More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4061 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_4061  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
317 aa  640    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732889  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  92.79 
 
 
305 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1278  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  61.67 
 
 
230 aa  305  5.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.468909 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  64.76 
 
 
262 aa  280  2e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  61.06 
 
 
273 aa  276  3e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4554  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  59.55 
 
 
341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.26 
 
 
294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07420  NADH dehydrogenase subunit E  51.94 
 
 
319 aa  251  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0368218 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  58.18 
 
 
239 aa  245  9e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13170  NADH dehydrogenase subunit E  58.42 
 
 
252 aa  243  3e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0473  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  58.33 
 
 
302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  56.33 
 
 
248 aa  239  5.999999999999999e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.941311 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0285  NADH-quinone oxidoreductase subunit E  56.28 
 
 
231 aa  236  4e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4414  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  51.85 
 
 
240 aa  236  4e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  64.37 
 
 
228 aa  234  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4485  NADH dehydrogenase subunit E  50.62 
 
 
287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.256998  hitchhiker  0.00514085 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  55.24 
 
 
253 aa  233  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0588  NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit- like protein  53.7 
 
 
219 aa  229  5e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1546  NADH dehydrogenase subunit E  50.57 
 
 
294 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67963  normal  0.132733 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3225  NADH dehydrogenase subunit E  55.09 
 
 
283 aa  227  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0065484 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  55.24 
 
 
269 aa  228  2e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0524  NADH dehydrogenase subunit E  49.59 
 
 
263 aa  227  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6678  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  54.82 
 
 
254 aa  226  3e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1576  NADH dehydrogenase subunit E  56.46 
 
 
294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.685824  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1600  NADH dehydrogenase subunit E  56.46 
 
 
294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.737975  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03200  NADH dehydrogenase subunit E  53.95 
 
 
253 aa  225  1e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0978  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  54.21 
 
 
249 aa  223  3e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0543  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.66 
 
 
269 aa  222  7e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.727219 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3172  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  57.51 
 
 
237 aa  213  2.9999999999999995e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.53 
 
 
706 aa  194  2e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.58 
 
 
170 aa  135  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  38.75 
 
 
239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0367  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.24 
 
 
208 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.85 
 
 
165 aa  129  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_002978  WD0734  NADH dehydrogenase subunit E  37.66 
 
 
166 aa  128  2.0000000000000002e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0247603  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC07090  conserved hypothetical protein  36.93 
 
 
249 aa  123  4e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0210016  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06077  NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  35.98 
 
 
270 aa  122  5e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2210  NADH dehydrogenase subunit E  44.85 
 
 
167 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.445986 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2058  NADH dehydrogenase subunit E  44.12 
 
 
167 aa  122  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174503  normal  0.0716989 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_7050  predicted protein  37.43 
 
 
217 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000378621  hitchhiker  0.000000494703 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1887  NADH dehydrogenase subunit E  44.12 
 
 
167 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.15689  normal  0.768651 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4078  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.22 
 
 
170 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.352325  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.44 
 
 
161 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0427  NADH dehydrogenase subunit E  36.2 
 
 
180 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.835091  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0876  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.51 
 
 
163 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.92008  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.51 
 
 
163 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.21 
 
 
166 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3252  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.34 
 
 
166 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1312  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.06 
 
 
160 aa  119  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_22919  predicted protein  31.95 
 
 
260 aa  119  7e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1045  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.38 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0636  NADH dehydrogenase subunit E  36.63 
 
 
181 aa  117  3.9999999999999997e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1559  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.05 
 
 
208 aa  116  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5176  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.65 
 
 
163 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.821574  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0615  NADH dehydrogenase subunit E  33.97 
 
 
181 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0737387  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.89 
 
 
188 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0965  NADH dehydrogenase subunit E  42.03 
 
 
168 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489365  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0931  NADH dehydrogenase subunit E  38.75 
 
 
168 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4130  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.88 
 
 
385 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3083  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.69 
 
 
174 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1095  NADH dehydrogenase subunit E  39.71 
 
 
158 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.236534  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2809  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.91 
 
 
165 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.75 
 
 
175 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1614  NADH dehydrogenase (ubiquinone), E subunit  36.24 
 
 
174 aa  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.476217  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1320  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.66 
 
 
174 aa  110  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1428  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.15 
 
 
165 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.464968  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  36.08 
 
 
175 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0549  NADH-quinone oxidoreductase chain E  35.57 
 
 
174 aa  110  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.06 
 
 
176 aa  109  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1497  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.71 
 
 
162 aa  109  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.358345  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1047  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.5 
 
 
168 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2831  NADH dehydrogenase subunit E  33.54 
 
 
228 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0953  NADH dehydrogenase subunit E  41.18 
 
 
157 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.544073 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.11 
 
 
163 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.11 
 
 
163 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1873  NADH-quinone oxidoreductase E subunit  39.26 
 
 
188 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.94 
 
 
174 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.16 
 
 
412 aa  106  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  32.16 
 
 
412 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2986  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.93 
 
 
229 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0736686  normal  0.383268 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.1 
 
 
412 aa  106  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.67 
 
 
175 aa  105  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1306  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.32 
 
 
222 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  0.728232 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0913  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.35 
 
 
203 aa  104  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.11 
 
 
171 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4394  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.94 
 
 
394 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.394095  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4200  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.11 
 
 
171 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4355  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.11 
 
 
171 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.223489  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2269  NADH dehydrogenase subunit E  41.27 
 
 
161 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128082  normal  0.14114 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1279  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.75 
 
 
183 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.927343 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1633  NADH dehydrogenase subunit E  41.27 
 
 
161 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1347  NADH dehydrogenase subunit E  40.48 
 
 
161 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00701728  normal  0.0175389 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2245  NADH dehydrogenase subunit E  41.27 
 
 
161 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254081  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  37.09 
 
 
155 aa  102  6e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2156  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.37 
 
 
224 aa  102  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2005  NADH dehydrogenase subunit E  40.48 
 
 
161 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583559  normal  0.143648 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1746  NADH dehydrogenase subunit E  38.97 
 
 
159 aa  102  7e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1960  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.74 
 
 
165 aa  102  8e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000289431  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  40.48 
 
 
161 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0482  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.64 
 
 
162 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.220464 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>