2661  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0294149  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1367  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334565  normal  0.707376 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2439  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02170  hypothetical protein  41.18 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0378  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.74 
 
 
167 aa  130  1.0000000000000001e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.320338  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2564  NADH dehydrogenase subunit E  40.52 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.401608  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0587  NADH dehydrogenase subunit E  40.28 
 
 
169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2671  NADH dehydrogenase subunit E  40.52 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.589813  normal  0.621084 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2553  NADH dehydrogenase subunit E  40.52 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.788767  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2464  NADH dehydrogenase subunit E  40.52 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.11895  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2509  NADH dehydrogenase subunit E  40.52 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1016  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.7 
 
 
168 aa  128  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.664946  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2829  NADH dehydrogenase subunit E  40.52 
 
 
166 aa  127  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0584484  normal  0.465649 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1018  NADH dehydrogenase subunit E  41.67 
 
 
180 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2863  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  43.7 
 
 
179 aa  120  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.088948  hitchhiker  0.00474747 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0715  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  42.58 
 
 
164 aa  117  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1956  NADH dehydrogenase subunit E  36.05 
 
 
163 aa  116  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.131976  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0154  NADH dehydrogenase subunit E  40 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3443  NADH dehydrogenase subunit E  41.35 
 
 
162 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0332  NADH dehydrogenase subunit E  37.09 
 
 
157 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  39.63 
 
 
262 aa  110  8.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0207  NADH dehydrogenase subunit E  39.39 
 
 
162 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0524  NADH dehydrogenase subunit E  39.38 
 
 
263 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0543  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.01 
 
 
269 aa  105  4e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.727219 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0177  NADH dehydrogenase subunit E  36.42 
 
 
156 aa  103  7e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0367  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.23 
 
 
208 aa  102  3e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2162  NADH dehydrogenase subunit E  41.01 
 
 
161 aa  101  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2283  NADH dehydrogenase subunit E  41.01 
 
 
161 aa  101  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0960667  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  39.46 
 
 
269 aa  101  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2269  NADH dehydrogenase subunit E  41.01 
 
 
161 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128082  normal  0.14114 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5573  NADH dehydrogenase subunit E  41.01 
 
 
161 aa  100  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0826314  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1045  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.48 
 
 
230 aa  100  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1633  NADH dehydrogenase subunit E  41.01 
 
 
161 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2245  NADH dehydrogenase subunit E  41.01 
 
 
161 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254081  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  34.76 
 
 
273 aa  100  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.96 
 
 
294 aa  99  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.71 
 
 
161 aa  99.4  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.86 
 
 
248 aa  98.6  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.941311 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0285  NADH-quinone oxidoreductase subunit E  33.74 
 
 
231 aa  98.2  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1320  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.77 
 
 
174 aa  98.2  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  40.29 
 
 
161 aa  97.8  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07420  NADH dehydrogenase subunit E  42.74 
 
 
319 aa  97.1  9e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0368218 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0733  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  35.25 
 
 
166 aa  97.1  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1825  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1294  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0473  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.64 
 
 
302 aa  97.1  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  44.17 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0417  NADH dehydrogenase subunit E  39.57 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0953  NADH dehydrogenase subunit E  37.12 
 
 
157 aa  95.9  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.544073 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0159  NADH dehydrogenase subunit E  36.42 
 
 
155 aa  95.5  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.458445 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.1 
 
 
228 aa  96.3  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.5 
 
 
163 aa  96.3  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.5 
 
 
163 aa  96.3  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2005  NADH dehydrogenase subunit E  38.85 
 
 
161 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583559  normal  0.143648 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2236  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.5 
 
 
163 aa  95.1  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2156  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.01 
 
 
224 aa  95.1  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2058  NADH dehydrogenase subunit E  38.35 
 
 
167 aa  94.4  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174503  normal  0.0716989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3225  NADH dehydrogenase subunit E  43.1 
 
 
283 aa  94.7  5e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0065484 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.11 
 
 
174 aa  94.7  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>